2022双十一MD工作站配置推荐

Entropy.S.I

前两天发了《性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试》，简单提了一下硬件采购方面的建议，但没有写具体的配置。

今天发现近期有朋友在我去年发的《2021双十一MD工作站配置推荐》底下提到希望推荐一下今年的配置，于是看了一下行情，发现大量配件缺货（似乎老黄清完3070、3080Ti、3090的库存了…？），连CPU都有缺货情况，所以一开始是决定不推荐今年的版本，不过后来想到之前公社群聊里有一些朋友也在说买不起4090、想装一套便宜点的MD机器，所以我又仔细看了一圈，发现确实能凑出一套勉强值得推荐的万元中端配置，遂把这套配置和RTX 4090的“空气”配置一同发出来。配置是针对GMX写的，毕竟AMBER用户也可能会用到GMX，这俩软件在功能上可以互补。



目前RTX 3080全新的货源似乎还算充足，所以推荐了RTX 3080。用AMD Ryzen R7 5700X可能不能较完整地发挥出RTX 3080的性能，但其胜在主板+CPU很便宜。而且5800X没货，5900X这种双CCD的CPU用于GPU加速GMX比较吃亏，intel 12490F性能又过低了。

虽然社长一再说跑MD的机器理论上不需要SSD，但个人认为装个SSD用于放操作系统和软件还是有必要的。对于4090这种顶级机器，整机都2万多了，确实不差几百元的SSD钱，而且加一块容量稍大、读写性能强的SSD也可以用于一些临时性数据的存放。比如有时需要自己写脚本对很长一段轨迹的某一数据以块平均方式计算误差，要并行处理轨迹，此时先把轨迹载入SSD或直接在跑MD时把轨迹写在SSD上就有明显优势。

大容量机械硬盘很重要，MD轨迹很占空间，一般短期内也没法删掉这些轨迹，等文章发出来或项目结题才敢删掉一部分已经没用的轨迹。

先马朱雀AIR不带风扇，配置单里的3把风扇建议装到后面和顶上。

10039元的这套配置，基本上是把能省的钱都省了，如果这几天有货且价格没啥变动，可以直接抄。

尽量早买，目前行情瞬息万变……

enthalpy

Entropy.S.I 发表于 2022-11-5 12:38
极度缺货，价格经常变化，要按图中价格买到须在接下来几天持续关注，果断下手

你好！请教一下，上图中配置我想在每个机器上装两块R7950的 CPU，和两个GPU，除了内存加倍外，电源等也需要调整吗?

Aswau

Entropy.S.I 发表于 2023-4-25 19:45
KS毫无必要，纯浪费钱

谢谢老师回复！

Entropy.S.I

Aswau 发表于 2023-4-25 19:44
请问第一个配置单如果把CPU换成13900KS的话，其它配件有要更改的吗？

KS毫无必要，纯浪费钱

Aswau

请问第一个配置单如果把CPU换成13900KS的话，其它配件有要更改的吗？

Picardo

有没有丐版配置，几千的那种，楼主能不能给推一套，假期过年回家搞一个跑跑lammps

wgg1181543722

老师，马上毕业了，想整台笔记本自己用，平时会跑一些MD，7000左右的价位，推荐哪款呢

tiantian365

Entropy.S.I 发表于 2022-11-28 21:09
1. 混合架构CPU能跑，但极不推荐。
2. 5950X已过时，使用7950X。
3. 现在还泛泛而谈“AMD CPU跑计算Bug ...

多谢楼主，但是13900K保值啊。

Entropy.S.I

tiantian365 发表于 2022-11-28 15:19
请教一下楼主，13900K的大小核设计用于GAUSSIAN、VASP和ORCA等计算可以么，会不会出现调度问题？和amd的595 ...

1. 混合架构CPU能跑，但极不推荐。
2. 5950X已过时，使用7950X。
3. 现在还泛泛而谈“AMD CPU跑计算Bug多”，显得非常落伍。
4. 如1，极不推荐在混合架构CPU上运行纯CPU的HPC应用。GPU加速GMX对CPU的需求最重要的是单核性能和核间延迟，应当与Gaussian等纯CPU应用区别看待。仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html

tiantian365

请教一下楼主，13900K的大小核设计用于GAUSSIAN、VASP和ORCA等计算可以么，会不会出现调度问题？和amd的5950X相比，哪个比较好？amd的CPU用于模拟计算好像经常出莫名其妙的bug，群里有人说用于量化计算最好还是用intel的CPU，但是13900K的大小核设计好像调度不太好。请教一下楼主的看法，谢谢！

TTccc

Entropy.S.I 发表于 2022-11-5 12:38
极度缺货，价格经常变化，要按图中价格买到须在接下来几天持续关注，果断下手

十分感谢老师！那我关注一下，我还是买回来自己组装吧，可能会便宜好多！该出手时就出手！

Entropy.S.I

TTccc 发表于 2022-11-5 11:22
楼主以及老师同学们好，想和大家了解一下配置，就是我想趁着双11期间配一个既做量化计算（200个原子的DFT） ...

极度缺货，价格经常变化，要按图中价格买到须在接下来几天持续关注，果断下手

TTccc

楼主以及老师同学们好，想和大家了解一下配置，就是我想趁着双11期间配一个既做量化计算（200个原子的DFT）又做GROMACS分子动力学计算的服务器。抄了本论坛作业去问了商家，最后给的配置如下，想让大家帮看看价格和配置合理吗？商家报价是：1.5W（未税），报价和我的预算差不多（但我没和商家说预算的事），但是希望更合理不太亏就行，毕竟学生没钱哈哈，谢谢大家！感激不尽！
CPU:5950X主板：华硕X570-P
散热器：利民PA120
内存：金士顿32G 3200
固态：三星9A1 1T
硬盘：希捷4T 企业级 00A
显卡（GPU）：华硕RTX3080
机箱：先马厚道
电源：海韵1000W
键鼠：罗技MK200

Entropy.S.I

jiminfu 发表于 2022-11-5 00:30
如果用7950X长时间高负载运行，的主板供电和散热有什么特别要注意的吗？需要上360水冷吗

TUF X670E-PLUS的供电水平足够用。TUF B650以及微星B650迫击炮经实测都不适合7950X长期满载使用。水冷没必要，FC140就够。锐龙积热，用什么散热器都一样，除非开盖直触Die散热

jiminfu

Entropy.S.I 发表于 2022-11-4 20:18
现在7950X打骨折到3999了，配华硕TUF X670E-PLUS，比较推荐

如果用7950X长时间高负载运行，的主板供电和散热有什么特别要注意的吗？需要上360水冷吗