计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2246|回复 Reply: 44

[综合交流] 分子动力学选择Amber or Gromacs ?

[复制链接 Copy URL]

24

帖子

0

威望

205

eV
积分
229

Level 3 能力者

发表于 Post on 2021-12-21 20:07:52 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
        请教各位老师,最近开始准备学习分子动力学模拟相关知识,不知用哪个软件使用好点呢,以下括号里的内容是网上看别人说的,自己现在也看不懂这些看起来好像amber好点但是gromacs用的人也多,所以在此请教下选用哪个软件学习使用呢
   ( 这两三年gmx删了隐式溶剂,不能在真空下跑MD,现在又开始删deffnm,mdrun only, 而amber现在对中国用户也可以免费使用了)

24

帖子

0

威望

205

eV
积分
229

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-21 20:11:27 | 显示全部楼层 Show all
另外amber和gmx都可以进行FEP计算叭,不知道fep方面这两款软件是否在精确度或者其他方面有明显优势呢

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
81661

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2021-12-22 01:11:16 | 显示全部楼层 Show all
先说清楚具体模拟什么
在我来看,但凡适合gromacs跑的问题都优先考虑gromacs。gromacs用户数近乎所有其它动力学程序用户的总和
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

24

帖子

0

威望

205

eV
积分
229

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 12:57:45 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-12-22 01:11
先说清楚具体模拟什么
在我来看,但凡适合gromacs跑的问题都优先考虑gromacs。gromacs用户数近乎所有其它 ...

好的好的,是想模拟蛋白和配体复合物,验证对接的可靠性得到最稳定可靠复合物,计算FEP,谢谢您的解答

1382

帖子

1

威望

2025

eV
积分
3427

Level 5 (御坂)

喵星人

发表于 Post on 2021-12-22 14:12:35 | 显示全部楼层 Show all
邓仰福 发表于 2021-12-22 12:57
好的好的,是想模拟蛋白和配体复合物,验证对接的可靠性得到最稳定可靠复合物,计算FEP,谢谢您的解答:hu ...

讲道理,gromacs简单好用,用户多同时意味着教程多,你说的这些功能也都有,速度不说最快,还算说得过去。

Amber和NAMD3的话目前来看速度确实快些,而且功能更全面,用起来的话就会复杂一些,同时用户少也意味着教程少得多,要自己慢慢扒手册慢慢试


总结一句话,自己看

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
81661

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2021-12-22 14:47:50 | 显示全部楼层 Show all
邓仰福 发表于 2021-12-22 12:57
好的好的,是想模拟蛋白和配体复合物,验证对接的可靠性得到最稳定可靠复合物,计算FEP,谢谢您的解答:hu ...

GROMACS算这个极度理想
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

24

帖子

0

威望

205

eV
积分
229

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 15:26:39 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-12-22 14:47
GROMACS算这个极度理想

好的,谢谢您!

24

帖子

0

威望

205

eV
积分
229

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 15:28:07 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2021-12-22 14:12
讲道理,gromacs简单好用,用户多同时意味着教程多,你说的这些功能也都有,速度不说最快,还算说得过去 ...

谢谢您,打算好好学习使用gromacs

24

帖子

0

威望

205

eV
积分
229

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 20:14:27 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-12-22 14:47
GROMACS算这个极度理想

麻烦再问下您gromacs版本的问题,下载旧版本好点吧比如2018版功能方面可能更全一点哈(最近两三年gmx删了隐式溶剂,不能在真空下跑MD,现在又开始删deffnm,mdrun only)

20

帖子

0

威望

301

eV
积分
321

Level 3 能力者

发表于 Post on 2021-12-22 20:28:08 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2021-12-22 14:12
讲道理,gromacs简单好用,用户多同时意味着教程多,你说的这些功能也都有,速度不说最快,还算说得过去 ...

emm不应该是GPU支持下gromacs更加快一点嘛emm

1382

帖子

1

威望

2025

eV
积分
3427

Level 5 (御坂)

喵星人

发表于 Post on 2021-12-22 20:29:01 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 喵星大佬 于 2021-12-22 20:30 编辑
邓仰福 发表于 2021-12-22 20:14
麻烦再问下您gromacs版本的问题,下载旧版本好点吧比如2018版功能方面可能更全一点哈(最近两三年gmx删了 ...

不影响,用最新的。装一个21.4的GPU版和18.8的cpu版(不支持新的硬件和cuda版本)


一般跑轨迹的时候不会在隐式溶剂模型下跑的,要用mm-gbsa的话完了之后用老版本rerun就好了。相同硬件新版本速度快得多得多,何况老版本还不支持新的硬件不能用新的gpu,而且新的版本可以把将更多的计算分配给gpu,多gpu并行的时候gpu间通信也优化过了,速度更快

话说deffnm啥时候删了,这就是个命名输出文件的选项而且21.4还用的好好的,真空下MD指啥?非周期性边界静电作用用cut-off不就是真空嘛,这不是最基本的设置嘛啥时候不行了

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
81661

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2021-12-22 21:23:54 | 显示全部楼层 Show all
邓仰福 发表于 2021-12-22 20:14
麻烦再问下您gromacs版本的问题,下载旧版本好点吧比如2018版功能方面可能更全一点哈(最近两三年gmx删了 ...

deffnm目前最新正式版里没有删
你平时的蛋白质模拟根本不牵扯到隐式溶剂模型,而且本来gmx的GB模型做得就不怎么样,速度慢,支持的计算有效Born半径的方法也老,真需要专门用GB来跑的话基本都会用amber。而当需要用MMPBSA的时候,有专门的gmx_mmpbsa程序可以解决,调用外部PB求解程序。
gmx可以在真空下跑MD,只不过必须在有足够的真空区的盒子里跑,而不能当非周期性来跑。你跑蛋白质根本不会涉及到这种情况。
你提到的那些事情没有一个是和你有直接关系的。

GPU加速应当用>=2020版。纯CPU跑建议2018.8

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

24

帖子

0

威望

205

eV
积分
229

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 21:33:39 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-12-22 21:23
deffnm目前最新正式版里没有删
你平时的蛋白质模拟根本不牵扯到隐式溶剂模型,而且本来gmx的GB模型做得 ...

好的,学到很多,谢谢您

24

帖子

0

威望

205

eV
积分
229

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 21:39:10 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2021-12-22 20:29
不影响,用最新的。装一个21.4的GPU版和18.8的cpu版(不支持新的硬件和cuda版本)

我也不清楚我是看网上说gromacs最新版有各种缺陷说不如用gromacs2018

1185

帖子

5

威望

2713

eV
积分
3998

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2021-12-22 21:41:39 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2021-12-22 20:29
不影响,用最新的。装一个21.4的GPU版和18.8的cpu版(不支持新的硬件和cuda版本)

deffnm是开发日志说的,好像是2022版要删...

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-5-22 19:17 , Processed in 0.537191 second(s), 24 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list