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计算化学公社

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[其它量化程序] Thiel的MNDO程序开源了,可做OM2/MRCI等计算

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发表于 Post on 2022-6-2 02:36:25 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-8-4 09:11 编辑

网址:https://mndo.kofo.mpg.de/

MNDO是Walter Thiel组开发的半经验程序,因Thiel已于2019年去世,程序现由Frank Neese代管。
MNDO最主要的特色在于可以做OMx系列方法(OM1、OM2、OM3)的半经验计算,这些方法支持的元素比较少,但是精度完爆PM7等传统半经验方法(https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.5b01047;粗略搜了一下好像没人把OMx跟xTB比过)。而且还可以结合MRCI做半经验激发态计算,精度接近TDDFT精度(https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.6b00403),因为用了多参考态方法,可以描述多参考态体系,而不像一般半经验方法那样只能描述单参考态体系。不仅如此,MNDO还可以基于半经验方法做非绝热动力学计算,计算速度远快于TDDFT,非常适合研究较大分子的超快内转换/系间穿越过程。
今天起MNDO程序对学术用户开源,有意获取程序者需在https://mndo.kofo.mpg.de/license.php填写表单,生成license agreement,签字后按页面提示发给指定的邮箱,之后会获得一个Git账号,可以下载MNDO程序的源代码和二进制版。更多信息请参见https://mndo.kofo.mpg.de/。如因网络问题,国内无法访问这个网站的话,我可以代为填写表单,需要私信我提供您的(1)姓名、(2)详细通讯地址、(3)邮箱、(4)是否仅供您课题组内的计算机使用,如果不是的话,列出所有拟安装MNDO的计算机(例如您所在院系的集群)。
注意:如网站所述,仅允许博后及导师申请获取程序,学生需请自己的导师代为申请。


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Novice + 5 赞!能否有人基于Xtb修改一下实现激发态和.
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发表于 Post on 2022-6-2 07:49:57 | 显示全部楼层 Show all
当初想用找半天都找不到渠道,费了老半天劲才从一个老师手里拿到这个程序。如今终于开源了。
不过有一说一,根据我自己的测试结果来看,OM2/MRCI的精度也就是一般半经验的级别,跟TDDFT比还是有很大差距。当然,描述起CI来已经比单参考态方法强多了。
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发表于 Post on 2022-6-2 08:11:50 | 显示全部楼层 Show all
请问一下,这里说的系间窜跃包括三重态双自由基向开壳层单重态双自由基的转换这样的过程吗?

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发表于 Post on 2022-6-2 12:05:32 | 显示全部楼层 Show all
确实想问一下,现在是否有关于基于xtb计算激发态的尝试啊?
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发表于 Post on 2022-6-2 12:17:22 | 显示全部楼层 Show all
wxhwbh 发表于 2022-6-2 12:05
确实想问一下,现在是否有关于基于xtb计算激发态的尝试啊?

做激发态的sTDA-xTB实际上比GFN-xTB更早提出。

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发表于 Post on 2022-6-2 13:12:10 | 显示全部楼层 Show all
hebrewsnabla 发表于 2022-6-2 12:17
做激发态的sTDA-xTB实际上比GFN-xTB更早提出。

然而精度有点感人

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发表于 Post on 2022-6-2 14:10:58 | 显示全部楼层 Show all
RAL 发表于 2022-6-2 13:12
然而精度有点感人

其实半经验激发态方法能真正发挥作用的地方在动力学,毕竟算的快,精度差点其实无伤大雅。
不过这种方法至少要满足两个要求:一是在锥形交叉区域至少要能定性描述,二是程序至少能提供解析梯度和非绝热耦合。sTDA-xTB好像这俩都不满足,而OM2/MRCI在这方面已经有很多应用了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-2 15:12:16 | 显示全部楼层 Show all
wxhwbh 发表于 2022-6-2 00:49
当初想用找半天都找不到渠道,费了老半天劲才从一个老师手里拿到这个程序。如今终于开源了。
不过有一说一 ...

我也遇到过文献算出来OM2/MRCI和TDDFT的S1、S2态顺序都是反的,然后还强行用OM2/MRCI跑非绝热动力学的情况。。。不过也不知道是个例还是普遍现象

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-2 15:13:13 | 显示全部楼层 Show all
deltazheng 发表于 2022-6-2 01:11
请问一下,这里说的系间窜跃包括三重态双自由基向开壳层单重态双自由基的转换这样的过程吗?

包括,而且这个是OM2/MRCI的强项,因为用了MRCI,描述单重态双自由基的时候可以没有自旋污染

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发表于 Post on 2022-6-2 15:41:31 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-6-2 15:12
我也遇到过文献算出来OM2/MRCI和TDDFT的S1、S2态顺序都是反的,然后还强行用OM2/MRCI跑非绝热动力学的情 ...

这是算出来就是反的还是写文章时标反了...
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-2 16:55:58 | 显示全部楼层 Show all
wxhwbh 发表于 2022-6-2 08:41
这是算出来就是反的还是写文章时标反了...

应该算出来就是反的,文章说了,但是因为TDDFT跑不动非绝热动力学,就强行用OM2/MRCI跑了。。。

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发表于 Post on 2022-6-2 17:34:51 | 显示全部楼层 Show all
hebrewsnabla 发表于 2022-6-2 12:17
做激发态的sTDA-xTB实际上比GFN-xTB更早提出。

sTDA无法做激发态构象优化和非绝热动力学计算,这个才是我想表达的。

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发表于 Post on 2022-6-2 18:15:55 | 显示全部楼层 Show all
mndo电荷也可以用这个程序算吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-2 19:22:48 | 显示全部楼层 Show all
biogon 发表于 2022-6-2 11:15
mndo电荷也可以用这个程序算吧

你指的是MNDO半经验方法算出来的Mulliken电荷是吗

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发表于 Post on 2022-6-2 20:57:12 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-6-2 19:22
你指的是MNDO半经验方法算出来的Mulliken电荷是吗

可能是,我看别人文章里说的mndo电荷,不知具体是什么

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