grompp命令遇到No default Per. Imp. Dih. types for interaction该怎么解决呢？

小老弟 · 发表于 Post on 2026-1-2 17:52:18

本帖最后由小老弟于 2026-1-3 15:35 编辑

各位大佬，本人初入分子动力学领域，现在在根据这两篇（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11）与（http://bbs.keinsci.com/thread-39848-1-1.html）学习金属蛋白-配体的分子动力学模拟。模拟的蛋白质是一个由相同亚基构成的四聚体蛋白，每个亚基都有一个锌离子，结构如下附件1所示。目前已完成提取出4个锌离子部位的簇，利用Gaussian进行了结构优化与振动分析，并利用sobtop进行了拓扑结构的建立。在利用include将4个簇的itp文件加入了top文件，力场选择的是amber14sb_parmbsc1，随后运行到gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1时出现以下报错，怀疑是将簇填入蛋白时出现错误但不知道怎么解决，希望各位大佬能指导下，万分感谢！
附件1为原始蛋白结构。
附件2-5为四个簇的itp文件。
附件6为topol.top文件。
附件1为原始蛋白结构。
附件2-5为四个簇的itp文件。
附件6为topol.top文件。

APOBEC2.rar (257.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ChainA_jiequ.itp (26.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ChainC_jiequ.itp (26.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ChainD_jiequ.itp (21.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

topol.top (1.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

小老弟 · 发表于 Post on 7 day ago

mangmw 发表于 2026-1-14 22:22
请问楼主这个问题解决了嘛，我也遇到了

解决了，参照了http://bbs.keinsci.com/thread-25936-1-1.html里的解决方法，希望对你能有帮助

mangmw · 发表于 Post on 2026-1-14 22:22:37

小老弟发表于 2026-1-2 20:22
已更改，下次会注意的。

请问楼主这个问题解决了嘛，我也遇到了

小老弟 · 发表于 Post on 2026-1-2 20:22:28

sobereva 发表于 2026-1-2 19:35
认真看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，把标题改好；48小时没改的话删帖处理

已更改，下次会注意的。

小老弟 · 发表于 Post on 2026-1-2 20:21:44

牧生发表于 2026-1-2 18:10
你先把帖子标题弄好

已修改，谢谢提醒

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-2 19:35:21

认真看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，把标题改好；48小时没改的话删帖处理

牧生 · 发表于 Post on 2026-1-2 18:10:15

你先把帖子标题弄好

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