(已弃用)GROMACS中伞型采样实例-以分子跨越皮肤为例（附code）

Acee · 发表于 Post on 2023-10-24 20:54:45

本帖最后由 Acee 于 2025-5-12 08:42 编辑

本文内容已弃用-望社长删除

hamengde · 发表于 Post on 2025-5-1 20:39:36

ppisoncomputer 发表于 2024-6-18 16:17
求教我进行完施加限制这一步之后想问一下如何制作跨膜分子和膜的复合物体系的拓扑文件呢？

同问

含光君 · 发表于 Post on 2024-8-20 14:02:37

您好，我还有个问题，就是我在把一个分子从液相经过表面活性剂拉到气相的过程中，发现分子来到气相后在xy方向速度比较大，远大于z方向的拉动速度，导致轨迹看起来比较诡异。请问这样的话会不会对PMF结果有影响？需不需要在mdp文件中做额外处理呢？

含光君 · 发表于 Post on 2024-8-19 14:30:00

yxdd98 发表于 2024-8-19 14:23
npt_pull是平衡体系，prd_pull是进行采样

噢噢，非常感谢！

yxdd98 · 发表于 Post on 2024-8-19 14:23:33

含光君发表于 2024-8-19 11:28
非常好的教程，我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹，mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp，请问这两段模 ...

npt_pull是平衡体系，prd_pull是进行采样

含光君 · 发表于 Post on 2024-8-19 11:28:05

非常好的教程，我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹，mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp，请问这两段模拟分别是什么目的呢？

含光君 · 发表于 Post on 2024-8-19 11:27:43

非常好的教程，我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹，mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp，请问这两段模拟分别是什么目的呢？

juddtrump · 发表于 Post on 2024-6-20 20:58:40

iscadye 发表于 2024-5-21 17:21
老师您好，我在运行第一个脚本的过程中出现下面的报错，请问可以帮忙解答一下吗，打扰了
Invalid command- ...

请问如何解决？我第一脚本运行就错了，和您的这个比较类似

JCenter · 发表于 Post on 2024-6-20 19:40:46

本帖最后由 JCenter 于 2024-6-20 19:42 编辑

想问下您：该贴中PMF图中PMF曲线的error bar是怎么做的呢。和使用gmx wham命令行中-bsres输出的bsProfs.xvg和bsResult.xvg有关吗。

ppisoncomputer · 发表于 Post on 2024-6-18 16:17:16

本帖最后由 ppisoncomputer 于 2024-6-18 16:44 编辑

求教我进行完施加限制这一步之后想问一下如何制作跨膜分子和膜的复合物体系的拓扑文件呢？

1084584215 · 发表于 Post on 2024-6-8 11:38:40

Acee 发表于 2024-6-5 17:12
gmx editconf -sep

学习了，谢谢

Acee · 发表于 Post on 2024-6-5 17:12:08

1084584215 发表于 2024-6-5 16:56
你好，请问pull.sh中的conf&i.gro是怎么获得的

gmx editconf -sep

1084584215 · 发表于 Post on 2024-6-5 16:56:35

你好，请问pull.sh中的conf&i.gro是怎么获得的

lonemen · 发表于 Post on 2024-5-27 23:20:11

Acee 发表于 2024-5-27 21:54
参考以前一些做皮肤或者细胞膜模拟的计算文章,往往会把体系简化,我觉得这个没有一个固定的说法,言之有理 ...

好的，明白，多谢科普

Acee · 发表于 Post on 2024-5-27 21:54:35

lonemen 发表于 2024-5-27 21:21
表皮可是由很厚的几十层细胞组成，各层细胞类型不同。请问用一层的磷脂双层膜，不知道能否说明问题呢？如果 ...

参考以前一些做皮肤或者细胞膜模拟的计算文章,往往会把体系简化,我觉得这个没有一个固定的说法,言之有理即可

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