求助：在grompp的时候出现报错

wanzongliang

请问老师，在grompp中出现如下报错：
$ gmx-2023.1 grompp -f equilibrium.mdp -c 4NS_Li_water.gro -p 4NS_Li_water.top -n index.ndx -po equilibriumine.mdp -o eq.tpr
                      :-) GROMACS - gmx grompp, 2023.1 (-:

Executable:   gmx-2023.exe
Data prefix:  /home/wzl/opt/gromacs/2023.1
Working dir:  /home/wzl/gromacs-2023.1/md16
Command line:
  gmx-2023.1 grompp -f equilibrium.mdp -c 4NS_Li_water.gro -p 4NS_Li_water.top -n index.ndx -po equilibriumine.mdp -o eq.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'title'
Ignoring obsolete mdp entry 'optimize_fft'
Ignoring obsolete mdp entry 'ns_type'
Replacing old mdp entry 'nstxtcout' by 'nstxout-compressed'
Setting the LD random seed to 2146425983

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2023.1
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/topio.cpp (line 612)

Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 20
Last line read:
'1              3               yes             0.5     0.5'
Found a second defaults directive.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
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但我仔细检查了forcefield.itp文件以及其include的文件并没有发现重复的defaults，下面是我的itp文件和top文件

wanzongliang

牧生 发表于 2023-10-19 13:33
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
第四楼

另，我大致清楚这个报错是因为我在4NS的itp文件里又一次的include了forcefield.itp文件，但如果我不引用这个文件就会出现报错
ERROR 4124 [file 4NS_up.itp, line 8364]:
  No default Proper Dih. types


ERROR 4125 [file 4NS_up.itp, line 8365]:
  No default Proper Dih. types


ERROR 4126 [file 4NS_up.itp, line 8366]:
  No default Proper Dih. types


ERROR 4127 [file 4NS_up.itp, line 8367]:
  No default Proper Dih. types


ERROR 4128 [file 4NS_up.itp, line 8368]:
  No default Proper Dih. types


ERROR 4129 [file 4NS_up.itp, line 8369]:
  No default Proper Dih. types


ERROR 4130 [file 4NS_up.itp, line 8370]:
  No default Proper Dih. types


ERROR 4131 [file 4NS_up.itp, line 8371]:
  No default Proper Dih. types


ERROR 4132 [file 4NS_up.itp, line 8372]:
  No default Proper Dih. types
请问这种情况应该如何解决（另:我已经将键角，二面角和bond等信息写入了ffbonded.itp文件中

wanzongliang

牧生 发表于 2023-10-19 13:33
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
第四楼

您好，看过了您的帖子，但和我的情况略有些不同，我是将itp文件里的atomtypes这个部分全部写入ffnonbonded.itp这个文件中，然后再forcefield.itp文件中直接include ffnonbonded.itp这个文件，请问这样的做法有什么问题吗

牧生

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
第四楼