参考的文献的计算有问题该怎么引用

星纹c

以下算是有点啰嗦：
我正在弄我的第一篇文章，没啥经验。计划是参照实验，算一些实验的文章里面没算的性质，分析一下。
现在问题是有篇IF16以上的文章，本身没啥计算的东西，正文里没有计算信息，全放SI里了，正文里只展示了结构图和环电流图。但之后经过我漫长的计算（纯新手，出了很多岔子），发现他的几何优化有点问题，他没考虑各种构象，用他的函数和基组（B3LYP/6-31G**）算出来能量不是最低的，按玻尔兹曼分布，占比1%都不到（更新一下，我算错了，他的确实是最多的，只考虑这两种构象，他的占比68%，但还是挺难处理的，他根本没提别的构象，今天晚上我换个泛函试试看吧，算错的太多，文件也整理一下）。
说实话这个构象确实有点麻烦，我一开始都没意识到这个分子还能这样柔性的转动，我一开始就是以为只有一种构象。后来仔细看了SI才发现他给了坐标的图，导出来发现跟我还不一样，就去算单点，然后算分布，最后就是确实差的有点多。

比较关键的问题是：
我是在他的基础上算一些性质，从内容来讲感觉就挺水的，而且我本身的水平也不高，那么我该如何处理这个呢？直说我是不敢，是说有争议还是装瞎，等审稿人问了再说？
我老师是做理论方法的，而且很老派，还没开组会，感觉估计会跟我说，让我一说一就行，带我的博士就比较现实，别跟高分文章起冲突。
我的几何优化是跟他一个级别B3LYP/6-31G**,我还加了GD3(BJ);算能量用了B3LYP/def2-TZVPP,也加了GD3(BJ);感觉没啥问题

大伙都遇到过这种问题吗？希望能不吝赐教。最好是自己就处理过这种事，别一味让我有一说一。

gengle

正常引用并指出原文中存在的问题，发现问题你再去解决或完善你的文章才更有价值。

wzkchem5

说句题外话，大概10年前，大家好像还普遍还不怎么做构象搜索，很多人随便画一个看起来还合理的构象算，或者取实验晶体构象算。有的画3、4个构象分别算然后取能量最低的，都已经是非常良心的了。
后来随着xtb的推出，以及随之而来的Molclus、CREST等专业构象搜索软件的普及，现在越来越多的人可以方便地做构象搜索了，而且耗时也可以接受。所以大家逐渐开始把构象搜索作为一个常备的工具，乃至workflow里不可或缺的环节来看待。目前感觉还在转型期，如果发文章不做构象搜索，仍然有不小的概率会被审稿人放过，不过再过个5年、10年看，可能做计算不做构象搜索就像用MP2/6-31G*乃至HF/6-31G*优化结构一样，被喷没有计算化学常识了。
你的工作是在他们的工作之后一段时间做的，算的比他们细是理所应当的，不存在因为怕推翻前人工作就将错就错的问题。好比，假设第一个算正丁烷的生成焓的人是个大佬，而且只考虑了trans构象，难道这就意味着后来算正丁烷生成焓的人都得故意不多算一下gauche构象然后做Boltzmann平均吗？当然gauche构象比trans构象能量高，但是gauche构象的数目是trans构象的2倍，所以在足够高温度下trans构象的平衡浓度可能不到50%，但即使这样也不构成打大佬的脸，因为大佬做计算的年代比较早，有权做得比较粗糙，而你也有道理做得比大佬更精细。

星纹c

sobereva 发表于 2022-9-20 18:06
如果文章值得引用，但里面的计算明显有问题，而且跟自己当前研究的问题有关，就在引用时直接指出存在的可能 ...

谢谢老师，我去试着安装一下molclus，我linux也是刚入门。

sobereva

如果文章值得引用，但里面的计算明显有问题，而且跟自己当前研究的问题有关，就在引用时直接指出存在的可能的问题。

分清楚“泛函”和“函数”

B3LYP/6-31G**这种档次算构象分布纯属搞笑
看
坚持使用B3LYP算有机体系能量的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
以及
molclus主页（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）里相关教程中算构象分布都用的什么流程和级别。

要说成加DFT-D3(BJ)或简称D3(BJ)，而不要说加GD3(BJ)。GD3BJ是Gaussian程序里的关键词，学术界不认

星纹c

反正是灌水与杂谈区，再发个感慨，看了http://bbs.keinsci.com/thread-1678-1-1.html之后（主要是下图），感觉自己想写的文章就是纯水，没啥大价值。

合着我连最核心的系数都算不准