2个分子间疏水效应与其他相互作用对比强弱，有合适算法吗

a9471163 · 发表于 Post on 2021-10-16 11:15:57

本帖最后由 a9471163 于 2021-10-16 11:17 编辑

sob老师您好，各位老师好，我想计算2个分子间的疏水效应，与其他相互作用（静电，范德华）对比强弱。请问：1、有合适算法吗？
2、查资料时看到sob老师说过一种计算疏水力的方法, 该方法在http://bbs.keinsci.com/thread-403-1-1.html，可以求出疏水力（如图），此时疏水效应是以力为单位，但其他相互作用（静电，范德华）是以能量为单位的，此时如何统一单位，以便评判疏水力与静电、范德华作用孰强孰弱？

3、查资料发现sob老师说过，疏水作用是熵效应，在溶解自由能的非极性部分里等效体现，（链接http://bbs.keinsci.com/thread-17779-1-1.html），此外有文献Competition/Cooperation between Humic Acid and Graphene Oxide in Uranyl Adsorption Implicated by Molecular Dynamics Simulations 利用gmx sasa -odg计算出溶解自由能（SFE）, 结果如图，SFE越正越疏水，想请教一下，能否计算出2个分子结合后的SFE，并计算2个分子结合后它们之间的静电能，如果2个分子间的SFE的绝对值比静电能的绝对值大，就说2个分子间的疏水效应比静电效应强。感谢sob老师和各位前辈不吝赐教

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-11 11:34:30

JCenter 发表于 2023-7-10 18:39
老师，您好。我的目标是对水中的两个分子（A和B）间计算弱相互作用和疏水效应。首先，关于弱相互作用，我 ...

没法跟相互作用能或者其中任何的成份比较，本身疏水作用就不体现在力场项里面

JCenter · 发表于 Post on 2023-7-10 18:39:33

sobereva 发表于 2021-10-17 17:55
不同
这种方式得到的是两个分子间的疏水作用能，和某个分子的溶解自由能里的疏水效应对溶解自由能的贡献 ...

老师，您好。我的目标是对水中的两个分子（A和B）间计算弱相互作用和疏水效应。首先，关于弱相互作用，我是通过molcus+genmer搜索和优化AB团簇构型，对能量对低的团簇构型的波函数文件通过基于Multiwfn的EDA-FF方法可以得到总的弱相互作用能，以及分解出来的静电相互作用、色散相互作用的值（虽然目前已经有了sobEDA方法，但我之前已经通过EDA-FF算完了，本质是通过GAFF分子立场下对其进行分析的）。对于疏水效应，我想与EDA-FF方法分解出来的静电作用、色散进行横向对比分析。看了大量帖子后，有些感想和疑问，想请老师解疑答惑：
1.通过gmx模拟去掉非键相互作用，计算逐渐远离过程的PMF曲线，用PMF曲线收敛到平坦部分时的值减去最小点数值就可以体现疏水作用能，这种方式算出来的值可以和EDA-FF方法得出来的值进行对比吗，如果不能的话，用什么其他方法可以与EDA-FF方法得出来的静电、色散比较呢。
2.在gmx模拟做PMF曲线时。每种分子的原子电荷是否需要设置为0，不知道老师有无关于做PMF曲线的链接或者幻灯片呢。
3.关于另外一种疏水效应比较的方法，溶解自由能中的非极性部分，但并非完全是疏水效应带给非极性的贡献，这种计算感觉可以侧面仅仅比较疏水效应的强弱，但由于非极性部分包含的较多，如疏水效应、孔洞能等，应该不能与EDA-FF分解出来的各项作用进行讨论分析，不知道我是否理解的对。
4. 关于相互作用能，eda-ff方法和通过gmx模拟得出的静电作用能和范德华作用能，在精度上，这两种哪种更好呢，(sobEDA方法精度比这两种高）

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-17 17:55:17

a9471163 发表于 2021-10-17 11:19
感谢社长，能否理解为“用PMF曲线收敛到平坦部分时的值减去最小点数值得到的疏水作用能”在数值上等于“ ...

不同
这种方式得到的是两个分子间的疏水作用能，和某个分子的溶解自由能里的疏水效应对溶解自由能的贡献不是一码事

很少有专门算孔洞能的。Gaussian里支持一种算孔洞能的方式，原文是A Scaled Particle Theory of Aqueous and Nonaqueous Solutions，但我没仔细看，也不是什么流行的做法。

a9471163 · 发表于 Post on 2021-10-17 11:19:52

sobereva 发表于 2021-10-17 06:05
1、2 用PMF曲线收敛到平坦部分时的值减去最小点数值就可以体现疏水作用能

3 -odg那个给出的只不过是把SA ...

感谢社长，能否理解为“用PMF曲线收敛到平坦部分时的值减去最小点数值得到的疏水作用能”在数值上等于“疏水效应对溶解自由能的贡献”；有没有办法单独求出孔洞能

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-17 06:05:52

1、2 用PMF曲线收敛到平坦部分时的值减去最小点数值就可以体现疏水作用能

3 -odg那个给出的只不过是把SASA乘上个自定义的系数，如果靠这个得到溶解自由能的非极性部分，不能说这就是疏水效应对溶解自由能的贡献，本来非极性部分还有溶剂-溶质之间的范德华作用、孔洞能等物理成分

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[综合交流] 2个分子间疏水效应与其他相互作用对比强弱，有合适算法吗

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