namd源代码cuda加速版编译报错

yl233 · 发表于 Post on 2021-3-13 20:32:21

请教一下各位，我按照这个教程来编译的，只修改了教程中cuda的路径，其他都没变，而且报错说找不到的那个sfftw.h文件也在fftw这个文件里面，不知道为什么显示没有这个文件。麻烦各位看看啦！！感激不尽

zhangxiao198939 · 发表于 Post on 2021-11-17 13:48:50

楼主方便加微信吗？我也刚入手namd，是否可以一起交流？

yl233 · 发表于 Post on 2021-3-16 21:08:40

yl233 发表于 2021-3-15 15:29
都加了，运行时候在config文件里加了CUDASOAIntergrate on，报错，显示是无效的命令

还想请问一下，这也页面哪里可以下载namd的source core，我填好了这个圈出来这里，也收到了相应的邮件了，但还是没找到应该在哪里下载

yl233 · 发表于 Post on 2021-3-15 15:29:40

fhh2626 发表于 2021-3-15 15:14
编译的时候需要在./config 后面加上--with-single-node-cuda
运行的时候在config文件里面加上CUDASOAInt ...

都加了，运行时候在config文件里加了CUDASOAIntergrate on，报错，显示是无效的命令

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-3-15 15:14:17

yl233 发表于 2021-3-15 14:44
我在另一个集群上按照最开始上面贴的教程编译成功了，（我不确定是不是编译成功，但是可以正常运行）问题 ...

编译的时候需要在./config 后面加上--with-single-node-cuda
运行的时候在config文件里面加上CUDASOAIntergrate on

yl233 · 发表于 Post on 2021-3-15 14:44:53

fhh2626 发表于 2021-3-15 10:11
http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html

另外，新的GPU加速需要在./config 后面加上--with-singl ...

我在另一个集群上按照最开始上面贴的教程编译成功了，（我不确定是不是编译成功，但是可以正常运行）问题是GPU利用率还是非常低，没有什么变化

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-3-15 10:11:30

http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html

另外，新的GPU加速需要在./config 后面加上--with-single-node-cuda，并且在config文件里面加上CUDASOAIntergrate on

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[NAMD] namd源代码cuda加速版编译报错