计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1595|回复 Reply: 25

[计算机购买] 台式机想要加个独立显卡用GPU加速算GROMACS,请大家给点建议

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

155

eV
积分
167

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-1-14 15:07:13 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 MSer 于 2022-1-14 15:14 编辑

        大家好,最近拜读了sobereva大佬的:GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html),而自己的模拟体系比较大,约27万个原子,想要用GPU加速提高计算速度,但奈何在下对计算机配置方面是个小白,特此向各位大佬求助,请问我可以买个什么样的独显呢?(台式机,预算2000-5000左右,如果性能提升明显,预算还可以增加),以下是我台式机配置,请大家提提宝贵意见,万分感谢!

台式机配置:

CPU:    i5-11500
散热器:九州风神玄冰400
主板:   微星B560M BOMBER
内存:   海盗船复仇者8G*2 DDR4 3200
系统盘:三星9A1  512G M.2 NVME
仓库盘:希捷1T  7200 r/min
机箱:   先马工匠5号 商用中塔式
电源 :  长城GW-6000SW 额定500W
显示器:红米1A 24寸



563

帖子

0

威望

1862

eV
积分
2425

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-1-14 15:55:38 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 牧生 于 2022-1-14 16:04 编辑

看起来你的预算不多啊
GPU跑gromacs比CPU快数十倍,所以,十分十分有必要配制显卡。
你的体系有27万原子的话,纯CPU,估计几乎跑不动,或者慢的你根本没耐心等到1 ns。。

由于预算好像不是很充分,那么最低最低档,也建议1080TI。即使买二手的1080TI(虽然性能也还算不错)。但是你的体系也不算小,1080TI每天大约也就10多ns,估计后期跑来的时候,你自己会觉得慢的受不了,还不如增加点钱,一步到位,直接买个2080TI及以上的卡。

其他硬件方面,一千人有一千种说法,主要还是看自己用起来觉得合适就行。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
MSer + 5 赞!

查看全部评分 View all ratings

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
81475

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2022-1-14 16:00:17 | 显示全部楼层 Show all
这里明确说了GPU加速的配置
计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444

PS:以后甭用长城的破电源
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

12

帖子

0

威望

155

eV
积分
167

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 16:10:15 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-1-14 15:55
看起来你的预算不多啊
GPU跑gromacs比CPU快数十倍,所以,十分十分有必要配制显卡。
你的体系有 ...

好的,那我跟导师再说说,哈哈,谢谢

12

帖子

0

威望

155

eV
积分
167

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 16:20:31 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-1-14 16:00
这里明确说了GPU加速的配置
计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444

好的,谢谢sob老师,这篇我也看了,只是不知道3070对我的电脑配置适不适用(能不能发挥显卡性能),就先来问一问大家有什么其他建议

12

帖子

0

威望

155

eV
积分
167

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 16:45:36 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-1-14 15:55
看起来你的预算不多啊
GPU跑gromacs比CPU快数十倍,所以,十分十分有必要配制显卡。
你的体系有 ...

抱歉打扰您了,冒昧的问一下,有大致的运行速度对比吗?就例如27万原子,1080Ti一天10几ns,2080Ti一天多少ns这样的直观的对比吗?
是否可以借鉴显卡性能天梯跑分进行对比,比如NVIDIA GTX 1080Ti 943分 ;NVIDIA GeForce GTX 2080Ti 1207分; NVIDIA GeForce GTX 3070Ti 1295分; 那 2080Ti 的计算速度就是1080Ti 的1.3倍这样吗,还是说没有直接的关联呢。

563

帖子

0

威望

1862

eV
积分
2425

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-1-14 16:51:32 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 牧生 于 2022-1-18 14:30 编辑
MSer 发表于 2022-1-14 16:45
抱歉打扰您了,冒昧的问一下,有大致的运行速度对比吗?就例如27万原子,1080Ti一天10几ns,2080Ti一天多 ...

我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型,截断为1。
用gmx 2021.4,加了-update gpu选项,cpu使用16线程
3090的速度为 282 ns/day,GPU使用率85%
1080TI的速度为 120  ns/day, GPU使用率95%
我并不认为显卡天梯图与计算速度有简单的比例关系


使用一个29.3万原子的体系
3090的速度 87 ns/day , gpu使用率90%
1080TI的速度37 ns/day,    gpu使用率98%

若只使用CPU(6149)来跑,指定16核(开了超线性),速度为7.9 ns/day
经过速度对比,3090大约是1080TI的2.3~2.5倍的速度。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
MSer + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

12

帖子

0

威望

155

eV
积分
167

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 17:08:49 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型。
用gmx 2021.4,加了-update gpu选项, ...

嗯嗯,好的,谢谢,大致有个参考就行

18

帖子

0

威望

543

eV
积分
561

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-1-14 21:15:50 | 显示全部楼层 Show all
27万原子的体系,就你目前的预算,计算速度相当慢,想要达到一个较长的时间尺度,建议考虑使用coarse-grained model。这样的话,在GPU配置较差的情况下达到一个不错的时间尺度和空间尺度。

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
81475

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2022-1-15 07:18:32 | 显示全部楼层 Show all
coarse-grained model不能轻易用。很可能在折腾粗粒化模型上不仅浪费大量时间,最后还糟质疑,最后达到数据发表花的时间成本远高于直接用全原子模型,何况对于如今GPU加速来说算这样大小的体系根本不算什么事(除非要跑到微秒级别而且真有特别适合的粗粒化模型才适合用)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
81475

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2022-1-15 07:20:11 | 显示全部楼层 Show all
MSer 发表于 2022-1-14 16:20
好的,谢谢sob老师,这篇我也看了,只是不知道3070对我的电脑配置适不适用(能不能发挥显卡性能),就先 ...

3070完全适合用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

1379

帖子

1

威望

2000

eV
积分
3399

Level 5 (御坂)

喵星人

发表于 Post on 2022-1-15 21:10:13 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型,截断为1。
用gmx 2021.4,加了-update  ...

上次教你一个update给你省了多少时间啊,哈哈哈哈哈

563

帖子

0

威望

1862

eV
积分
2425

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-1-16 08:00:38 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2022-1-15 21:10
上次教你一个update给你省了多少时间啊,哈哈哈哈哈

当事人非常开心

156

帖子

0

威望

1435

eV
积分
1591

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-1-16 09:56:57 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型,截断为1。
用gmx 2021.4,加了-update  ...

咦,这个技巧好

42

帖子

0

威望

1587

eV
积分
1629

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-1-16 11:39:36 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系,用的三点水模型,截断为1。
用gmx 2021.4,加了-update  ...

使用GPU加速,请问加入 -update gpu 选项,是只需要在cpu执行命令基础上多加入这个,还是也得同时指定 -nb gpu ?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-5-18 00:49 , Processed in 0.487511 second(s), 24 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list