openmolcas编译后试运行发生错误

cxh19990601 · 发表于 Post on 2022-8-25 22:35:59

你好老师，这边我刚在网上自学了openmolcas编译，安装完成之后在运行000.input测试文件时出现以下问题。while calling mkdir: No such file or directory
0 parnell_base: cannot make directory /home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch/000
0 parnell: ABORTING
parnell failed to create a WorkDir at /home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch/000

我写的环境变量如下：
# openmolcas
export MOLCAS_WORKDIR=/home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch
export MOLCAS_MEM=4Gb
export MOLCAS=/home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/
export PATH=$MOLCAS/bin:$PATH
export MOLCAS_PRINT=3
export MOLCAS_NPROCS=1
export OMP_NUM_THREADS=4

请问老师这个问题应该如何解决？

cxh19990601 · 发表于 Post on 2022-8-26 22:40:46

好的，谢谢老师!

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-8-26 21:32:49

cxh19990601 发表于 2022-8-26 21:16
老师，我在将整体文件（scratch在内）移动到home目录下解决了临时文件问题，目前又出现了新的问题，我使 ...

各种路径和环境变量有点乱，看输出文件显示怎么有的东西跑到/usr/share/openmolcas里去了，pymolcas跑到/usr/bin/pymolcas里了。建议删掉现在的openmolcas目录，删掉/usr/bin/pymolcas（注意不要删这个目录下其他东西），检查/usr/share/openmolcas如果没用的话也删掉。最后在/home/chan/下重装一遍，装前建议仔细、反复阅读《离线安装OpenMolcas-v22.06》

cxh19990601 · 发表于 Post on 2022-8-26 21:16:27

本帖最后由 cxh19990601 于 2022-8-26 21:18 编辑

zjxitcc 发表于 2022-8-26 12:30
（1）运行ls /home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch，截图展示结果；（2）上传000.out文件，不 ...

老师，我在将整体文件（scratch在内）移动到home目录下解决了临时文件问题，目前又出现了新的问题，我使用pymolcas 005.input >& 005.out & 执行005号test的试计算，发生错误，out文件在附件，请问老师，这个问题应该如何解决？现在的环境变量更改为：
export MOLCAS_MEM=4Gb
export MOLCAS=/home/chan/OpenMolcas-v22.06/build
export PATH=$MOLCAS/bin:$PATH
export MOLCAS_PRINT=3

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-8-26 12:30:19

cxh19990601 发表于 2022-8-26 11:56
老师您好，还是发生报错，结果和1L相同

（1）运行ls /home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch，截图展示结果；（2）上传000.out文件，不要说“和1L相同”。

cxh19990601 · 发表于 Post on 2022-8-26 11:56:40

zjxitcc 发表于 2022-8-26 00:59
先清空临时文件目录，然后运行pymolcas 000.input >& 000.out，观看000.out文件内容，如果有报错，把000 ...

老师您好，还是发生报错，结果和1L相同

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-8-26 00:59:52

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-8-26 01:03 编辑

cxh19990601 发表于 2022-8-26 00:32
（1）/home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch存在。
（2）我使用的是ubuntu系统，提交任务的命 ...

先清空临时文件目录，然后运行pymolcas 000.input >& 000.out，观看000.out文件内容，如果有报错，把000.out文件上传到论坛。

cxh19990601 · 发表于 Post on 2022-8-26 00:32:26

zjxitcc 发表于 2022-8-25 22:41
（1）/home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch是真实存在的目录么？
（2）展示你提交OpenMolcas任 ...

（1）/home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch存在。
（2）我使用的是ubuntu系统，提交任务的命令如下：
pymolcas 000.input 000.out &

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-8-25 22:41:47

（1）/home/chan/downloads/OpenMolcas-v22.06/scratch是真实存在的目录么？
（2）展示你提交OpenMolcas任务的具体命令

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