VMD使用Jmol风格的颜色策略

slxc920113

关于Jmol的颜色可以参考官网的手册：http://jmol.sourceforge.net/jscolors/

VMD中使用Jmol的颜色，为了防止和默认的颜色冲突，没有直接修改原来的色号的RGB，而是直接定义了一些更高序号的颜色

1. color change rgb 101 1.00 1.00 1.00
   
2. color change rgb 102 0.85 1.00 1.00
   
3. color change rgb 103 0.80 0.50 1.00
   
4. color change rgb 104 0.76 1.00 0.00
   
5. color change rgb 105 1.00 0.71 0.71
   
6. color change rgb 106 0.56 0.56 0.56
   
7. color change rgb 107 0.19 0.31 0.97
   
8. color change rgb 108 1.00 0.05 0.05
   
9. color change rgb 109 0.56 0.88 0.31
   
10. color change rgb 110 0.70 0.89 0.96
    
11. color change rgb 111 0.67 0.36 0.95
    
12. color change rgb 112 0.54 1.00 0.00
    
13. color change rgb 113 0.75 0.65 0.65
    
14. color change rgb 114 0.94 0.78 0.63
    
15. color change rgb 115 1.00 0.50 0.00
    
16. color change rgb 116 1.00 1.00 0.19
    
17. color change rgb 117 0.12 0.94 0.12
    
18. color change rgb 118 0.50 0.82 0.89
    
19. color change rgb 119 0.56 0.25 0.83
    
20. color change rgb 120 0.24 1.00 0.00
    
21. color change rgb 121 0.90 0.90 0.90
    
22. color change rgb 122 0.75 0.76 0.78
    
23. color change rgb 123 0.65 0.65 0.67
    
24. color change rgb 124 0.54 0.60 0.78
    
25. color change rgb 125 0.61 0.48 0.78
    
26. color change rgb 126 0.88 0.40 0.20
    
27. color change rgb 127 0.94 0.56 0.63
    
28. color change rgb 128 0.31 0.82 0.31
    
29. color change rgb 129 0.78 0.50 0.20
    
30. color change rgb 130 0.49 0.50 0.69
    
31. color change rgb 131 0.76 0.56 0.56
    
32. color change rgb 132 0.40 0.56 0.56
    
33. color change rgb 133 0.74 0.50 0.89
    
34. color change rgb 134 1.00 0.63 0.00
    
35. color change rgb 135 0.65 0.16 0.16
    
36. color change rgb 136 0.36 0.72 0.82
    
37. color change rgb 137 0.44 0.18 0.69
    
38. color change rgb 138 0.00 1.00 0.00
    
39. color change rgb 139 0.58 1.00 1.00
    
40. color change rgb 140 0.58 0.88 0.88
    
41. color change rgb 141 0.45 0.76 0.79
    
42. color change rgb 142 0.33 0.71 0.71
    
43. color change rgb 143 0.23 0.62 0.62
    
44. color change rgb 144 0.14 0.56 0.56
    
45. color change rgb 145 0.04 0.49 0.55
    
46. color change rgb 146 0.00 0.41 0.52
    
47. color change rgb 147 0.75 0.75 0.75
    
48. color change rgb 148 1.00 0.85 0.56
    
49. color change rgb 149 0.65 0.46 0.45
    
50. color change rgb 150 0.40 0.50 0.50
    
51. color change rgb 151 0.62 0.39 0.71
    
52. color change rgb 152 0.83 0.48 0.00
    
53. color change rgb 153 0.58 0.00 0.58
    
54. color change rgb 154 0.26 0.62 0.69
    
55. color change rgb 155 0.34 0.09 0.56
    
56. color change rgb 156 0.00 0.79 0.00
    
57. color change rgb 157 0.44 0.83 1.00
    
58. color change rgb 158 1.00 1.00 0.78
    
59. color change rgb 159 0.85 1.00 0.78
    
60. color change rgb 160 0.78 1.00 0.78
    
61. color change rgb 161 0.64 1.00 0.78
    
62. color change rgb 162 0.56 1.00 0.78
    
63. color change rgb 163 0.38 1.00 0.78
    
64. color change rgb 164 0.27 1.00 0.78
    
65. color change rgb 165 0.19 1.00 0.78
    
66. color change rgb 166 0.12 1.00 0.78
    
67. color change rgb 167 0.00 1.00 0.61
    
68. color change rgb 168 0.00 0.90 0.46
    
69. color change rgb 169 0.00 0.83 0.32
    
70. color change rgb 170 0.00 0.75 0.22
    
71. color change rgb 171 0.00 0.67 0.14
    
72. color change rgb 172 0.30 0.76 1.00
    
73. color change rgb 173 0.30 0.65 1.00
    
74. color change rgb 174 0.13 0.58 0.84
    
75. color change rgb 175 0.15 0.49 0.67
    
76. color change rgb 176 0.15 0.40 0.59
    
77. color change rgb 177 0.09 0.33 0.53
    
78. color change rgb 178 0.82 0.82 0.88
    
79. color change rgb 179 1.00 0.82 0.14
    
80. color change rgb 180 0.72 0.72 0.82
    
81. color change rgb 181 0.65 0.33 0.30
    
82. color change rgb 182 0.34 0.35 0.38
    
83. color change rgb 183 0.62 0.31 0.71
    
84. color change rgb 184 0.67 0.36 0.00
    
85. color change rgb 185 0.46 0.31 0.27
    
86. color change rgb 186 0.26 0.51 0.59
    
87. color change rgb 187 0.26 0.00 0.40
    
88. color change rgb 188 0.00 0.49 0.00
    
89. color change rgb 189 0.44 0.67 0.98
    
90. color change rgb 190 0.00 0.73 1.00
    
91. color change rgb 191 0.00 0.63 1.00
    
92. color change rgb 192 0.00 0.56 1.00
    
93. color change rgb 193 0.00 0.50 1.00
    
94. color change rgb 194 0.00 0.42 1.00
    
95. color change rgb 195 0.33 0.36 0.95
    
96. 
    
97. #Element
    
98. color Element H  101
    
99. color Element He 102
    
100. color Element Li 103
     
101. color Element Be 104
     
102. color Element B  105
     
103. color Element C  106
     
104. color Element N  107
     
105. color Element O  108
     
106. color Element F  109
     
107. color Element Ne 110
     
108. color Element Na 111
     
109. color Element Mg 112
     
110. color Element Al 113
     
111. color Element Si 114
     
112. color Element P  115
     
113. color Element S  116
     
114. color Element Cl 117
     
115. color Element Ar 118
     
116. color Element K  119
     
117. color Element Ca 120
     
118. color Element Sc 121
     
119. color Element Ti 122
     
120. color Element V  123
     
121. color Element Cr 124
     
122. color Element Mn 125
     
123. color Element Fe 126
     
124. color Element Co 127
     
125. color Element Ni 128
     
126. color Element Cu 129
     
127. color Element Zn 130
     
128. color Element Ga 131
     
129. color Element Ge 132
     
130. color Element As 133
     
131. color Element Se 134
     
132. color Element Br 135
     
133. color Element Kr 136
     
134. color Element Rb 137
     
135. color Element Sr 138
     
136. color Element Y  139
     
137. color Element Zr 140
     
138. color Element Nb 141
     
139. color Element Mo 142
     
140. color Element Tc 143
     
141. color Element Ru 144
     
142. color Element Rh 145
     
143. color Element Pd 146
     
144. color Element Ag 147
     
145. color Element Cd 148
     
146. color Element In 149
     
147. color Element Sn 150
     
148. color Element Sb 151
     
149. color Element Te 152
     
150. color Element I  153
     
151. color Element Xe 154
     
152. color Element Cs 155
     
153. color Element Ba 156
     
154. color Element La 157
     
155. color Element Ce 158
     
156. color Element Pr 159
     
157. color Element Nd 160
     
158. color Element Pm 161
     
159. color Element Sm 162
     
160. color Element Eu 163
     
161. color Element Gd 164
     
162. color Element Tb 165
     
163. color Element Dy 166
     
164. color Element Ho 167
     
165. color Element Er 168
     
166. color Element Tm 169
     
167. color Element Yb 170
     
168. color Element Lu 171
     
169. color Element Hf 172
     
170. color Element Ta 173
     
171. color Element W  174
     
172. color Element Re 175
     
173. color Element Os 176
     
174. color Element Ir 177
     
175. color Element Pt 178
     
176. color Element Au 179
     
177. color Element Hg 180
     
178. color Element Tl 181
     
179. color Element Pb 182
     
180. color Element Bi 183
     
181. color Element Po 184
     
182. color Element At 185
     
183. color Element Rn 186
     
184. color Element Fr 187
     
185. color Element Ra 188
     
186. color Element Ac 189
     
187. color Element Th 190
     
188. color Element Pa 191
     
189. color Element U  192
     
190. color Element Np 193
     
191. color Element Pu 194
     
192. color Element Am 195
     
193. 
     
194. #Name
     
195. color Name H  101
     
196. color Name O  108
     
197. color Name N  107
     
198. color Name C  106
     
199. color Name S  116
     
200. color Name P  115
     
201. color Name L  103
     
202. color Name F  109
     
203. 
     
204. #Type
     
205. color Type H  101
     
206. color Type O  108
     
207. color Type N  107
     
208. color Type C  106
     
209. color Type S  116
     
210. color Type P  115
     
211. color Type L  103
     
212. color Type F  109
     
213. 
     
214. color change rgb 201 0.78 0.78 0.78
     
215. color change rgb 202 0.08 0.35 1.00
     
216. color change rgb 203 0.00 0.86 0.86
     
217. color change rgb 204 0.90 0.04 0.04
     
218. color change rgb 205 0.90 0.90 0.00
     
219. color change rgb 206 0.00 0.86 0.86
     
220. color change rgb 207 0.90 0.04 0.04
     
221. color change rgb 208 0.92 0.92 0.92
     
222. color change rgb 209 0.51 0.51 0.82
     
223. color change rgb 210 0.06 0.51 0.06
     
224. color change rgb 211 0.06 0.51 0.06
     
225. color change rgb 212 0.08 0.35 1.00
     
226. color change rgb 213 0.90 0.90 0.00
     
227. color change rgb 214 0.20 0.20 0.67
     
228. color change rgb 215 0.86 0.59 0.51
     
229. color change rgb 216 0.98 0.59 0.00
     
230. color change rgb 217 0.98 0.59 0.00
     
231. color change rgb 218 0.71 0.35 0.71
     
232. color change rgb 219 0.20 0.20 0.67
     
233. color change rgb 220 0.06 0.51 0.06
     
234. color change rgb 221 1.00 0.41 0.71
     
235. color change rgb 222 1.00 0.41 0.71
     
236. 
     
237. #Resname
     
238. color Resname ALA 201
     
239. color Resname ARG 202
     
240. color Resname ASN 203
     
241. color Resname ASP 204
     
242. color Resname CYS 205
     
243. color Resname GLN 206
     
244. color Resname GLU 207
     
245. color Resname GLY 208
     
246. color Resname HIS 209
     
247. color Resname ILE 210
     
248. color Resname LEU 211
     
249. color Resname LYS 212
     
250. color Resname MET 213
     
251. color Resname PHE 214
     
252. color Resname PRO 215
     
253. color Resname SER 216
     
254. color Resname THR 217
     
255. color Resname TRP 218
     
256. color Resname TYR 219
     
257. color Resname VAL 220
     

复制代码

在VMD的安装路径下找到vmd.rc，用记事本打开然后把上面的这些代码复制粘贴到后面，保存然后启动VMD即可生效

如果觉得内容太长影响vmd.rc的管理的化，也可以将上述内容保存为一个独立的tcl脚本，在vmd.rc中引用这个脚本。

例如我的VMD安装在D:\Software\VMD路径下，将上述脚本内容保存为JmolColor.tcl文件，然后再在vmd.rc中添加如下语句引用这个脚本。

1. source {D:\Software\VMD\JmolColor.tcl}

复制代码

Uus/pMeC6H4-/キ

JohnCase 发表于 2025-8-13 11:16
请教一个问题，
这个帖子   中提到“VMD自带了33种颜色, 可以改变它们的值, 但无法添加新的颜色”。
我执 ...

大于32的颜色序号当然存在，colorinfo rgb {id}指令里{id}的范围不是(colorinfo num返回值减1)，而是(colorinfo max返回值减1)。我在用matplotlib或gnuplot给VMD定义渐变色标尺一帖说了，33-1056号颜色是给渐变色用的。

我觉得有必要重复另一个回答帖里我的提醒：一切像本帖1楼这样用VMD指令修改33-1056号颜色的脚本需谨慎使用，均有与其他需要渐变色的场景掺杂冲突的风险，特别是像http://sobereva.com/443那样渲染填色等值面与像http://sobereva.com/425那样按原子数值着色这两种场景。

sobereva

JohnCase 发表于 2025-8-13 11:16
请教一个问题，
这个帖子   中提到“VMD自带了33种颜色, 可以改变它们的值, 但无法添加新的颜色”。
我执 ...

可以自定义新颜色，看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）详细讲VMD脚本编写部分的这页幻灯片：

JohnCase

请教一个问题，
这个帖子   中提到“VMD自带了33种颜色, 可以改变它们的值, 但无法添加新的颜色”。
我执行了这些颜色脚本后确实也没看到大于32的colorid。应该需要其他操作？

hmj

谢谢分享 我转了几个常用的元素就用了好长的时间

Aridea

感谢楼主分享，我试了一下自己体系，因为里有Na原子，不知为啥这个Na显示的有点像小一号的N，小个头，深蓝色。
修改配色后，菜单里的color里elements name好像改变不了配色了。不知道怎么才能把Na显示成正常的紫色，然后个头大一些

cokoy

nianbin 发表于 2021-8-19 18:36
老师好，请问一般RGB都是一百多，VMD中都是0.几，荧光如何转换呢

除以255

nianbin

老师好，请问一般RGB都是一百多，VMD中都是0.几，荧光如何转换呢

slxc920113

阳光下的尘 发表于 2021-4-24 15:24
可以把脚本中201，202和211，212这四行注释掉。这样就不会出现Unable to change color name的提示了。因为v ...

可以增加预设的Name和Type。
进入VMD的安装路径，找到scripts/vmd文件夹下面的colordefs.dat文件，用记事本打开，然后新增自己需要的Name、Type、Element或者ResName，不过这儿只能使用程序默认的几种颜色。

1. Name   H   white
   
2. Name   O   red
   
3. Name   N   blue
   
4. Name   C   cyan
   
5. Name   S   yellow
   
6. Name   P   orange
   
7. Name   L   purple
   
8. Name   Z   silver
   
9. Name   A   orange3
   
10. Name   B   pink
    
11. Name   F   lime
    
12. 
    
13. Type   H   white
    
14. Type   O   red
    
15. Type   N   blue
    
16. Type   C   cyan
    
17. Type   S   yellow
    
18. Type   P   orange
    
19. Type   L   purple
    
20. Type   Z   silver
    
21. Type   A   orange3
    
22. Type   B   pink
    
23. Type   F   lime

复制代码

阳光下的尘

可以把脚本中201，202和211，212这四行注释掉。这样就不会出现Unable to change color name的提示了。因为vmd的name和type预置的类型中，没有L和F

tjuptz

请问，我按照楼主的方法做了后，打开vmd为啥显示Unable to change color name？已解决，加载分子后再source这个文件就可以了