dalton计算磷光速率问题

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-3-31 18:33:54

看到论坛以前有人提起过用dalton计算过磷光速率的帖子，但是不是特别懂，想请教一下大神么？
首先构建mol文件，因为dal文件是不变的。mol文件我先从CCDC中获得Irppyacac的cif文件，然后用mercury打开，然后save as .mol2格式的文件，用Gview打开后保存为gjf格式文件，这样就得到了原子的坐标文件，然后换算成A单位，得到Irppyacac.mol 。但是计算的结构和文献相差特别大，怀疑从cif构建mol文件的过程中原子坐标有问题，因为dal文件用来计算其他分子，结果和文献相近。
请教一下如何通过cif文件构建dalton的mol文件，谢谢！

blueyangliu · 发表于 Post on 2018-11-12 11:12:36

本帖最后由 blueyangliu 于 2018-11-12 22:09 编辑

sobereva 发表于 2018-11-9 12:00
明年的北京科音高级量子化学培训班里会把Dalton的基础使用以及只有它能实现的重要功能系统讲一遍，特别是磷 ...

太好了。希望能参加。
现在就想用ECP方式计算基态与三重激发态之间的旋轨耦合矩阵元，这个输入对吗？**DALTON INPUT
.RUN RESPONS
**INTEGRALS
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYPg
**RESPONS
.TRPFLG
*LINEAR
.SINGLE RESIDUE
.ECPHOS
.PRINT
3
.ROOTS
1
**END OF DALTON INPUT

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-9 12:00:51

明年的北京科音高级量子化学培训班里会把Dalton的基础使用以及只有它能实现的重要功能系统讲一遍，特别是磷光这块儿。也会把Dalton主打的响应函数计算这部分的原理透彻讲一遍

yygong · 发表于 Post on 2018-11-9 11:00:01

abin 发表于 2018-11-9 09:22
个人愚见，dalton是给专家使用的。
没有一定的量化基础，几乎看不懂那个程序手册在讲什么东西。

的确如此，望而生畏

abin · 发表于 Post on 2018-11-9 09:22:52

sobereva 发表于 2018-11-9 02:48
几个月前就打算专门写一个Dalton算磷光的帖子，后来诸事繁多，一直没时间弄，近期也抽不出时间。不过早晚 ...

个人愚见，dalton是给专家使用的。
没有一定的量化基础，几乎看不懂那个程序手册在讲什么东西。

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-9 02:48:59

abin 发表于 2018-11-8 09:51
大神，有兴趣写个专题，总结整理一下吗？
对于新手来说，程序的选项越多，功能越多，反而越复杂。

几个月前就打算专门写一个Dalton算磷光的帖子，后来诸事繁多，一直没时间弄，近期也抽不出时间。不过早晚会写的
Dalton程序开发者开发时就没打算把这程序给新人用，光是输入文件坐标的复杂程度就挺奇葩。其实官方多写一些tutorial，把这程序独特优势让大家可以轻易触及到，程序流行程度得有现在好几倍。

abin · 发表于 Post on 2018-11-8 09:51:17

sobereva 发表于 2018-11-8 08:10
先定义了旋轨耦合算符才能计算旋轨耦合矩阵元

大神，有兴趣写个专题，总结整理一下吗？
对于新手来说，程序的选项越多，功能越多，反而越复杂。

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-8 08:10:59

abin 发表于 2018-11-8 07:52
dalton手册Chapter 17提到，
The Effective Core Potential approach of Pitzer and Winter [125] is a ...

先定义了旋轨耦合算符才能计算旋轨耦合矩阵元

abin · 发表于 Post on 2018-11-8 07:52:26

sobereva 发表于 2018-11-7 23:49
你用相对论赝势自然而然就考虑了标量相对论效应

dalton手册Chapter 17提到，
The Effective Core Potential approach of Pitzer and Winter [125] is available for single- point calculations by asking for ECP as the basis set for the chosen element. So far, only a limited set of elements is covered by the basis set library. .... The corresponding spin-orbit operators are not implemented.

没有搞清楚这里提到的spin-orbit operators, 这个算符和大家需要计算的旋轨耦合矩阵元(SOCME, 比如T1 --> S0的SOCME）有相关性吗？

翻了下手册没有看明白。

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-7 23:49:21

abin 发表于 2018-11-7 09:59
使用ECP之后，针对金属，能否同时考虑相对论效应？

你用相对论赝势自然而然就考虑了标量相对论效应

abin · 发表于 Post on 2018-11-7 09:59:38

sobereva 发表于 2018-11-7 00:13

使用ECP之后，针对金属，能否同时考虑相对论效应？

abin · 发表于 Post on 2018-11-7 09:36:06

blueyangliu 发表于 2018-11-6 16:57
你说这个是转成.mol文件吧。Multiwfn就可以，刚查到。还没试过。选主菜单100功能，再找找

我们的公共服务器，没有部署
Multiwfn。
当然我晓得，你说的程序能搞定这个事情。

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-7 00:13:06

blueyangliu 发表于 2018-11-6 16:12
老师能给个使用ECP核电荷近似的磷光速率计算文件吗？*.dal.Dalton现在支持哪些原子的ECP基组。

TD.dal (138 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 43)

bzq2acac.mol (2.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

TD_bzq2acac.out (160.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-7 00:09:11

abin 发表于 2018-11-6 16:31
可能没啥用。
我是采用如下的方式得到*mol文件。

最简单的方法是把.fch/pdb/xyz/mol/wfn/molden等含有结构信息的文件载入Multiwfn，进入主功能100的子功能2，用相应选项转换出Dalton的输入文件，把默认的关键词改一下就能算了

blueyangliu · 发表于 Post on 2018-11-6 16:57:50

abin 发表于 2018-11-6 16:31
可能没啥用。
我是采用如下的方式得到*mol文件。

你说这个是转成.mol文件吧。Multiwfn就可以，刚查到。还没试过。选主菜单100功能，再找找

abin · 发表于 Post on 2018-11-6 16:31:16

可能没啥用。
我是采用如下的方式得到*mol文件。

假定高斯的计算结果文件是XX.log

babel -i g09 XX.log -o xyz XX.xyz #无论是G16还是g09计算的，都是这个指令。
然后去dalton/tools目录下面，
应该有以下的东西，
aces2dalton distances FChk2HES labread xyz2dalton
把这几个链接到自己的bin目录，比如 mkdir ~/bin
ln -s xyz2dalton ~/bin
然后
xyz2dalton < XX.xyz > XX.mol
打开XX.mol天上坐标就可了。
这个时候，不要去管坐标是埃还是au了。

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