Thiel的MNDO程序开源了，可做OM2/MRCI等计算

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-2 02:36:25

本帖最后由 wzkchem5 于 2024-6-28 12:07 编辑

网址：https://mndo.kofo.mpg.de/

MNDO是Walter Thiel组开发的半经验程序，因Thiel已于2019年去世，程序现由Frank Neese代管。
MNDO最主要的特色在于可以做OMx系列方法（OM1、OM2、OM3）的半经验计算，这些方法支持的元素比较少，但是精度完爆PM7等传统半经验方法（https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.5b01047；粗略搜了一下好像没人把OMx跟xTB比过）。而且还可以结合MRCI做半经验激发态计算，精度接近TDDFT精度（https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.6b00403），因为用了多参考态方法，可以描述多参考态体系，而不像一般半经验方法那样只能描述单参考态体系。不仅如此，MNDO还可以基于半经验方法做非绝热动力学计算，计算速度远快于TDDFT，非常适合研究较大分子的超快内转换/系间穿越过程。
今天起MNDO程序对学术用户开源，有意获取程序者需在https://mndo.kofo.mpg.de/license.php填写表单，生成license agreement，签字后按页面提示发给指定的邮箱，之后会获得一个Git账号，可以下载MNDO程序的源代码和二进制版。更多信息请参见https://mndo.kofo.mpg.de/。如因网络问题，国内无法访问这个网站的话，我可以代为填写表单，需要私信我提供您的（1）姓名、（2）详细通讯地址、（3）邮箱、（4）是否仅供您课题组内的计算机使用，如果不是的话，列出所有拟安装MNDO的计算机（例如您所在院系的集群）。
注意：如网站所述，仅允许博后及导师申请获取程序，学生需请自己的导师代为申请。

补充（2024.6.28）：如果申请至少一个月都没有收到回复，且确定自己符合申请要求（尤其是申请者不能是学生），不是因为不满足申请要求所以没有回复的话，可以和我联系，我催一下相关的负责人

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-5 00:56:45

try 发表于 2024-3-4 15:55
老师们好！请问MNDO调轨道的关键词是什么呢？尝试使用了movo=2和iswap关键词，但是一直提示识别不了iswap， ...

如果说明书写了这个关键词，但是实际不起作用，可以给申请MNDO license的那个邮箱（mndo@kofo.mpg.de，Dr. Axel Koslowski）发邮件询问。他不仅负责MNDO的license，也负责程序代码本身

try · 发表于 Post on 2024-3-4 22:55:56

老师们好！请问MNDO调轨道的关键词是什么呢？尝试使用了movo=2和iswap关键词，但是一直提示识别不了iswap，感谢回复！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-22 01:57:02

muuu2333 发表于 2023-9-21 16:55
能算含有过渡金属的配合物体系的激发态吗

算不了，因为OM2只支持H, C, N, O, F元素。据我所知能算过渡金属激发态的半经验方法主要就是INDO（ZINDO）系列方法和sTDA-xTB了，而且都做不了激发态结构优化和激发态动力学

muuu2333 · 发表于 Post on 2023-9-21 23:55:39

能算含有过渡金属的配合物体系的激发态吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-25 15:32:53

鬼隐发表于 2023-7-25 02:53
王老师，你好！
我拿到了mndo的gitea账号，but我clone mndo代码后发现无法通过编译，（起初是一些字符串数 ...

感谢反馈！现在负责MNDO的是我们组的Dr. Axel Koslowski，邮箱是koslowski[at]kofo.mpg.de，可以直接和他联系

鬼隐 · 发表于 Post on 2023-7-25 09:53:17

本帖最后由鬼隐于 2023-7-25 10:31 编辑

王老师，你好！
我拿到了mndo的gitea账号，but我clone mndo代码后发现无法通过编译，（起初是一些字符串数组构造器问题，隐式类型转换，etc 太trivial不放截图了），我手动修了7-8份源码文件之后还是一直在出编译error。我想可能是我用的gcc版本太新，过于严格。于是换docker centos:7.9 x86_64 （gcc gfortran 485），依然是无法通过编译。现在应该是你们组在管这份代码，是否可以请你push一下组内的大佬们修修bug，or 放出mndo2019的源码（gitea上只有两个commit，我无法revert）。
顺便一提，INSTALL里的安装方法也是不完整的，应该先

automake --add-missing
autoconf

复制代码

其在这里提到mndo repo descrip

我在BIN看到有mndo2020 ifort mkl的静态二进制文件
但是运行之后屏幕显示的是mndo2019.

顺带一问，gitea上是否可以commit，开个branch pr 然后merge main那种。

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建议所有人放弃ifort，这种奇怪的bug兼容性只会教坏小朋友。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-29 03:11:37

喵星大佬发表于 2022-11-28 18:44
这是有个单独的程序还是有别的程序支持这种做法

https://github.com/grimme-lab/stda

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-11-29 01:44:34

wzkchem5 发表于 2022-11-28 18:41
手册里没搜到。但是Grimme的sTDA-xTB支持算CD光谱

这是有个单独的程序还是有别的程序支持这种做法

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-28 18:41:17

喵星大佬发表于 2022-11-28 09:31
这个玩意可以算大体系的CD光谱么

手册里没搜到。但是Grimme的sTDA-xTB支持算CD光谱

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-11-28 16:31:11

这个玩意可以算大体系的CD光谱么

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-10-14 02:26:10

cxh19990601 发表于 2022-10-13 15:24
请问一下mndo可以设置并行嘛，应该如何设置？

应该是可以的，有一个mplib关键字。
https://mndo.kofo.mpg.de/input.php

cxh19990601 · 发表于 Post on 2022-10-13 22:24:28

请问一下mndo可以设置并行嘛，应该如何设置？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-12 15:24:50

itpfeng 发表于 2022-9-11 21:10
1楼的链接打不开啊

我已经说了，“如因网络问题，国内无法访问这个网站的话，我可以代为填写表单，需要私信我提供您的（1）姓名、（2）详细通讯地址、（3）邮箱、（4）是否仅供您课题组内的计算机使用，如果不是的话，列出所有拟安装MNDO的计算机（例如您所在院系的集群）。”

itpfeng · 发表于 Post on 2022-9-12 04:10:05

1楼的链接打不开啊

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