计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3352|回复 Reply: 19
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Sobtop] 产生MOF-5力场优先用GAFF参数还是UFF参数?

[复制链接 Copy URL]

91

帖子

0

威望

976

eV
积分
1067

Level 4 (黑子)

本帖最后由 Wenchuan 于 2024-4-16 11:43 编辑

请问用Sobtop产生MOF-5力场优先用GAFF参数还是UFF参数?Sobtop (sobereva.com)中用了GAFF,为什么?GAFF参数的优势是什么?

144

帖子

0

威望

1830

eV
积分
1974

Level 5 (御坂)

19#
发表于 Post on 2024-8-25 17:56:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 20:14
UFF没明确定义1-4作用的scale系数,用GAFF的规则就完了。本来也没有专门的GAFF和UFF原子类型之间的参数, ...

社长问一下有没有GAFF+UFF模拟MOF的文献呢?好像很少这样做

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2024-5-8 20:14:59 | 只看该作者 Only view this author
thor 发表于 2024-5-8 09:53
社长,问一下,如果GAFF和UFF混用,比如优先GAFF,金属用UFF,1-4相互作用系数应该用GAFF的还是UFF的?

UFF没明确定义1-4作用的scale系数,用GAFF的规则就完了。本来也没有专门的GAFF和UFF原子类型之间的参数,GAFF+UFF混用时UFF原子类型通常拿来描述刚性区域,1-4作用也不是什么敏感的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

144

帖子

0

威望

1830

eV
积分
1974

Level 5 (御坂)

17#
发表于 Post on 2024-5-8 09:53:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-16 14:41
GAFF很普适也很好,GAFF能用的情况下,比起UFF这种只能用来凑合的力场往往强得多。虽然对于MOF还有其它专门 ...

社长,问一下,如果GAFF和UFF混用,比如优先GAFF,金属用UFF,1-4相互作用系数应该用GAFF的还是UFF的?

144

帖子

0

威望

1830

eV
积分
1974

Level 5 (御坂)

16#
发表于 Post on 2024-5-3 09:02:08 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-5-3 00:19
库伦作用导致的,如果你用量化计算UiO66的团簇结构,并且加了色散校正的话,也会出现这种情况,苯环因为 ...

我感觉这是不合理的,IRMOF-10也有类似的BPDC结构,但是别人提供的输入文件模拟不会出现这种弯曲现象

345

帖子

1

威望

1781

eV
积分
2146

Level 5 (御坂)

15#
发表于 Post on 2024-5-3 00:19:06 | 只看该作者 Only view this author
thor 发表于 2024-5-2 21:45
跑出来的结果看着不对,联苯这里弯折太厉害了

库伦作用导致的,如果你用量化计算UiO66的团簇结构,并且加了色散校正的话,也会出现这种情况,苯环因为色散校正的库伦发生扭曲。这个现象我不确定是合理的还是不合理。

144

帖子

0

威望

1830

eV
积分
1974

Level 5 (御坂)

14#
发表于 Post on 2024-5-2 21:45:05 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-5-1 22:37
GAFF+UFF4MOFⅡ,GAFF力场优先,测试了一下,运行没有问题。

跑出来的结果看着不对,联苯这里弯折太厉害了

144

帖子

0

威望

1830

eV
积分
1974

Level 5 (御坂)

13#
发表于 Post on 2024-5-2 10:11:35 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-5-1 22:37
GAFF+UFF4MOFⅡ,GAFF力场优先,测试了一下,运行没有问题。

为什么是这样的组合,而不是直接用UFF4MOF

144

帖子

0

威望

1830

eV
积分
1974

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2024-5-1 22:56:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-1 22:40
Multiwfn载入restart文件,然后主功能100的主功能2转成gjf,然后GaussView载入gjf,检查成键无误后,保存 ...

好的,谢谢社长

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2024-5-1 22:40:32 | 只看该作者 Only view this author
thor 发表于 2024-5-1 21:33
求教社长,这里说的restart就只是结构优化得到restart文件吗?

Multiwfn载入restart文件,然后主功能100的主功能2转成gjf,然后GaussView载入gjf,检查成键无误后,保存成mol2给sobtop
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

345

帖子

1

威望

1781

eV
积分
2146

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2024-5-1 22:37:14 | 只看该作者 Only view this author
thor 发表于 2024-5-1 21:31
借楼问一下,我用AutoFF生成UIO-67的UFF4MOFⅡ,然后用gmx完全跑不了啊,也试过删除pair项没用,楼主测试 ...

GAFF+UFF4MOF,GAFF力场优先,测试了一下,运行没有问题。
UiO67.zip (1.51 MB, 下载次数 Times of downloads: 44)

144

帖子

0

威望

1830

eV
积分
1974

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2024-5-1 21:33:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-18 07:15
sobtop没自带UFF力场参数
如果你只需要维持一个刚性MOF结构,直接用CP2K优化晶胞,然后sobtop载入其rest ...

求教社长,这里说的restart就只是结构优化得到restart文件吗?

144

帖子

0

威望

1830

eV
积分
1974

Level 5 (御坂)

8#
发表于 Post on 2024-5-1 21:31:20 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-4-18 11:48
键参数用的原始UFF的经验公式。

借楼问一下,我用AutoFF生成UIO-67的UFF4MOFⅡ,然后用gmx完全跑不了啊,也试过删除pair项没用,楼主测试比较复杂的MOF嘛。可以给个实例嘛

91

帖子

0

威望

976

eV
积分
1067

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 14:55:09 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢各位的解答

345

帖子

1

威望

1781

eV
积分
2146

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2024-4-18 11:48:18 | 只看该作者 Only view this author
Wenchuan 发表于 2024-4-17 18:13
请问AutoFF中UFF4MOF力场中MOF-5的键参数出自哪里,有文献参考吗,还是基于Hessian计算得到的呢?
文献DO ...

键参数用的原始UFF的经验公式。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2024-4-18 07:15:23 | 只看该作者 Only view this author
Wenchuan 发表于 2024-4-17 15:04
请问UFF力场有键参数吗,Sobtop中用UFF原子类型建立力场时没有任何键参数。如果需要UFF力场进行对比,在 ...

sobtop没自带UFF力场参数
如果你只需要维持一个刚性MOF结构,直接用CP2K优化晶胞,然后sobtop载入其restart文件,所有成键相关参数全让sobtop自动猜就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 11:26 , Processed in 1.529375 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list