优化构型和结合能计算求助

yang2020 · 发表于 Post on 2021-3-17 14:11:42

各位老师大家下午好。
问题1：如图中，我在做完优化后氮原子上的氢原子跑到磷酸根上面去了，这是因为什么原因？
问题2：那我在算结合能时，是以磷酸根为一个片段，还是以磷酸一氢根作为一个片段？

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-4-15 18:24:29

yang2020 发表于 2021-4-15 18:18
请问老师，怎么写输入文件关键词来表示显式溶剂化

不是写关键词的事，而是要在外面整一圈溶剂分子（计算量会大大增加，但是是必需的）
简单地说，显式溶剂模型就是在体系中直接加入溶剂分子如乙腈、水等分析实现的溶剂模型，耗时高但对体系的模拟效果原理上相对更好，可以在论坛里搜“显式”看http://bbs.keinsci.com/thread-11253-1-1.html和http://bbs.keinsci.com/thread-9147-1-1.html。

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-15 18:18:36

wzkchem5 发表于 2021-3-17 17:56
另外这种明显带电，尤其是带电中心很容易和溶剂形成氢键的体系，必须做显式溶剂化，否则结果完全不可信

请问老师，怎么写输入文件关键词来表示显式溶剂化

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-3-17 17:56:34

另外这种明显带电，尤其是带电中心很容易和溶剂形成氢键的体系，必须做显式溶剂化，否则结果完全不可信

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-3-17 17:54:00

1. 因为磷酸根碱性太强了
2. 涉及化学键断裂的结合过程，一般就不叫结合能而叫反应能了。如果你要算反应能，应该以磷酸根为片段

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[新手求助] 优化构型和结合能计算求助

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