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[Gaussian/gview] 柔性扫描的键角该如何设置?

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本帖最后由 日暮知心 于 2022-2-12 12:07 编辑

比如说1、2、3原子构成一个环,我想让1逐渐远离键2-3,按照标准输入格式应该无法实现吧?怎样才能像GV里面那样可以固定2、3原子不动而改变键角∠213?谢谢各位老师。

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发表于 Post on 2022-2-15 05:58:50 | 只看该作者 Only view this author
日暮知心 发表于 2022-2-14 11:05
ts试过很多遍了,都找不到,而且此体系吸附反应剧烈。

我们这目前只有G09,是不是用不了GIC了

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-14 11:05:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-14 04:55
先直接用opt=TS找过渡态,试几个过渡态初猜,如果都找不到,再考虑柔性扫描
可以用G16的GIC,要求两个部 ...

ts试过很多遍了,都找不到,而且此体系吸附反应剧烈。

我们这目前只有G09,是不是用不了GIC了

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发表于 Post on 2022-2-14 04:55:50 | 只看该作者 Only view this author
日暮知心 发表于 2022-2-13 15:38
好的,我以后注意。
如图,我想作一个反应中心为过氧环氧化物解吸过程的柔性扫描,以验证过渡态的存在性 ...

先直接用opt=TS找过渡态,试几个过渡态初猜,如果都找不到,再考虑柔性扫描
可以用G16的GIC,要求两个部分的几何中心距离逐渐远离,详见下文GIC部分
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
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发表于 Post on 2022-2-13 18:36:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 共和国面壁者 于 2022-2-13 18:42 编辑

http://sobereva.com/474对你可能有帮助。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-13 15:38:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-13 03:21
画个示意图,说清楚到底想要干嘛

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过 ...

好的,我以后注意。
如图,我想作一个反应中心为过氧环氧化物解吸过程的柔性扫描,以验证过渡态的存在性。最初的想法是固定两个碳原子,改变O的键角来使O远离


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发表于 Post on 2022-2-13 03:21:56 | 只看该作者 Only view this author
画个示意图,说清楚到底想要干嘛

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-2-12 17:31:35 | 只看该作者 Only view this author
“固定2、3原子不动而改变键角∠213”这个定义不明确,单固定2、3的位置和∠213键角不能唯一确定原子1的位置。
先得明确定义你的需求,确定你给的限制可以唯一确定原子1的位置
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-12 15:18:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 日暮知心 于 2022-2-12 15:50 编辑

我想过用冻结,可是实际上2-3键长会缩短一点点。或者我让1同时远离2和3?

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