计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2316|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 建立晶体模型时出现的结构不正确的问题

[复制链接 Copy URL]

65

帖子

0

威望

360

eV
积分
425

Level 3 能力者

我按照文献中各原子的笛卡尔坐标手动建立了晶体结构文件,应该是有96个水分子,建完之后发现虽然O和H的原子数量是对的,但是通过观察结构发现有游离的H,还有不饱和的氧,请问这种情况怎么处理呢?

未命名1660964094.png (233.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

未命名1660964094.png

未命名1660964112.png (20.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

未命名1660964112.png

未命名1660964147.png (21.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

未命名1660964147.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2022-8-22 09:26:28 | 只看该作者 Only view this author
删掉所有氢,然后重新加氢,之后跑动力学退火或优化令氢的位置合理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1560

帖子

0

威望

4997

eV
积分
6557

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-8-20 11:40:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-8-20 11:41 编辑


http://bbs.keinsci.com/thread-21676-1-1.html
又菜又爱玩

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 04:37 , Processed in 0.218447 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list