分子动力学选择Amber or Gromacs ?

邓仰福

        请教各位老师，最近开始准备学习分子动力学模拟相关知识，不知用哪个软件使用好点呢，以下括号里的内容是网上看别人说的，自己现在也看不懂这些看起来好像amber好点但是gromacs用的人也多，所以在此请教下选用哪个软件学习使用呢
   （ 这两三年gmx删了隐式溶剂，不能在真空下跑MD，现在又开始删deffnm,mdrun only, 而amber现在对中国用户也可以免费使用了）

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-27 15:21
原来，NVLink是实体的硬件，这下子明白了。是我孤陋寡闻了。

是的，30系消费级只有3090有，而且和Gromacs的多卡并行效率关系很大
多卡并行优化看上面那个nVidia的博客就好了

牧生

喵星大佬 发表于 2021-12-27 14:54
看上面那个链接

原来，NVLink是实体的硬件，这下子明白了。是我孤陋寡闻了。

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-27 14:42
gromacs双卡，你的意思是两个卡跑同一个gmx任务吧。这样的话，命令是怎样的啊。

看上面那个链接

牧生

喵星大佬 发表于 2021-12-25 15:55
再上一张3090和桥接器，也是可以的，Gromacs在双卡时效率相当高，这个应该是速度仅次于双A100和双A40/A60 ...

gromacs双卡，你的意思是两个卡跑同一个gmx任务吧。这样的话，命令是怎样的啊。

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-27 07:06
-update gpu  针对2018.8无效，对2019.6及以后版本是有效的。未测试2019前几个版本。

https://developer.nvidia.com/blo ... -with-gromacs-2020/

看着里面说的有点区别
不过主要提升在多GPU方面，快出去相当多，但并行效率仍然远不及Amber和NAMD的完美线性

牧生

喵星大佬 发表于 2021-12-25 15:36
印象中-update gpu是2020新加的，你确认一下版本对应的环境变量没弄错？

再就是想再提速30%可以上A40 ...

-update gpu  针对2018.8无效，对2019.6及以后版本是有效的。未测试2019前几个版本。

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-25 15:49
我的机子同时装了2018.8,   2019.6    2020.6    2021.4   你这么一说，我还真有点怀疑我是不是弄错了。 ...

再上一张3090和桥接器，也是可以的，Gromacs在双卡时效率相当高，这个应该是速度仅次于双A100和双A40/A6000的方案了，速度非常接进前面的了，相对于单3090要有提速90%吧，估计有双A100的85%或者双A6000的92%

牧生

喵星大佬 发表于 2021-12-25 15:36
印象中-update gpu是2020新加的，你确认一下版本对应的环境变量没弄错？

再就是想再提速30%可以上A40 ...

我的机子同时装了2018.8,   2019.6    2020.6    2021.4   你这么一说，我还真有点怀疑我是不是弄错了。我周一上班去办公室的时候再确认一下。到时候再反馈。

为了提速30%，那加钱的幅度得100%或更多，人间不值得  
1080TI已经很好了，3090更是人间极品，更高的我就不去想了

喵星大佬

牧生 发表于 2021-12-25 12:03
据我自己的使用感受，6149双路+3090，   2019.6≈2021.4
我不认为“gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6[ ...

印象中-update gpu是2020新加的，你确认一下版本对应的环境变量没弄错？

再就是想再提速30%可以上A40，或者是A6000(这个更容易买到也更便宜)，当时和NV的人交流结论就是用Gromacs两张A40然后NVLink插满，再多的基本没意义了，Gromacs是那几个MD程序里唯一用A100不是最快的(2-4卡时不如A40/A6000)

Entropy.S.I

夏一天 发表于 2021-12-25 11:44
请问GPU加速上,gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6，但是否是 gromacs2020.6 <  gromacs2021.4 < gromacs20 ...

2020和2021速度几乎没有差别

牧生

夏一天 发表于 2021-12-25 11:44
请问GPU加速上,gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6，但是否是 gromacs2020.6 <  gromacs2021.4 < gromacs20 ...

据我自己的使用感受，6149双路+3090，   2019.6≈2021.4
我不认为“gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6”。

夏一天

请问GPU加速上,gromacs2019.6远小于 gromacs2020.6，但是否是 gromacs2020.6 <  gromacs2021.4 < gromacs2022 ？这三个差距大还是已差别不大？

喵星大佬

biogon 发表于 2021-12-23 15:14
现在同硬件还是amber快吧

http://bbs.keinsci.com/thread-27072-1-1.html

看里面的回答

naoki

sobereva 发表于 2021-12-23 12:30

感觉能快不少，谢谢Sob老师~