请教一下锌和甲醇配位问题

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-25 16:54:57

采用b3lyp def2svp结构优化和能量计算，优化到五配位的时候，结合自由能大于四配位，但是Zn-O键在gauss view已经消失了，我是不是可以认为四配位是一个较为稳定的状态，还是说要接着增加配位分子继续优化？

付之一生 · 发表于 Post on 2022-6-2 15:55:41

chands 发表于 2022-6-2 11:17
有可能体系太小（溶剂分子不够多），导致Zn2+有时跑到团簇的边上，半裸露在外，统计上配位数就少了。如果 ...

ok感谢

chands · 发表于 Post on 2022-6-2 11:17:44

本帖最后由 chands 于 2022-6-2 11:46 编辑

付之一生发表于 2022-6-2 11:07
但是我这个做出来的rdf感觉没什么规律，是我模拟的时间太少了吗

有可能体系太小（溶剂分子不够多），导致Zn2+有时跑到团簇的边上，半裸露在外，统计上配位数就少了。如果用第一性原理软件（如CP2K）模拟，搞一个足够大的溶剂盒子，加Zn2+和抗衡离子，做RDF，应该能给出配位数。
我记得Zn2+和水、甲醇都是六配位的，可以查相关文献，不用这么麻烦去算，如果算Zn2+和其他溶剂的配位，原理一样，方法类似。

付之一生 · 发表于 Post on 2022-6-2 11:07:53

chands 发表于 2022-6-1 21:30
完全可以。标准方法之一，坛子上也有不少相关帖子。

但是我这个做出来的rdf感觉没什么规律，是我模拟的时间太少了吗

chands · 发表于 Post on 2022-6-1 21:30:28

付之一生发表于 2022-6-1 18:29
我明白了，那可不可以用径向分布函数来确定配位数呢

完全可以。标准方法之一，坛子上也有不少相关帖子。

付之一生 · 发表于 Post on 2022-6-1 18:29:02

chands 发表于 2022-5-30 19:23
王老师的意思是做一个统计，比如画个直方图之类，这比一张图的说服力强多了。“稳定”也有涨落的。

我明白了，那可不可以用径向分布函数来确定配位数呢

付之一生 · 发表于 Post on 2022-6-1 18:27:08

wzkchem5 发表于 2022-5-30 20:35
我的意思是，假如稳定状态是90% 7配位，10% 6配位，你恰好在Zn是6配位的时候把计算停了，那就会得出错误 ...

老师您好，我根据您的想法打算采用径向分布函数来判断配位数，但是我操作完之后发现很不对劲，第一溶剂化是个小峰，而且配位数不对劲，这是为什么，请老师赐教。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-30 20:35:28

付之一生发表于 2022-5-30 12:18
那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态，分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗

我的意思是，假如稳定状态是90% 7配位，10% 6配位，你恰好在Zn是6配位的时候把计算停了，那就会得出错误的结论。Zn的配位数未必是一成不变的，可能是多种可能的配位数之间的平衡，这种情况下应该取概率最大的那种配位数。

chands · 发表于 Post on 2022-5-30 19:23:20

付之一生发表于 2022-5-30 19:18
那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态，分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗

王老师的意思是做一个统计，比如画个直方图之类，这比一张图的说服力强多了。“稳定”也有涨落的。

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-30 19:18:23

wzkchem5 发表于 2022-5-30 17:22
不能只看最后一帧，应该找很多代表性的帧（比如至少10帧，建议等间隔取），如果都是6配位，那才可以证明 ...

那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态，分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-30 17:22:41

付之一生发表于 2022-5-30 10:19
老师您好，我现在创建一个锌离子和20个甲醇的模型进行动力学模拟后，动力学轨迹最后一帧显示的还是六配位 ...

不能只看最后一帧，应该找很多代表性的帧（比如至少10帧，建议等间隔取），如果都是6配位，那才可以证明是6配位。否则只能证明6配位存在，不能证明它是主要的配位方式

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-30 17:19:41

wzkchem5 发表于 2022-5-29 00:37
可以，如果不想手动摆初始结构，可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构

老师您好，我现在创建一个锌离子和20个甲醇的模型进行动力学模拟后，动力学轨迹最后一帧显示的还是六配位，现在是不是可以确定直接接触的是六配位

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-29 01:06:15

wzkchem5 发表于 2022-5-29 00:37
可以，如果不想手动摆初始结构，可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构

ok，大致明白了，感谢老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-29 00:37:28

付之一生发表于 2022-5-28 16:07
那老师我想请问一下用xtb跑md能设置体系是由多少多少溶剂和溶质分子组成的吗，还是说只能锌周围建模比如 ...

可以，如果不想手动摆初始结构，可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-28 23:07:18

wzkchem5 发表于 2022-5-28 22:12
图没有贴上来
这个还是取决于你想算什么结合能，如果只要结合了就算，哪怕有的甲醇分子和Zn2+不挨着，完 ...

那老师我想请问一下用xtb跑md能设置体系是由多少多少溶剂和溶质分子组成的吗，还是说只能锌周围建模比如说10个溶质分子然后去跑md

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