计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9471|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] AMBER跑动力学,水盒子缺了几块

[复制链接 Copy URL]

1552

帖子

2

威望

6247

eV
积分
7839

Level 6 (一方通行)

给dalao们倒茶

本人利用AMBER力场跑动力学,将一个蛋白质分子放入水盒子中,利用NVT系综跑了1ps的时候,水盒子就呈现出了缺水的情况,各位有什么方法能够将那个地方的水分子补全吗?

1111.jpg (791.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

1111.jpg
淡泊以明志,宁静以致远。

1552

帖子

2

威望

6247

eV
积分
7839

Level 6 (一方通行)

给dalao们倒茶

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 23:01:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 22:54
一直用NPT就完了,没必要切换到NVT。一般跑蛋白都是用NPT。

got it,谢谢sob老师指点迷津。
淡泊以明志,宁静以致远。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2015-11-6 22:54:27 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-11-6 22:03
通过NPT控制住了盒长之后,再用NPT最后结构的盒长跑NVT,是这样对吗?

一直用NPT就完了,没必要切换到NVT。一般跑蛋白都是用NPT。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

1552

帖子

2

威望

6247

eV
积分
7839

Level 6 (一方通行)

给dalao们倒茶

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 22:03:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 21:30
用NPT啊,通过控压调整盒子,自动就会把真空部分给去掉

通过NPT控制住了盒长之后,再用NPT最后结构的盒长跑NVT,是这样对吗?
淡泊以明志,宁静以致远。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2015-11-6 21:30:18 | 只看该作者 Only view this author
用NPT啊,通过控压调整盒子,自动就会把真空部分给去掉
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 04:30 , Processed in 0.203031 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list