求助：xtb使用 --gfn 0出错

Penson · 发表于 Post on 2021-3-22 23:51:40

本帖最后由 Penson 于 2021-3-23 10:19 编辑

请问各位大佬，想使用xtb的gfn 0对体系进行结构优化后做分子动力学，但是出现上图错误，反而改为gfn 1和gfn 2都可以正常跑，但太耗费实际了，请问大家有出现过类似问题的吗？是否软件安装不全？
PS: xtb使用的是社长该文http://sobereva.com/421提供的预编译版本）

shenmh3 · 发表于 Post on 2023-5-10 16:36:18

本帖最后由 shenmh3 于 2023-5-10 16:45 编辑

Penson 发表于 2021-3-23 10:17
好的，谢谢社长，刚刚检查了环境变量发现了这个路径问题

你好，我按回帖中的解决办法在.bashrc中加入source /WORK/gcjnk/xtb/Config_xtb_env.bash保存并source之后还是提示找不到 .param_gfn0.xtb，可以问下您是具体怎么解决的么？是不是我设置的不对，以下是我的设置：
export PATH=$PATH:/WORK/gcjnk/xtb/bin
export XTBPATH=/WORK/gcjnk/xtb
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_STACKSIZE=2048M
ulimit -s unlimited
source /WORK/gcjnk/xtb/Config_xtb_env.bash
我是在天河二号上安装的xtb-190828-old-kernel.tar.xz，请指教

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-17 02:54:20

Theor_Comp 发表于 2021-5-16 10:07
sob老师，我用xtb编译好的版本，计算时GFN0可以正常进行，但是换成GFN1和GFN2就会报错“Segment core dum ...

没细节没法说
如果其它体系都能运行就这个不行，要么程序bug，要么没装好（诸如没用unlimit），要么体系有诡异之处

Theor_Comp · 发表于 Post on 2021-5-16 10:07:43

sobereva 发表于 2021-3-23 06:48
没恰当设置XTBPATH，导致xtb找不到GFN0-xTB计算要用的参数文件
是gfn不是gnf

sob老师，我用xtb编译好的版本，计算时GFN0可以正常进行，但是换成GFN1和GFN2就会报错“Segment core dump”，xtb版本是6.3.3和6.4都试了，都是这个问题，请问怎么解决呀？

Penson · 发表于 Post on 2021-3-23 10:20:44

snljty 发表于 2021-3-23 09:24
http://bbs.keinsci.com/thread-20392-1-1.html

感谢感谢

Penson · 发表于 Post on 2021-3-23 10:17:30

sobereva 发表于 2021-3-23 06:48
没恰当设置XTBPATH，导致xtb找不到GFN0-xTB计算要用的参数文件
是gfn不是gnf

好的，谢谢社长，刚刚检查了环境变量发现了这个路径问题

snljty · 发表于 Post on 2021-3-23 09:24:41

http://bbs.keinsci.com/thread-20392-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-23 06:48:11

没恰当设置XTBPATH，导致xtb找不到GFN0-xTB计算要用的参数文件
是gfn不是gnf

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