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[Amber] Amber14安装方法

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Amber14安装方法
Installation method of AMBER14

文/Sobereva @北京科音   2014-Nov-22



编译环境:RHEL6U1-64bit, root, bash。硬件:Core 2 Q6600,GTX770。安装到/sob/amber14。用的编译器、MPI库版本在文中都已经注明了,其它软件环境下不保证能按此文方法顺利编译,请根据错误提示自行解决。

Amber越来越多的东西都被挪到免费开源的AmberTools里面了。Amber14只剩PMEMD一个模块了,其它所有模块,包括曾经amber最核心的sander,都已经弄到AmberTools14里了。可以说,光靠AmberTools就已经足够进行动力学模拟了。如果需要更快的速度和GPU加速,才需要花钱买Amber。


====准备工作====

准备好Amber14.tar.bz2,去官网免费下载AmberTools14.tar.bz2。

安装ifort,icc 12.1.0到默认路径(其它版本我没试过)。MKL对性能影响很小,这里不用MKL。

编译openmpi:
http://www.open-mpi.org下载OpenMPI 1.6.5(更新的版本大抵也可以,笔者没测试),解压到/sob目录下,进入其目录,运行
./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort; make all install
此时openmpi的可执行文件、库文件、头文件等就被装到了/usr/local里面的对应目录下。

然后在.bashrc里加上
export AMBERHOME=/sob/amber14
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$AMBERHOME/lib

运行bash使环境变量生效。

进入/sob目录,将AmberTools14.tar.bz2在当前目录下解压。将Amber14.tar.bz2也在当前目录下解压,这会合并掉一些目录,覆盖几个文件。然后amber14目录下应该会看到Ambertools、src、benchmarks等目录。

要保持联网畅通,以使得安装程序能自动使用官网上的补丁。

====编译串行版本====

cd /sob/amber14
./configure intel,程序检测到有补丁文件,输入y。

运行make install开始编译,耗时20多分钟。
运行make test进行测试。测试时间相当长,两个小时左右。测试内容包括面向第三方量化程序的QMMM接口,如果机子上有gaussian、orca、terachem等等,在测试过程中都会被调用。笔者这里有11个测试failure,大部分是和orca有关的,这无关紧要。测试结果在/sob/amber14/logs目录下有汇总。


====编译并行版本====

./configure -mpi intel
make install
会在bin目录下生成MMPBSA.py.MPI、pmemd.amoeba.MPI、pmemd.MPI、sander.LES.MPI、sander.MPI等带.MPI后缀的文件。

进行测试,-np后面是测试时用的核数。
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test
一般的四核机子应该大概在半个小时内完成。笔者458个测试悉数通过。

编译OpenMP并行版NAB和Cpptraj
./configure -openmp intel
make openmp
编译出来的名字和串行版本一样仍叫nab和cpptraj。


====编译GPU版PMEMD====

先去nVidia网站下载并安装CUDA toolkit到默认路径,笔者用的是5.5。然后在.bashrc里加入
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-5.5
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
运行bash使之生效

cd /sob/amber14
./configure -cuda intel
make install
./configure -cuda -mpi intel
make install
很快就编译完了,bin目录下产生了pmemd.cuda和pmemd.cuda.MPI。这是默认的SPFP版本,是精度和速度的最佳平衡。还有种DPFP版本,把-cuda改为-cuda_DPFP就可以编译,精度更高但计算消耗也明显更高,一般没必要。

测试串行版GPU版
make test.cuda
测试并行版GPU版
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test.cuda_parallel

笔者这里提示的Possible failure竟接近半数。原因大抵是GPU跑动力学的重现性本来就比CPU跑更低,所以和参考值偏差容易较明显,但这也不能说当前设备跑的结果不合理,只不过是探索相空间的不同区域罢了。




附之前版本的编译方法:
Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法,以及Amber12安装方法
http://sobereva.com/103
Amber10安装方法
http://sobereva.com/3

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发表于 Post on 2021-11-10 07:58:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-10 11:11 编辑
sobereva 发表于 2021-11-10 02:03
如果你不需要有图形界面的leap,就按提示说得加上-noX11

好的感谢sob老师,那我试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-10 02:03:20 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2021-11-9 21:27
请问老师,今天我按照此帖安装Amber14,AmberTools14时候,到了做完./configure intel,并输入y后的时候, ...

如果你不需要有图形界面的leap,就按提示说得加上-noX11
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发表于 Post on 2021-11-9 21:27:57 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,今天我按照此帖安装Amber14,AmberTools14时候,到了做完./configure intel,并输入y后的时候,出现了如图所示的错误,检查编译mpi并没有问题,请问各位老师这是什么原因呢?解决办法又是什么呢?

(DDR9A12T}DBQ499(%{KPAH.png (61.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 140)

(DDR9A12T}DBQ499(%{KPAH.png
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发表于 Post on 2021-4-10 22:57:29 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2015-1-3 19:32
Sob老师我想问一下,如果我只用Amber做一些小分子的力场参数,是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber . ...

您好,请问这个怎么实现呢?和上面同一个步骤吗?因为只安装ambertools的话,环境变量的位置似乎有问题?希望大佬有时间能指点一下

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发表于 Post on 2020-8-31 14:32:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 知黑守白 于 2020-8-31 14:42 编辑

卢老师,请教您一个关于amber18安装之后运行的问题

我按照您的帖子,新装了cent os7.8系统,在此基础上安装好了amber18的串行版,并行版,GPU版本和GPU并行版本,对应的运行指令为pmemd.mpi、pmemd.cuda 、pmemd.cuda.mpi
串行版运行无任何问题
运行并行版pmemd.mpi的时候报错,但是前面加上mpirun -np 8 -allow-run-as-root 之后,八核的并行任务就可以跑起来了
本来我以为相应地对pmemd.cuda.mpi再额外加上类似 -gpu 2(我使用了两块GPU)就可以实现GPU同时运算了,但是还是报了和之前一样的错误
能否请您指点一下,该如何添加指令才能使pmemd.cuda.mpi成功运行啊
cuda版本为10.2(ambertools更新到19之后是支持的)
openmpi版本为 1.8.8

感谢!!!!!

ps:我试了mpirun -np 2 --allow-run-as-root pmemd.cuda.MPI 还是报错,无法调用两块GPU运算

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发表于 Post on 2019-5-20 16:35:45 | 只看该作者 Only view this author
一开始,以为pmemd.cuda.MPI是同时使用多个CPU和1个GPU
然后多次跑MD失败才知道是并行多个GPU

请教怎么才能同时使用多个CPU和1个GPU?
pmemd.cuda好像只能用1个CPU

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发表于 Post on 2019-4-12 10:01:35 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,这个帖子明确了,可以不用考虑Amber,只用AmberTools就好了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-7 23:32:13 | 只看该作者 Only view this author
wfmf1994 发表于 2019-1-7 20:26
我的ifort和icc版本是15.0.0 intel mpi是5.0.1的,是不是这个的问题?
编译过程就是
./configure intel ...

可以试试新版本,2017或者我的版本
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发表于 Post on 2019-1-7 20:26:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-7 18:09
我在CentOS 7.4下用gnu编译器没发现你的问题。如果按照http://sobereva.com/455前半部分安装ifort+icc+in ...

我的ifort和icc版本是15.0.0 intel mpi是5.0.1的,是不是这个的问题?
编译过程就是
./configure intel
make install
第一步没有问题,make install一直报错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-7 18:09:55 | 只看该作者 Only view this author
wfmf1994 发表于 2019-1-7 17:04
老师,我在按照您的教程以及amber18的手册安装ambertools18的时候出现以下错误
CXX ActionFrameCounter.cp ...

我在CentOS 7.4下用gnu编译器没发现你的问题。如果按照http://sobereva.com/455前半部分安装ifort+icc+intel MPI 19.0.1,然后用
./configure intel
make install
也没遇见你说的问题

要么是编译过程不对,要么是你用的编译器和当前版本有兼容性问题
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发表于 Post on 2019-1-7 17:04:27 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在按照您的教程以及amber18的手册安装ambertools18的时候出现以下错误
CXX ActionFrameCounter.cpp
/usr/local/include/c++/6.1.0/type_traits(1367): internal error: bad pointer
                              decltype(__helper<const _Tp&>({}))* = 0);
                                       ^

compilation aborted for ActionFrameCounter.cpp (code 4)
make[4]: *** [ActionFrameCounter.o] Error 4
make[4]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src/cpptraj/src'
make[3]: *** [install] Error 2
make[3]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src/cpptraj'
make[2]: *** [build_cpptraj] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src'
make[1]: *** [serial] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src'
make: *** [install] Error 2
请问这是哪里出问题了呢?

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发表于 Post on 2018-10-26 21:29:34 | 只看该作者 Only view this author
谢谢分享!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-4 05:41:54 | 只看该作者 Only view this author
hxd_yi 发表于 2018-7-3 21:30
我来提醒一个大坑:不能使用gfortran!不能使用gfortran!不能使用gfortran!
gfortran会卡死在编译过程中 ...


对于目前和近期版本而言gnu编译器完全没问题
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发表于 Post on 2018-7-3 21:30:46 | 只看该作者 Only view this author
我来提醒一个大坑:不能使用gfortran!不能使用gfortran!不能使用gfortran!
gfortran会卡死在编译过程中,而且不会报错。

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发表于 Post on 2018-4-22 11:04:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-21 18:01
或许可以,没尝试过
鉴于openmpi最为主流,凡是涉及MPI的我如今都用openmpi

谢谢
http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html

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