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[计算机购买] 台式机想要加个独立显卡用GPU加速算GROMACS,请大家给点建议

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本帖最后由 MSer 于 2022-1-14 15:14 编辑

        大家好,最近拜读了sobereva大佬的:GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html),而自己的模拟体系比较大,约27万个原子,想要用GPU加速提高计算速度,但奈何在下对计算机配置方面是个小白,特此向各位大佬求助,请问我可以买个什么样的独显呢?(台式机,预算2000-5000左右,如果性能提升明显,预算还可以增加),以下是我台式机配置,请大家提提宝贵意见,万分感谢!

台式机配置:

CPU:    i5-11500
散热器:九州风神玄冰400
主板:   微星B560M BOMBER
内存:   海盗船复仇者8G*2 DDR4 3200
系统盘:三星9A1  512G M.2 NVME
仓库盘:希捷1T  7200 r/min
机箱:   先马工匠5号 商用中塔式
电源 :  长城GW-6000SW 额定500W
显示器:红米1A 24寸



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发表于 Post on 2022-2-19 10:35:04 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-2-18 21:09
一万多原子,利用率三四十也差不多。GPU加速,要体系大了才能体现出优势,起码十万原子以上才能看出优势 ...

好的 多谢

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发表于 Post on 2022-2-18 21:09:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-2-18 21:21 编辑
chenbq18 发表于 2022-2-18 21:07
请问 您的gpu利用率怎么这么高。我的v100的卡32g,一万多个原子,利用率也就三四十。cpu给了10核,开了pi ...

一万多原子,利用率三四十也差不多。GPU加速,要体系大了才能体现出优势,起码十万原子以上才能看出优势。
这个命令就足够了
gmx mdrun -deffnm md -v -ntomp 16 -ntmpi 1 -gpu_id 0 -update gpu        
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2022-2-18 21:07:05 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型,截断为1。
用gmx 2021.4,加了-update  ...

请问 您的gpu利用率怎么这么高。我的v100的卡32g,一万多个原子,利用率也就三四十。cpu给了10核,开了pin on反而更慢了呢

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发表于 Post on 2022-2-11 10:17:42 | 只看该作者 Only view this author
需要注意一点的是,你当前的电源是500W
就算只上1块GPU,这个功率肯定不够安全,至少也得750W往上走。
因此,需要换电源。
而且还得注意GPU的电源接口是2个8pin还是6+8pin(注意换电源时的模组线)

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发表于 Post on 2022-1-17 21:53:48 | 只看该作者 Only view this author
Entropy.S.I 发表于 2022-1-17 21:25
1080Ti跑27w原子,rvdw=1.4,榨干(利用率98+)后速度27ns/d,你这11也太慢了,1fs步长?

我设置rvdw为1,用的2fs。1080ti有30多ns/day,我也不再奢求什么了。
6149能榨gpu到现在这个程度,我已经非常知足了。毕竟,我的主业也不靠模拟谋生。
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2022-1-17 21:28:18 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型,截断为1。
用gmx 2021.4,加了-update  ...

用更强的CPU榨干显卡,3090(3080Ti)是1080Ti的3倍
- 向着虚无前进 -

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发表于 Post on 2022-1-17 21:25:29 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-14 15:55
看起来你的预算不多啊
GPU跑gromacs比CPU快数十倍,所以,十分十分有必要配制显卡。
你的体系有 ...

1080Ti跑27w原子,rvdw=1.4,榨干(利用率98+)后速度27ns/d,你这11也太慢了,1fs步长?
- 向着虚无前进 -

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 08:35:30 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-1-16 21:32:00 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-16 11:52
我用的命令是: gmx mdrun -deffnm md -v -ntomp 16 -ntmpi 1 -gpu_id 0 -update gpu      
我没有用-n ...

收到,非常感谢

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发表于 Post on 2022-1-16 13:01:17 | 只看该作者 Only view this author
3060Ti应该可以,性价比也很高~

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发表于 Post on 2022-1-16 11:52:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-1-16 11:55 编辑
adong 发表于 2022-1-16 11:39
使用GPU加速,请问加入 -update gpu 选项,是只需要在cpu执行命令基础上多加入这个,还是也得同时指定 -n ...

我用的命令是: gmx mdrun -deffnm md -v -ntomp 16 -ntmpi 1 -gpu_id 0 -update gpu      
我没有用-nb,也没有-pin on等。从我使用的经验来看,对于双路cpu+两个显卡,如果跑两个任务,且分别指定不同的显卡,指定CPU的核数不超过单CPU物理核心数的时候,gmx已经很聪明的会自动分别调用两个cpu,不会冲突。  对于在gpu上跑任务时,cpu核数不宜过多。你可以自行测试,开启和关闭超线程情况下的计算速度,指定不同cpu核数下的计算速度。
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2022-1-16 11:39:36 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型,截断为1。
用gmx 2021.4,加了-update  ...

使用GPU加速,请问加入 -update gpu 选项,是只需要在cpu执行命令基础上多加入这个,还是也得同时指定 -nb gpu ?

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发表于 Post on 2022-1-16 09:56:57 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型,截断为1。
用gmx 2021.4,加了-update  ...

咦,这个技巧好

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发表于 Post on 2022-1-16 08:00:38 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2022-1-15 21:10
上次教你一个update给你省了多少时间啊,哈哈哈哈哈

当事人非常开心
又菜又爱玩

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