Fe催化的一个偶联反应的过渡态搜寻，老是不收敛（已解决）

yukinolike · 发表于 Post on 2022-3-17 09:31:15

本帖最后由 yukinolike 于 2022-3-23 08:07 编辑

最近做一个Fe催化的一个偶联，这个反应如图，是要寻找2到3之间的过渡态Ts1,我刚开始算的第一个，从算好的振动方向来看，优化步骤中间就是过渡态，但是因为最后不收敛报错了，我看了网上的方法后，提取最后一帧，其他计算方法都没变的情况下，就接着继续算，第二次的结果更不收敛了，而且没有看到反应振动。所以过渡态应该是在我的第一个计算里面，但是因为不收敛没法看到频率，也不知道虚频出现在哪个构象里面，所以恳请大佬求助。

Accelerator · 发表于 Post on 2022-4-27 11:39:16

先固定和反应坐标有关的键长进行限制性优化，确认得到所需要的虚频后，再放开所有自由度寻找过渡态。
原子转移反应通常需要固定两根键长才容易得到比较好的初猜，例如固定C-H和N-H距离均在1.3 A左右。

yu0117153157 · 发表于 Post on 2022-4-20 10:12:11

学习了

yukinolike · 发表于 Post on 2022-3-23 08:06:51

北大-陶豫发表于 2022-3-17 11:17
去掉甲基找到过渡态，再把它反应中心的几何参数照搬到你的实际体系，会是很好的过渡态初猜。

谢谢你已经找到啦初猜结构非常完美

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-18 07:21:55

yukinolike 发表于 2022-3-17 16:12
没用过这个基组，请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛，我才刚接触计算，感觉有一堆东西要看

谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
基组入门资料小合集 http://bbs.keinsci.com/thread-2190-1-1.html

另外，我在北京科音的初级和量子化学培训班里全面讲基组的知识
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

以后发帖时注意标题必须详细具体，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，不要用“过渡态搜寻,老是不收敛”这种不够具体的标题，给你改了。

snljty · 发表于 Post on 2022-3-17 19:49:32

fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是sin ...

a真不一定，def2-SVP可能比6-31G**精度高一些，但是不够稳健。我已经遇到过三四个常见有机分子，某些二面角def2-SVP定性错误了。比如取代的苯胺、丙酮、连噻吩这些体系都有明显的问题。考虑到Pople基组在Gaussian里还能利用SP壳层有轻微的加速，个人建议在Gaussian里2-zeta基组还是6-31G*（或者需要给氢加极化的时候6-31G**）

sai77 · 发表于 Post on 2022-3-17 19:29:56

yukinolike 发表于 2022-3-17 16:12
没用过这个基组，请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛，我才刚接触计算，感觉有一堆东西要看

《谈谈量子化学中基组的选择》
http://sobereva.com/336

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-17 16:49:30

本帖最后由 wzkchem5 于 2022-3-17 09:51 编辑

yukinolike 发表于 2022-3-17 09:02
哦好的，我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗，像是(opt=calcfc,recalc=5)，还是只用写一个r ...

如果要一起写的话，应该是opt=(calcfc,recalc=5)，opt=要写在括号外面。当然正如你楼下所说，用recalc时不用写calcfc，但是假如碰到其他的关键词确实要一起写的情形，要注意哪些写在括号里，哪些写在括号外

yukinolike · 发表于 Post on 2022-3-17 16:12:32

fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是sin ...

没用过这个基组，请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛，我才刚接触计算，感觉有一堆东西要看

yukinolike · 发表于 Post on 2022-3-17 16:11:03

wzkchem5 发表于 2022-3-17 15:55
这个反应确定有势垒吗？有可能是实际上势垒等于0，导致过渡态不存在，所以才找不到

这个有过渡态的，我是在重复别人的计算工作，它就是不收敛。

sai77 · 发表于 Post on 2022-3-17 16:05:15

yukinolike 发表于 2022-3-17 16:02
哦好的，我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗，像是(opt=calcfc,recalc=5)，还是只用写一个r ...

只写recalc就行

yukinolike · 发表于 Post on 2022-3-17 16:02:49

sai77 发表于 2022-3-17 16:00
很遗憾不行，g16才有的功能

哦好的，我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗，像是(opt=calcfc,recalc=5)，还是只用写一个recalc就够了

sai77 · 发表于 Post on 2022-3-17 16:00:48

yukinolike 发表于 2022-3-17 15:56
好的我试试，这个关键词recalc= 高斯09能用吗

很遗憾不行，g16才有的功能

yukinolike · 发表于 Post on 2022-3-17 15:56:04

sai77 发表于 2022-3-17 10:51
结构是不是开始震荡了？
关键词试试recalc=3~5

好的我试试，这个关键词recalc= 高斯09能用吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-17 15:55:22

这个反应确定有势垒吗？有可能是实际上势垒等于0，导致过渡态不存在，所以才找不到

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[Gaussian/gview] Fe催化的一个偶联反应的过渡态搜寻，老是不收敛（已解决）

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