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[新手求助] 求助高斯对B杂Si的五元环进行结构的建模

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Level 1 能力者

求助各位大神,本人是初学量子化学和高斯的小白,准备用高斯对B杂Si的五元环进行建模。但现在不是很会调整键长键角,问老师好几次他也含糊其辞,想请教各位大神有什么方法可以将其调整为较为合理的初始结构呢?跪拜各位佬

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自己建的奇奇怪怪的模型

自己建的奇奇怪怪的模型

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公社社长

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发表于 Post on 2024-10-31 17:07:29 | 只看该作者 Only view this author
分清楚Gaussian和GaussView,后者才是建模程序

光从搭结构角度来说,用GaussView调整键长键角二面角的工具,结合适当对片段进行平移旋转就能弄个凑合的初始结构。操作细节远程没法说清楚,北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)里非常详细讲了,参加一遍就都明白了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-10-31 12:19:28 | 只看该作者 Only view this author
在gaussview中可以用“Modify Bond”、“Modify Angle”、“Modify Dihedral”调整自己建的模型中相应的键长键角以及二面角,调整至更接近实际的构型的情况下再去优化结构可以节约时间。

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发表于 Post on 2024-10-31 09:01:27 | 只看该作者 Only view this author
这种不知道构型长什么样子的,要先做构型搜索,选几个合适的再往后做http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

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实验组内的DFT计算、MD模拟爱好者

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发表于 Post on 2024-10-30 22:52:24 | 只看该作者 Only view this author
这种体系,完全可以选择合适的计算级别,直接上DFT进行结构优化。泛函的选择:参考卢老师的《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》(http://sobereva.com/272)。基组的选择:参考卢老师的《谈谈量子化学中基组的选择》(http://sobereva.com/336)。
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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发表于 Post on 2024-10-30 19:06:21 | 只看该作者 Only view this author
这个直接先简单优化一下就可以吧

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发表于 Post on 2024-10-30 17:19:02 | 只看该作者 Only view this author
用UFF、GFN-FF、GFN2-xTB等方法,粗优化一下
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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