直接用文献中的cif得到甲烷水合物gro文件，氢原子多了一倍，该如何解决

牧生 · 发表于 Post on 2021-2-23 07:44:28

本帖最后由牧生于 2021-2-23 09:09 编辑

直接使用文献J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 30, 9407–9412中给出的甲烷水合物的cif文件，使用openbable转为gro文件，得到的图形如下甲烷上有8个氢原子，水分子上有4个氢原子。
请教一下如何去除多余的氢原子啊。

使用VMD打开转化得到的gro文件如下

应该得到的图像是这样的，有笼型结构，甲烷在笼子中

另一方面，使用M$打开的图形和vmd看起来是一样的。

如果使用M$的自动加氢功能，数目倒是对了，但是形状就不再是笼型结构了，
后来，经过M$优化，是可以形成漂亮的笼型，但是，如果不用M$,如何得到漂亮的笼型结构

cif文件如下

jiawanshuihewu.cif (8.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 81)

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-23 10:04:07

那是因为原子占据数不为1，程序把所有可能的占据位置都描述成一个原子，所以看上去氢的数目多于实际，不管用M$、VESTA、gview、Multiwfn载入都会看到同样的情况。
你用M$优化完的结构和实际情况明显不符

牧生 · 发表于 Post on 2021-2-23 10:24:37

那么，我如何得到符合实际，而且图形看起来也合理的模型，

libo371324 · 发表于 Post on 2021-3-10 10:08:08

牧生发表于 2021-2-23 10:24
那么，我如何得到符合实际，而且图形看起来也合理的模型，

问题解决了吗

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-10 10:51:19

libo371324 发表于 2021-3-10 10:08
问题解决了吗

https://zhuanlan.zhihu.com/p/127009955

我试过用冰作为基础，再packmol加入水和甲烷，低温高压下NPT，按理应该也可以得到甲烷水合物。但实际上，水结冰过程观察到了，但是甲烷团聚成一个气泡。只有几个甲烷进入笼子，没有文献中那么漂亮。

我觉得按照这个思路，应该不会错的

libo371324 · 发表于 Post on 2021-3-10 15:32:16

牧生发表于 2021-3-10 10:51
https://zhuanlan.zhihu.com/p/127009955

我做了一次简单的模拟，但是不知道怎么去确认这个笼状结构，依靠氢键吗

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-10 19:10:40

显示氢键以后，就能看到漂亮的笼型结构。

libo371324 · 发表于 Post on 2021-3-16 17:17:29

牧生发表于 2021-3-10 10:51
https://zhuanlan.zhihu.com/p/127009955

上次你得到的笼型结构显示氢键后明显吗，我的怎么感觉这么乱啊，我都感觉我的没有形成水合物

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-17 07:56:32

本帖最后由牧生于 2021-3-17 08:04 编辑

libo371324 发表于 2021-3-16 17:17
上次你得到的笼型结构显示氢键后明显吗，我的怎么感觉这么乱啊，我都感觉我的没有形成水合物

使用冰为基础，然后packmol 加入水和甲烷，我得到的只是甲烷气泡和结冰，没有得到笼型，跑了大概 10 微秒。形成气泡后，就长时间保持为气泡状态，甲烷没有都进入笼子里面。。
虽然有一个甲烷进入笼子，但我觉得不具有代表性。

初始

结束

libo371324 · 发表于 Post on 2021-3-17 08:48:32

牧生发表于 2021-3-17 07:56
使用冰为基础，然后packmol 加入水和甲烷，我得到的只是甲烷气泡和结冰，没有得到笼型，跑了大概 10 微秒 ...

我觉得也是，即使进去啦，也不说明是形成了甲烷水合物，需要找找判断甲烷水合物的方法

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-17 09:31:55

libo371324 发表于 2021-3-17 08:48
我觉得也是，即使进去啦，也不说明是形成了甲烷水合物，需要找找判断甲烷水合物的方法

应该是每个笼子里有一个甲烷，就是甲烷水合物了。。。

我得到的，显然是冰中的气泡。
尝试加大压力再试试

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-8-20 22:24:12

请问您解决了这个问题了嘛？有一种方案我看到的是使用acpype生成所需的.gro和.itp文件，力场选择的是OPLS-AA，不知道您模拟的水合物生成选择的是什么力场

牧生 · 发表于 Post on 2021-8-21 07:25:59

UPC-Ning 发表于 2021-8-20 22:24
请问您解决了这个问题了嘛？有一种方案我看到的是使用acpype生成所需的.gro和.itp文件，力场选择的是OPLS-A ...

没有解决。

分别用过acpype和ligpargen来得到甲烷的itp（分别对应amber力场和opls力场，甲烷中的原子电荷也替换为1.2CM5电荷，也试过RESP2电荷），水使用了itp4p-ice模型，260K和40MPa进行模拟，经过很长很长时间（好几天，跑了大概十微秒以上）的模拟，得到的结果仍然是水结冰，甲烷变成了气泡。

但是，如果只使用冰+水进行低温模拟，则只需要几个小时（几纳秒）就可以明显看到结冰。

有一种方案我看到的是使用acpype生成所需的.gro和.itp文件，力场选择的是OPLS-AA。
我觉得这个是不对的，acpype和opls力场应该是不兼容的。

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-8-21 11:35:44

牧生发表于 2021-8-21 07:25
没有解决。

分别用过acpype和ligpargen来得到甲烷的itp（分别对应amber力场和opls力场，甲烷中的原子 ...

您可以看下这个链接上面sob老师说acpype生成的opls力场属于实验性质，不建议使用，但应该可以兼容http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
不知道您具体模拟水合物生成的具体背景 260K温度太低了生成冰我觉得也很正常实验来讲 40Mpa 很高的温度便可以生成水合物了您可以适当调高温度

牧生 · 发表于 Post on 2021-8-21 15:28:56

UPC-Ning 发表于 2021-8-21 11:35
您可以看下这个链接上面sob老师说acpype生成的opls力场属于实验性质，不建议使用，但应该可以兼容http:/ ...

就是用已有的冰晶胞，用packmol加上水和甲烷。如9楼所示的那样，然后低温高压下MD

我会继续尝试其他的问题，如保持40 MPa，改变温度为270 K，或者273 K，或者280 K

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 直接用文献中的cif得到甲烷水合物gro文件，氢原子多了一倍，该如何解决

评分 Rate

浏览过的版块