求助：用Sobtop生成拓扑文件后，用Gromacs做分子模拟的问题

深爱小李

首先用Methyl_benzoate.mol2通过Sobtop生成了.gro、.top、.itp文件，然后按照图一所示命令进行分子模拟，最终报错情况如图二所示，请问是哪里出问题了呀

pkuchemistry

你好像没有定义water,

深爱小李

大头攒毛 发表于 2022-10-3 14:06
你可以先看看这个，gromacs官网教程：http://www.mdtutorials.com/gmx/

嗯嗯好的 谢谢

深爱小李

mahoushoujo 发表于 2022-10-2 23:25
还有，没有你的有机分子没有原子电荷

嗯嗯 我算了 电荷为零

大头攒毛

深爱小李 发表于 2022-9-25 23:15
谢谢你的回复，那个title，define是不是在指定蛋白质啊，不需要改成我的有机分子吗。确实参加个培训好多 ...

你可以先看看这个，gromacs官网教程：http://www.mdtutorials.com/gmx/

mahoushoujo

还有，没有你的有机分子没有原子电荷

深爱小李

牧生 发表于 2022-9-25 20:37
constraints             = all-bonds  改为  hbonds

如果你没有建立索引（看你还是新手，应该还不会建 ...

谢谢你的回复，那个title，define是不是在指定蛋白质啊，不需要改成我的有机分子吗。确实参加个培训好多了，但是我还是学生，而且研究方向是药剂，这个分子模拟也是老师让我搞，所以有问题只能各方面求助，太难了

牧生

constraints             = all-bonds  改为  hbonds

如果你没有建立索引（看你还是新手，应该还不会建立索引），干脆把温度设为整个体系的得了

tc-grps     =system
tau_t       = 0.1            
ref_t       = 300         

另外，参加一次培训，可以直接起飞，几乎日常所见的所有体系，都可以在这里找到相似度极高的例子，然后照着依葫芦画瓢即可
    http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html   

深爱小李

牧生 发表于 2022-9-25 19:37
可能是因为[ defaults ]字段重复了，试试删掉这几行

; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/so ...

删掉这些走通了，但是到做NVT平衡时，nvt.mdp的设置又出问题了，请问我需要改下面这个从教程上复制过来的nvt.mdp的哪些参数才能适合我来用呀
复制过来的nvt.mdp如下：
title       = OPLS Lysozyme NVT equilibration
define      = -DPOSRES  ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator  = md        ; leap-frog integrator
nsteps      = 50000     ; 2 * 50000 = 100 ps
dt          = 0.002     ; 2 fs
; Output control
nstxout     = 500       ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout     = 500       ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy   = 500       ; save energies every 1.0 ps
nstlog      = 500       ; update log file every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation            = no        ; first dynamics run
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist         = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb        = 1.0       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1.0       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME   ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4     ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16  ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl      = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
tc-grps     = Protein Non-Protein   ; two coupling groups - more accurate
tau_t       = 0.1     0.1           ; time constant, in ps
ref_t       = 300     300           ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is off
pcoupl      = no        ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz           ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel     = yes       ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp    = 300       ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed    = -1        ; generate a random seed
报错如下：
Fatal error:
Group Protein referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.

深爱小李

牧生 发表于 2022-9-25 19:37
可能是因为[ defaults ]字段重复了，试试删掉这几行

; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/so ...

谢谢回复。嗯嗯 我就是借鉴你的这个帖子来的 好的，我试试看看可不可以

牧生

可能是因为[ defaults ]字段重复了，试试删掉这几行

; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev3.1) on 2022-09-25

[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ    fudgeQQ
     1              2              yes            0.5       0.8333
你include有水，[ molecules ]到底有没有水分子数量啊

看看我以前犯的错
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

深爱小李

牧生 发表于 2022-9-24 15:31
你没有include水

你好@牧生 ，我仿照了你之前的一个帖子include水，为什么还是报错呢？
Methyl_benzoate.top文件如下：
; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev3.1) on 2022-09-25

[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ    fudgeQQ
     1              2              yes            0.5       0.8333
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
; Include Methyl_benzoate.itp topology
#include "Methyl_benzoate.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/tip4p.itp"

[ system ]
Methyl_benzoate

[ molecules ]
; Molecule      nmols
Methyl_benzoate     1
报错内容如下：
Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 1
Last line read:
'********************************************************************'
Found a second defaults directive.
模拟的命令和步骤还是跟帖子上图一 一样，请问是什么问题呢？@sobereva 老师，可以顺便帮我看一下吗？

深爱小李

sobereva 发表于 2022-9-24 21:48
随便跑个水盒子体系，看top里水的itp是怎么include的

如果一点GROMACS的相关常识、拓扑文件编写常识都没 ...

好的 老师，明白了

sobereva

随便跑个水盒子体系，看top里水的itp是怎么include的

如果一点GROMACS的相关常识、拓扑文件编写常识都没有，最好参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）好好完整、系统学一次，GROMACS是绝对没法稀里糊涂地猜着跑出有意义的数据。

深爱小李

牧生 发表于 2022-9-24 15:31
你没有include水

请问具体怎么做呢，能麻烦您说明白一点吗，我刚接触这个，都不太懂