下载即用的ORCA 无需安装任何MPI

abin

链接: https://pan.baidu.com/s/1Yulco94tiwCEVQY3CzAyxQ 提取码: gj4y


## Installation

1. yum -y install singularity # centOS 7.x and old Fedora  
   
2. dnf -y install singularity   # centOS 8.x, CentOS Stream, Rocky Linux, Fedora 30 and new.
   
3. apt -y install singularity     # Debian/Ubuntu, or something alike.

复制代码

# need root permission and internet connection.


## Configure, switch to normal user.
mkdir $HOME/bin
cp orca.v5.0.1-openmpi-v4.1.1-hpc4you.SIF $HOME/bin
mv $HOME/bin/orca.v5.0.1-openmpi-v4.1.1-hpc4you.SIF $HOME/bin/orca5

## Run calculations.
orca5 Your-Input-File > Your-Output-File &

## Please note
Do not decompress orca.v5.0.1-openmpi-v4.1.1-hpc4you.SIF with any FXXKing tools on windows.
No need to install any MPI on your server.
Nothing to do with any MPI or any other applications on your server.

May not work on some HPC platforms, cuz the default path for $HOME is not '/home/username/'.
Anyway, '/tmp' is the directory which always works.


Good luck.

update
=====
For Debian/Ubuntu user,
apt install singulairty may not work. Refer this, https://github.com/apptainer/singularity/issues/5390


You can download the binary package from https://github.com/sylabs/singularity/releases/tag/v3.9.2
Then install it manually.

补充说明

为了更好地支持ORCA开发者,
请务必从ORCA开发者论坛下载所需要的版本.

如果你下载之后不会安装, 不会配置,
可以参考本方案, 进行部署安装.
本方案, 需要root权限, 安装一个标准组件, 但是无需任何配置操作.
而后, 使用普通用户, 就可以运行ORCA计算.
其他细节, 请仔细翻阅各楼层信息.
特此说明.

我仅仅是提供一个解决方案, singularity真是一个特别棒的工具. 仅此而已.


当然, 采用singularity模式部署的软件, 不便于通过其他程序来调用. 各有利弊吧.


又更新
=====
主流Linux发行版, 均支持singularity,
但是该软件原开发者可能计划有变, 现在对应的软件名称, 可能有变化, 自行查询Singularity开发者页面查询详细信息.

ZigzagZhou

Santz 发表于 2025-3-5 14:15
或者直接装二进制包

感想指点，可惜的是返回的输出为Package singularity-container is not available, but is referred to by another package.
This may mean that the package is missing, has been obsoleted, or
is only available from another source

E: Package 'singularity-container' has no installation candidate这里的意思应该是没有这个包了，我去看看二进制包怎么下载吧

abin

Debian/Ubuntu系统中, 可能存在一个电子游戏或者音乐播放器,
叫做singularity.

Singularity已经更名为:
singularity-ce
或者apptainer.
自己去GitHub搜索一下就可以看到.

Santz

ZigzagZhou 发表于 2025-3-5 14:00
非常感想分享！有个问题想请教一下，我在Ubunto系统上用apt -y install singularity指令下载singularity后 ...

1. apt-get install singularity-container

复制代码

或者直接装二进制包

ZigzagZhou

非常感想分享！有个问题想请教一下，我在Ubunto系统上用apt -y install singularity指令下载singularity后，在终端输入singularity弹出来的似乎是一个电子游戏，请问是我下载错误了吗

abin

每个程序写一个对应的setup.sh

用哪一个程序, 就source一下对应的setup.sh, 这个很好操作的.

当然有更好的办法, 比如采用module 或者lmod来管理.

wzkchem5

牧生 发表于 2025-1-2 10:11
机子只有我一人在用，只有一个用户名。我用的rockylinux 9.4，无论手动运行了  source ~/.bashrc，或 ...

如果把export LD_LIBRARY_PATH=/home/jing/software/openmpi416/lib:$LD_LIBRARY_PATH写到调用orca的脚本里呢？我们马普所这边一般都是这么做的

牧生

wzkchem5 发表于 2025-1-2 17:02
说明因为某种原因，虽然你设了LD_LIBRARY_PATH，但是orca没看到。
你的export LD_LIBRARY_PATH是写在.ba ...

机子只有我一人在用，只有一个用户名。我用的rockylinux 9.4，无论手动运行了  source ~/.bashrc，或者是重启机子，或者是重启机子后再source ~/.bashrc，无论换用箭头处的416，或者505 （相应的，运行mpiexec -V时都能顺利显示416或者505），但都不能并行，均只能单核。

我自认也不是绝对的小白了，这些基础的东西，我应该没有搞错，但我也不知道问题在哪，所以来寻求大神做一个免MPI的orca601。

如果实在解决不了，我也就只能重装一下了，反正我新的硬盘装上的ORCA是正常多核并行的。

wzkchem5

牧生 发表于 2025-1-2 09:39
在安装好的软件的文件下里面，无论是openmpi416，或者openmpi505，都有libmpi.so.40这个文件的哦。。但是 ...

说明因为某种原因，虽然你设了LD_LIBRARY_PATH，但是orca没看到。
你的export LD_LIBRARY_PATH是写在.bashrc里了吗？会不会登录的时候操作系统并没有自动source ~/.bashrc，例如因为默认的shell不是bash？

牧生

wzkchem5 发表于 2025-1-2 16:34
在/home/jing/software/openmpi416/lib文件夹下有libmpi.so.40这个文件吗？如果没有，有文件名相似的文件 ...

在安装好的软件的文件下里面，无论是openmpi416，或者openmpi505，都有libmpi.so.40这个文件的哦。需要输入文件路径的时候，我都是复制的，不用手动输入，避免错误。但是无论用416或者505，都不能让orca并行。

wzkchem5

牧生 发表于 2025-1-2 01:06
感谢楼上两位的解答，我CPU是13900K，用的ORCA 6.0.1, Linux, x86-64, .tar.xz，不是AVX2版本

回复wzk ...

在/home/jing/software/openmpi416/lib文件夹下有libmpi.so.40这个文件吗？如果没有，有文件名相似的文件吗？

牧生

wzkchem5 发表于 2024-12-31 18:08
LD_LIBRARY_PATH设置正确吗？

感谢楼上两位的解答，我CPU是13900K，用的ORCA 6.0.1, Linux, x86-64, .tar.xz，不是AVX2版本

回复wzkchem5 :

我是按照http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-11.html的教程设置的，且让openmpi416优先

export PATH=/home/jing/software/openmpi416/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/jing/software/openmpi416/lib:$LD_LIBRARY_PATH

重启机子，运行mpiexec -V得到的是



然后随便画个烷烃，多核计算就会这样报错，但是单核就没问题。




回复abin:
我在另一个硬盘实测openmpi505也是可以让orca多核并行的。我只是不明白，我现在这个系统上，看起来设置都正确，但不知道为何就唯独orca不能多核。

我猜测问题仍然是出在openmpi上的，重装一下系统必然能解决问题。但由于我这个系统里面已经装好了很多软件，懒得重新搞一遍，所以请求大佬做一个不需要额外设置MPI的orca601

abin

牧生 发表于 2024-12-31 15:54
我自己用的机子上，已经装了CP2K，使用mpiexec -V命令，也正常显示OpenMPI为5.0.5

但不知 ...

你用的方案又不是我提供的, 我无法评价.

By the way,
ORCA v6.0.1, only works with OpenMPI 4.1.6 on Linux; OpenMPI 4.1.1 on MacOS X.

Be sure to read the manual first.

wzkchem5

牧生 发表于 2024-12-31 08:54
我自己用的机子上，已经装了CP2K，使用mpiexec -V命令，也正常显示OpenMPI为5.0.5

但不知 ...

LD_LIBRARY_PATH设置正确吗？

牧生

abin 发表于 2024-12-31 13:33
被专家批评, 你这也不用module 也不用lmod,
啥MPI都没加载, 你这搞得啥破玩意啊?

我自己用的机子上，已经装了CP2K，使用mpiexec -V命令，也正常显示OpenMPI为5.0.5

但不知道为何，我机子上gmx和CP2K都能多核并行，奈何唯独orca不能多核并行，只能单核。

多核时报错提示为

/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
--------------------------------------------------------------------------
prterun detected that one or more processes exited with non-zero status,
thus causing the job to be terminated. The first process to do so was:

   Process name: [prterun-jing-17310@1,0] Exit code:    127
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in Startup
Calling Command: mpirun -np 6  /home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi C.int.tmp C
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run



已经排查了gcc和gfortran，都OK。。


我使用ldd /home/jing/software/orca601/orca_scf_mpi   找不到文件。但我直接在orca网上下载的run文件，应该没问题的啊