请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 2180|回复: 32

[Dalton] dalton计算磷光速率问题

[复制链接]

414

帖子

0

威望

701

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

发表于 2017-3-31 18:33:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
看到论坛以前有人提起过用dalton计算过磷光速率的帖子,但是不是特别懂,想请教一下大神么?
首先构建mol文件,因为dal文件是不变的。mol文件我先从CCDC中获得Irppyacac的cif文件,然后用mercury打开,然后save as .mol2格式的文件,用Gview打开后保存为gjf格式文件,这样就得到了原子的坐标文件,然后换算成A单位,得到Irppyacac.mol 。但是计算的结构和文献相差特别大,怀疑从cif构建mol文件的过程中原子坐标有问题,因为dal文件用来计算其他分子,结果和文献相近。
请教一下如何通过cif文件构建dalton的mol文件,谢谢!

Irppyacac.cif

25.69 KB, 下载次数: 14

Irppyacac.dal

303 Bytes, 下载次数: 31

Irppyacac.gjf

3.99 KB, 下载次数: 5

Irppyacac.mol

3.12 KB, 下载次数: 20

531

帖子

8

威望

1644

eV
积分
2335

Level 5 (御坂)

发表于 2017-3-31 20:52:10 | 显示全部楼层
本帖最后由 ggdh 于 2017-3-31 20:59 编辑

dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0  Nosymmetry Angstrom

话说你算磷光不先优化下三线态么?

评分

参与人数 1eV +1 收起 理由
sobereva + 1

查看全部评分

414

帖子

0

威望

701

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-3-31 21:16:50 | 显示全部楼层
ggdh 发表于 2017-3-31 20:52
dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0  Nosymmetry Angstrom

谢谢,你的意思是我通过晶体结构提取的gjf在进行UDFT优化T1构型后,得到dalton的mol文件进行磷光计算?
文献上说是基于基态进行translation moment计算,所以我没有优化T1。

414

帖子

0

威望

701

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-3-31 21:17:44 | 显示全部楼层
ggdh 发表于 2017-3-31 20:52
dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0  Nosymmetry Angstrom

那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题,因为mol坐标中Z坐标太大了,不太可信。谢谢

531

帖子

8

威望

1644

eV
积分
2335

Level 5 (御坂)

发表于 2017-3-31 23:32:32 | 显示全部楼层
本帖最后由 ggdh 于 2017-3-31 23:33 编辑
yezhonghua 发表于 2017-3-31 21:17
那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题,因为mol坐标中Z坐标太大了,不太可信。谢谢


你用gv看结构正常就没有问题。嫌Z坐标太大的话那就在gv里面弄一下edit --》 symmtrize。
文献不优化那是文献偷懒。也有可能是优化后和实验值对不上。。你盲目效仿文献的偷懒做法有被审稿人质疑的风险。

1118

帖子

0

威望

3170

eV
积分
4288

Level 6 (一方通行)

发表于 2017-4-1 08:10:45 | 显示全部楼层
yezhonghua 发表于 2017-3-31 21:17
那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题,因为mol坐标中Z坐标太大了,不太可信。谢谢

你这个保存了坐标来做应该不对吧
cif测量,应该是基态的吧。有周围环境分子的影响。
你用dalton计算磷光或者SOC的时候,不应该是基于优化的T1的结构?
你可以通过dalton优化T1。然后在计算磷光或者SOC

评分

参与人数 1eV +3 收起 理由
三石草祭 + 3 233333

查看全部评分

有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

414

帖子

0

威望

701

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-4-6 08:44:34 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-4-1 08:10
你这个保存了坐标来做应该不对吧
cif测量,应该是基态的吧。有周围环境分子的影响。
你用dalton计算磷 ...

我一般是通过g09的UDTF进行T1的优化(有的用TD-DFT进行优化的),然后再次利用dalton进行磷光速率计算的。dalton和g09对于T1的优化结构应该不会相差很大吧?
另外问一下,dalton2016计算得到的磷光寿命不需要除以3吧?
谢谢!

414

帖子

0

威望

701

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-4-6 08:46:31 | 显示全部楼层
ggdh 发表于 2017-3-31 23:32
你用gv看结构正常就没有问题。嫌Z坐标太大的话那就在gv里面弄一下edit --》 symmtrize。
文献不优化那 ...

谢谢,加上Angstrom就可以了,应该是单位的问题。
请问T1的优化是UDFT还是TD-DFT,我一般用g09进行T1的优化,然后用dalton计算磷光寿命和速率;dalton直接进行T1的优化不会,请教一下,谢谢!

531

帖子

8

威望

1644

eV
积分
2335

Level 5 (御坂)

发表于 2017-4-6 11:25:17 | 显示全部楼层
yezhonghua 发表于 2017-4-6 08:46
谢谢,加上Angstrom就可以了,应该是单位的问题。
请问T1的优化是UDFT还是TD-DFT,我一般用g09进行T1的 ...

用gaussian的udft 优化T1就好。快。也不会被质疑

1118

帖子

0

威望

3170

eV
积分
4288

Level 6 (一方通行)

发表于 2017-4-6 12:02:31 | 显示全部楼层
yezhonghua 发表于 2017-4-6 08:44
我一般是通过g09的UDTF进行T1的优化(有的用TD-DFT进行优化的),然后再次利用dalton进行磷光速率计算的 ...

我没有除3.我都是用的他们计算出来的数据。为啥要除以3呢?
beefly大神当时的帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2455
里面应该是2pi的关系吧。
有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

414

帖子

0

威望

701

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-4-8 14:35:15 | 显示全部楼层
ggdh 发表于 2017-4-6 11:25
用gaussian的udft 优化T1就好。快。也不会被质疑

谢谢!

414

帖子

0

威望

701

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-4-8 14:35:34 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-4-6 12:02
我没有除3.我都是用的他们计算出来的数据。为啥要除以3呢?
beefly大神当时的帖子http://bbs.keinsci.co ...

恩恩,看了,是2π的关系,谢谢!

134

帖子

0

威望

969

eV
积分
1103

Level 4 (黑子)

发表于 2018-1-17 11:27:52 | 显示全部楼层
楼主您好 Dalton2016如果按照beefly大神考虑的打印的振子强度为实际振子强度的1/2pi 代入爱因斯坦自发辐射方程 实际的辐射寿命确实在打印的辐射寿命上除以3
这样就有一个问题了 我们能不能做一个标准分子来考虑到底是Dalton是对的 还是按照beefly大神推爱因斯坦自发辐射方程是对的了

193

帖子

1

威望

2956

eV
积分
3169

Level 5 (御坂)

发表于 2018-1-18 00:03:37 | 显示全部楼层
柒月小鱼 发表于 2018-1-17 03:27
楼主您好 Dalton2016如果按照beefly大神考虑的打印的振子强度为实际振子强度的1/2pi 代入爱因斯坦自发辐射 ...

关于计算的寿命是否除以3 的问题,我看Zork在Dalton论坛很早就报告了,但人家却无视,不做回应。。。

134

帖子

0

威望

969

eV
积分
1103

Level 4 (黑子)

发表于 2018-1-18 10:24:28 | 显示全部楼层
bomsaude 发表于 2018-1-18 00:03
关于计算的寿命是否除以3 的问题,我看Zork在Dalton论坛很早就报告了,但人家却无视,不做回应。。。

我目前想用MOMAP再计算一次辐射速率 目前我还有一些问题没有解决 但是根据Dalton给出的跃迁偶极矩 我大胆猜测MOMAP计算的结果是符合ZORK大神的 等两天后计算完了再向您回复
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2018-11-17 05:15 , Processed in 0.126208 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表