莫比乌斯分子ACID的磁场方向矢量-b应该如何设置？

936347873

请问对于莫比乌斯环状或者figure of eight 构型的分子，计算ACID，应该如何选取平面，对于ACID程序中的磁场方向矢量-b应该如何设置？谢谢。

乐平

936347873 发表于 2023-6-30 09:09
通过-a 选择三个原子构成一个平面，-b(0 0 1)就会垂直这个平面的意思吗

你试试就知道了

936347873

乐平 发表于 2023-6-25 23:29
目前应该还是 3.0.4 版，可以在环状分子中选三个不共线的原子，构成平面。

对应的选项是  -a

通过-a 选择三个原子构成一个平面，-b(0 0 1)就会垂直这个平面的意思吗

乐平

QuantumicGuy 发表于 2023-6-26 14:56
AICD程序可以多核并行吗，好像默认是1 cpu

印象中不支持多核并行。不过也还好，AICD 本身计算不太耗时间，耗时间的是前面的 Gaussian 计算。

QuantumicGuy

乐平 发表于 2023-6-26 11:39
根据原子的顺序，右手螺旋法则，大拇指的方向朝上。你只需要 -b (0,0,1) 就可以。如果反向，-b (0,0,-1)

AICD程序可以多核并行吗，好像默认是1 cpu

乐平

QuantumicGuy 发表于 2023-6-26 10:52
-a 选三个原子构成一个平面后，平面有两个相反法向量，怎么确定这个磁场矢量的方向呢

根据原子的顺序，右手螺旋法则，大拇指的方向朝上。你只需要 -b (0,0,1) 就可以。如果反向，-b (0,0,-1)

QuantumicGuy

乐平 发表于 2023-6-25 23:29
目前应该还是 3.0.4 版，可以在环状分子中选三个不共线的原子，构成平面。

对应的选项是  -a

-a 选三个原子构成一个平面后，平面有两个相反法向量，怎么确定这个磁场矢量的方向呢

乐平

目前应该还是 3.0.4 版，可以在环状分子中选三个不共线的原子，构成平面。

对应的选项是  -a

       -a PARAMETER, --atoms PARAMETER
              Choose three atoms that define the plane on which the viewer looks.

-a 后面的参数是你研究的分子中原子的编号。选三个不共线的原子构成平面，用空格分开它们的编号。例如

1. AICD -a 5 12 66

复制代码

然后，-b 似乎是自动根据你选的平面去匹配了，你只需要用 (0,0,1) 就可以。

更多选项可以用 -AICD --help  命令来查看

当然，也可以看我之前的帖子里列出的功能选项。
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 197171&fromuid=1532

乐平

snljty2 发表于 2023-6-25 22:48
那叫AICD（Anisotropy of the Induced Current Density），不叫ACID，acid是酸。

其实作者本人的文章标题写的就是 ACID……

Anisotropy of the Induced Current Density (ACID)​, a General Method To Quantify and Visualize Electronic Delocalization
D. Geuenich, K. Hess, F. Koehler, R. Herges, Chem. Rev. 2005, 105, 3758-3772.

snljty2

那叫AICD（Anisotropy of the Induced Current Density），不叫ACID，acid是酸。

sobereva

如果是第一个结构，用下文的功能可以给你拟合出一个平面，按法向量加磁场
使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性（planarity）
http://sobereva.com/618（http://bbs.keinsci.com/thread-25272-1-1.html）

对第二个结构，本身就没有唯一加磁场的方式，可以讨论环电流随磁场方向的变化