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[综合交流] G09 算两个分子的结合能应该用哪个能量来算?

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结合能=复合物能量 — 单独的分子能量之和    , 请问这里的能量要用高斯输出中的哪个能量,electronic energy, Sum of electronic and zero-point Energies,Sum of electronic and thermal Energies,Sum of electronic and thermal Enthalpies, or Sum of electronic and thermal Free Energies?   

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发表于 Post on 2025-2-19 17:37:09 | 只看该作者 Only view this author
顶顶顶顶顶 发表于 2025-2-19 17:21
sob老师,这里的“各个分子在复合物状态下电子能量之和”指的是先优化复合物结构后,然后截取优化后复合 ...

仔细看
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-2-19 17:21:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-5 18:08
我之前把1和2写反了,已经改过来了。
“binding energy= 复合物的energy — 自由状态下的各个分子energy ...

sob老师,这里的“各个分子在复合物状态下电子能量之和”指的是先优化复合物结构后,然后截取优化后复合物的原子坐标(组成复合物的单分子坐标)然后进行能力的计算嘛?这种状态下得到的能量与一个新建优化后的的单分子计算的能量有什么差异嘛,这关于结合能和相互作用能的计算区别,还是不太清楚,看很多的计算教学似乎对这两个的区别都不太严格

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发表于 Post on 2019-5-18 00:22:17 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2019-5-17 18:59
Sob老师您好,感谢您详细耐心的解答,我们采用B3LYP和D3(Bj)校正,优化五种碱土金属(Be、Mg、Ca、Sr、 ...

末尾至少空两行
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发表于 Post on 2019-5-17 18:59:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-17 18:24
碱土金属就是靠的静电吸引

Sob老师您好,感谢您详细耐心的解答,我们采用B3LYP和D3(Bj)校正,优化五种碱土金属(Be、Mg、Ca、Sr、Ba)离子并进行振动分析,其中Be、Mg、Ba三种金属离子优化分析成功,但是Ca、Sr两种金属离子的优化一直出现L301错误,不清楚是什么原因,还请您指教。五种金属离子的优化输入文件命令都是# opt freq b3lyp/genecp em=gd3bj,其中Be、Mg采用6-311g(d,p)基组,Ca、Sr、Ba均采用SDD赝势基组。

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发表于 Post on 2019-5-17 18:24:03 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2019-5-17 15:10
嗯嗯,我们准备考虑四种碱土金属离子,sob老师,谢谢您

碱土金属就是靠的静电吸引
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发表于 Post on 2019-5-17 15:10:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-17 01:06
1 应该是,和具体是什么金属离子也有关系,诸如碱金属和过渡金属离子情况肯定差异较大
2 考虑
3 考虑有 ...

嗯嗯,我们准备考虑四种碱土金属离子,sob老师,谢谢您

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发表于 Post on 2019-5-17 01:11:09 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2019-5-16 16:09
Sob老师,您好,研究冠醚类化合物和金属离子之间的相互作用时,计算的结合能是特指第一种情况,那么请问 ...

算热力学量变化的时候算每个片段都得先优化,否则之后做振动分析显然也没意义
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发表于 Post on 2019-5-17 01:06:22 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2019-5-16 16:19
再请问您研究冠醚类化合物和金属离子之间的相互作用时,请问:1.这种相互作用主要是静电吸引吗?2.请问需 ...

1 应该是,和具体是什么金属离子也有关系,诸如碱金属和过渡金属离子情况肯定差异较大
2 考虑
3 考虑有好处
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发表于 Post on 2019-5-16 16:19:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-5 15:47
首先要注意计算的具体是哪种结合能:
1 相对于各个分子在复合物状态下的能量。binding energy特指这种情况 ...

再请问您研究冠醚类化合物和金属离子之间的相互作用时,请问:1.这种相互作用主要是静电吸引吗?2.请问需要考虑D3校正吗?3.请问需要考虑BSSE校正吗?

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发表于 Post on 2019-5-16 16:09:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-5 15:47
首先要注意计算的具体是哪种结合能:
1 相对于各个分子在复合物状态下的能量。binding energy特指这种情况 ...

Sob老师,您好,研究冠醚类化合物和金属离子之间的相互作用时,计算的结合能是特指第一种情况,那么请问计算的焓变和吉布斯自由能变指的是第一种情况(相对于各个分子在复合物状态下的能量)还是第二种情况(相对于各个分子在自由结构状态下的能量)呢?

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发表于 Post on 2017-2-23 08:28:18 | 只看该作者 Only view this author
RickyE 发表于 2017-2-23 07:12
请问Sob老师,这种片段无法准确设定的情况下可不可以用原子电荷来定性描述H和反应分子之间的作用呢(H转 ...


我没那么说过。NPA、ADCH、Hirshfeld都可以用,AIM强烈不推荐,原子电荷计算方法的对比(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)里面说过
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发表于 Post on 2017-2-23 07:12:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-21 03:40
此时相互作用能没法严格定义,因为片段的状态的选取会影响结果。
计算时必须明确说明片段取的是什么状 ...

请问Sob老师,这种片段无法准确设定的情况下可不可以用原子电荷来定性描述H和反应分子之间的作用呢(H转移反应的过渡态)?如果可以的话,用哪种电荷比较好呢?记得您说NPA,AIM 的电荷对于这类问题不够准确

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发表于 Post on 2017-2-21 09:47:40 | 只看该作者 Only view this author
kevin 发表于 2017-2-21 08:46
sob老师,我有几个疑问,1.单个分子处于自由状态下的能量,就是分别去优化然后计算能量就好了,那么您说 ...


1 直接从复合物结构中抠出那个分子的坐标,算个单点就完了
2 热力学上不能形成,自由能增加的过程不是热力学自发的,普化学过。这种现象在二聚问题的研究很常见,单体形成二聚体后运动受限,熵会显著减小。
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发表于 Post on 2017-2-21 08:46:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kevin 于 2017-2-21 09:08 编辑
sobereva 发表于 2015-1-5 18:08
我之前把1和2写反了,已经改过来了。
“binding energy= 复合物的energy — 自由状态下的各个分子energy ...

sob老师,我有几个疑问,1.单个分子处于自由状态下的能量,就是分别去优化然后计算能量就好了,那么您说的这个单个分子处于复合物构型下的能量是如何计算的呢?在复合物已经优化好的结构上去掉其中一个分子,不再优化结构直接算能量么?或者是把其中一个分子的原子设置成鬼原子?2.我最近算的一个体系,利用公式复合物[AB]-自由状态下的[A]+[B]计算,电子能、内能、焓的变化都是负值,吉布斯自由能的变化是正值,请问,这个复合物是能形成还是不能呢?为什么?



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