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[综合交流] 求助计算分子的亲脂性logP的值是实验数据的10倍

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大家好!想计算一下实验分子的亲脂性logp,采用了https://doi.org/10.26434/chemrxiv.11320130 这篇文章的计算方法,如下图所示。但是计算出来的值是实验数据的10倍,请问这合理吗?用这种计算方法可靠吗?

管理员注:本帖作者严重不当引用北京科音基础量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)的ppt,已删除处理。ppt见12L

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发表于 Post on 2022-5-17 20:17:29 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-5-14 09:00
您好!假如我不用公式计算,有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗,主要是想和实验进行对应

http://bbs.keinsci.com/thread-29619-1-1.html

你试试MolAICal这个教程,或者使用官方教程的2.5和5.1部分算一下LogP: https://molaical.github.io/tutorial.html

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发表于 Post on 2022-5-14 20:52:37 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-5-14 13:08
非常感谢您的回复,请问有具体参考文献吗

”如果离子完全电离的话,总体系的自由能等于各个离子的自由能之和“这是不言自明的,不需要用参考文献证明。至于你的体系是否真的是完全电离的,那可能需要用参考文献证明,但那个是你应该去查的,我不了解你的体系,也不可能找到相关的参考文献。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 20:08:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-14 19:44
对,直接优化单个的抗衡离子,然后把算出来的自由能乘以2,加到阳离子的自由能上去

非常感谢您的回复,请问有具体参考文献吗

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发表于 Post on 2022-5-14 19:44:41 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-5-14 11:53
您好,如果单独算的话,是直接优化抗衡离子吗?因为我的涉及到两个抗衡离子,两个的位置应该如何摆放。

对,直接优化单个的抗衡离子,然后把算出来的自由能乘以2,加到阳离子的自由能上去
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 18:53:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-14 18:48
可以用molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html)自动搜索抗衡离子的最优位置。如果实验 ...

您好,如果单独算的话,是直接优化抗衡离子吗?因为我的涉及到两个抗衡离子,两个的位置应该如何摆放。

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发表于 Post on 2022-5-14 18:48:57 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-5-14 11:29
我想用这个公式,但是我的分子没有晶体结构,导致我抗衡离子的位置不知道如何加,如果不加,则算出来比实 ...

可以用molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html)自动搜索抗衡离子的最优位置。如果实验上已知抗衡离子是完全电离的话,也可以单独算抗衡离子,把自由能加到阳离子的自由能上面
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 18:29:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-14 14:40
没有必要不用公式啊,这公式才一次减法一次除法,又不麻烦,干嘛不用?
即使有软件可以不用这个公式来给 ...

我想用这个公式,但是我的分子没有晶体结构,导致我抗衡离子的位置不知道如何加,如果不加,则算出来比实验值大10倍

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发表于 Post on 2022-5-14 14:40:17 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-5-14 02:00
您好!假如我不用公式计算,有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗,主要是想和实验进行对应

没有必要不用公式啊,这公式才一次减法一次除法,又不麻烦,干嘛不用?
即使有软件可以不用这个公式来给你计算,那也是因为这个软件内部自动调用了这个公式,而不是因为这个软件可以不用这个公式。又因为这个公式也就是多按两次计算器的事,远比你学一种新的软件要容易,所以没必要只为了不用这个公式而去学其他软件。
Zikuan Wang
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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-5-14 09:26:49 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-5-14 09:00
您好!假如我不用公式计算,有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗,主要是想和实验进行对应

我不知。有一堆文章给出logP的经验公式,基本思想是用分子基团、极化率等参数做拟合,中性分子居多,对盐类的拟合好不好我不知道。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 09:00:57 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-12 14:12
你的文件一个是G16 A.03(Linux),一个是G16 C.01(Linux), 我的GV是6.0.16Win,不知道为什么两个文件都打 ...

您好!假如我不用公式计算,有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗,主要是想和实验进行对应

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 09:00:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-12 14:53
因为实验上这个阳离子在辛醇/水之间分配的时候,必然带着阴离子一起,不可能只有阳离子从一相跑到另一相而 ...

您好!假如我不用公式计算,有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗,主要是想和实验进行对应

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发表于 Post on 2022-5-12 20:43:32 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-5-12 11:08
您好!我又发了一个新的帖子,谢谢您的帮助

这种情况不得重新发帖!
别人提示后,有要补充的内容直接在回帖里发,如果没别人回复过直接编辑原帖!仔细看置顶的新社员必读贴
相同问题发两个帖子会严重扰乱论坛秩序!


如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“采用公式计算分子的亲脂性logP”改了,以后务必注意,下次再违规扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-12 20:39:40 | 只看该作者 Only view this author
完全相同的问题,发两个主题帖子干嘛?这次扣50 eV予以警告处理。这次我把帖子合并了,下次再发现积分扣光

引用我的培训班ppt的时候不得把顶端的版权信息截掉



已经把你帖子里的图片删除处理,下次再发现此行为将删帖处理
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发表于 Post on 2022-5-12 14:53:47 | 只看该作者 Only view this author
因为实验上这个阳离子在辛醇/水之间分配的时候,必然带着阴离子一起,不可能只有阳离子从一相跑到另一相而阴离子不动。所以实验测得的不是这个阳离子自己的logP,而是阳离子加上抗衡阴离子这个总体系的logP。所以计算必须考虑抗衡阴离子,其中如果已知抗衡阴离子基本是完全电离开的,那么应该单独算抗衡阴离子再把自由能加进来;如果已知抗衡阴离子基本是完全没有电离开的,那么应该把抗衡阴离子放在阳离子附近一块优化、一块算(这个要做得严格的话还涉及到构型搜索的问题)

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Zikuan Wang
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