在Origin中绘制能量折线图的方法

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-9 23:16:47

PS：鉴于有一些人看完了本文还是觉得操作上吃力，笔者专门录了个视频予以演示：https://www.bilibili.com/video/av28653613

在Origin中绘制能量折线图的方法

The method of drawing energy profile map in Origin

文/Sobereva @北京科音 2016-Feb-9

很多讨论反应机理的文章都会给出能量折线图，用于描述反应过程中过渡态、中间体的能量以及连接关系。这种图中，纵坐标是能量，横坐标是反应坐标，每个过渡态或中间体在图中在相应位置用一个横杠表示，相邻的这些结构用实线或虚线连接。有一些现成的小工具可以绘制这种图，比如liyuanhe写的基于Python写的小程序（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2675），以及energy_plot.py（http://homepage.univie.ac.at/felix.plasser/chemprogs/python.htm）。有些人用chemdraw画这种图，显然是不合适的，横杠位置摆放只能靠肉眼估计，间距也不均匀，过程也麻烦。比较合理的做法是用Origin。本文介绍怎么用Origin结合笔者写的一个辅助小工具作这种图，练习过一遍后会发现整个流程挺简单，而且可以用Origin的丰富的选项定制出自己想要的效果。本文用的是Origin 9.0。

此文要作的图里从左到右有7个能量值，单位为KJ/mol，如下所示，第一个值作为零点。
0.0
100.2
29.5
60.3
-57.8
-9.7
-62.0

为了作图方便，这里用笔者写的enepro程序产生与上面对应的在Origin作图中要用的数据文件。在这里下载enepro：

origin_enepro.rar (314.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 3654) 。其中.exe是编译好的可执行文件，.f90是源代码。解压后，将里面的输入文件input.txt写成下面这样。第一行是横杠的宽度，第二行是横杠之间的间隔，这里相当于将二者长度设成了1:2。从第4行起就是依次写上能量值了，单位随意。

1 //Bar width
2 //Spacing between bars
=====Below are energies=====
0.0
100.2
29.5
60.3
-57.8
-9.7
-62.0

双击启动enepro.exe，就会读取当前目录下的input.txt，并在当前目录下产生scatter.txt文件，用于绘制横杠，以及line.txt文件，用于绘制折线。

启动Origin，将scatter.txt和line.txt都直接拖进Origin窗口。然后点击绘制散点图的按钮，选成下图这样，然后点Add，以加入散点作图数据。

然后再选成下图这样，再点Add，以加入折线作图数据。

此时窗口下方Plot List里已经有两套数据了。点OK，得到下图

之后要调节的主要是(1)边框与横、纵坐标说明 (2)坐标刻度 (3)连线的样式 (4)图例 (5)散点图的符号 (6)增加数据点标签。前4项不需要多说，大家摸索一下就能调成想要的效果。要修改后两项，应当双击图中数据点符号，然后把Symbol标签页里的符号改为横杠，Edge Thickness加大使之比较粗，并且适当调节Size，使得数据点符号正好覆盖住折线的相应位置，本例设定如下所示：

然后选择Label标签页，选上Enable，以让数据点的具体数值显示出来。可以设定字体颜色、相对于数据点的位置和偏移量。Display Format框里输入.1代表保留一位小数。本例设定如下所示：

都设好后最终效果如下所示

为了以后作图方便，我们把当前好不容易设好的作图设置保存为主题。在图的边框外侧点右键选Save Format as Theme，然后设一个名字，比如energy_profile，点OK。以后再以完全相同（一定要完全相同！）的步骤作这种图后，就可以直接按F7打开Theme Organizer，选择之前保存的energy_profile主题，就能将当前图像立刻套用上以前设定的作图样式，之后只需要再修改极个别地方即可。

另外，这种折线图上还经常把分子结构附上去。这个很简单，在chemdraw里画好结构，ctrl+C，然后在origin里ctrl+V即可。也可以把其它现有的图片文件直接贴到origin里（图上点右键选Insert Images from Files），或者把剪切板里的图像ctrl+V直接粘进去。另外，Origin在界面左侧一列中也提供了在图上画直线、箭头、添加文字的工具，基本用不着再ps了。

还有些情况需要在图上用不同颜色显示多条路径，这也很简单。把对应于其它路径的scatter.txt、line.txt也导入Origin当前的项目中，双击之前作图窗口左上角的灰色的含有“1”字的方框，然后点plot setup，再把对应另外路径的数据也加入到当前作图数据列表里即可，过程和前面如出一辙。

10138FineV · 发表于 Post on 2024-5-24 20:08:43

谢谢题主

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-2 05:16:49

mfdsrax2 发表于 2023-11-1 19:32
能否让一部分数字在折线上面，一部分在下面，因为折线比较多，这样能看的清楚一些

只通过origin绘图，然后文字通过ps或ppt标

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-11-1 19:32:01

能否让一部分数字在折线上面，一部分在下面，因为折线比较多，这样能看的清楚一些

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-4-22 15:39:32

sobereva 发表于 2023-4-20 04:30
菜单栏里自己扫一遍便知

好的谢谢老师我找到了

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-20 04:30:28

桃子量子发表于 2023-4-19 17:06
请问老师，除了F7以外有没有别的键可以打开保存的格式

菜单栏里自己扫一遍便知

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-4-19 17:06:33

请问老师，除了F7以外有没有别的键可以打开保存的格式

smutao · 发表于 Post on 2022-3-3 10:51:32

西村W 发表于 2022-2-16 17:21
请问这个是什么软件？

datagraph

西村W · 发表于 Post on 2022-2-16 17:21:53

smutao 发表于 2016-2-10 01:52
这张图应该是给出了最简单的作图方法了
不过只适用于Mac OSX的用户

请问这个是什么软件？

influenza · 发表于 Post on 2022-1-21 20:42:05

谢谢卢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 06:26:58

influenza 发表于 2021-11-15 20:10
请问卢老师，做出来的图横线上的label总是显示两个，而不是像您处理出来的在中间只有一个，这是怎么回事。
...

origin里检查显示标签的设置，远程说不清楚，选项和版本也有关，鼓捣鼓捣就明白了

influenza · 发表于 Post on 2021-11-15 20:10:51

请问卢老师，做出来的图横线上的label总是显示两个，而不是像您处理出来的在中间只有一个，这是怎么回事。

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-13 03:31:56

19821838673 发表于 2021-11-12 11:16
老师，enepro.exe运行后不能产生scatter和line文件不知道为什么呢？

大概率是输入文件格式不对。上传你的文件我才能判断

19821838673 · 发表于 Post on 2021-11-12 11:16:16

老师，enepro.exe运行后不能产生scatter和line文件不知道为什么呢？

huozhong · 发表于 Post on 2020-6-25 07:46:57

非常实用，谢谢老师

smutao · 发表于 Post on 2020-6-25 06:40:44

柠檬树1119 发表于 2020-3-19 15:36
请教一下，这个软件叫什么名字呀？

datagraph

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 在Origin中绘制能量折线图的方法

评分 Rate