利用cp2k结合multiwfn绘制密度差图原子位置与密度差数据发生位移不重叠

zgs · 发表于 Post on 2025-10-8 20:04:00

各位老师好，感谢您们的观看与解答：
针对这个问题，我首先去查阅了cube文件里的原子坐标是否一致，是一致的，并且我重新确认了给CP2K用的输入文件里的坐标是一致的，而且做不令坐标产生改变的任务，同时加了fixed_atoms固定住所有原子的语句，但是我发现我这样做并没有效果，还是发生了位移

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-10-9 15:12:55

zgs 发表于 2025-10-9 00:01
谢谢老师，我确实想先看看这个曲面结构的结果然后没有管收敛的问题，然后下一步再去优化，再次感谢老师的回 ...

先让vesta载入一个和cube里原子坐标完全相同的结构文件（如cif文件），然后再在这边导入cube。

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-9 14:10:13

做单点计算，输入文件里坐标是什么，cube文件里的坐标就是什么，不可能发生改变。单点任务根本不需要写fixed_atoms
挨个把绘制密度差用的各个部分的电子密度cube文件在VMD里显示出等值面，确保无误再说用Multiwfn求差的事

zgs · 发表于 Post on 2025-10-9 00:01:48

本帖最后由 zgs 于 2025-10-9 01:03 编辑

谢谢老师，我确实想先看看这个曲面结构的结果然后没有管收敛的问题，然后下一步再去优化，再次感谢老师的回答，但是有些问题就是：

为什么我先导入结构再导入.cube文件,依然有部分为重叠，但是我看您的是完全重合起来的：

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-10-8 21:17:44

你给的cube没法直接用所以我拿你inp重新跑了一下。
按你inp里的设定，用cp2k2025.1会遇到scf不收敛，猜测你那边也没收敛。

当前体系我没看出来有XY周期性，如果是孤立体系应该直接用量子化学程序或者开cp2k的none周期性。

至于绘图问题，先载入结构再载入cube文件就一切正常。下面给了.vesta文件，和cube文件放在同一个文件夹后载入.vesta文件，你就可以有同样的显示效果。

2-ele_density-graphene_spherical_r40-all-2.vesta (21.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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