请教电脑配置：分子动力学 + 量化优化 + 机器学习

wqm · 发表于 Post on 3 day ago

各位老师，大家好

我准备配一台电脑，想请教一下配置建议，目前预算是1万。

我的主要用途是：
1. 分子动力学模拟：目前主要做膜蛋白-配体复合物体系，体系规模大约 140 万原子左右；
2. 量化计算/结构优化：平时会做一些配体或小分子的量化优化，原子数在150左右；
3. 机器学习：后续可能会涉及一些机器学习任务。

看了下社长的博文中（http://sobereva.com/444）有个高性价比分子动力学推荐配置，但搜了后发现价格都有不同程度的涨幅

目前就是不清楚我的使用场景下，哪些硬件最值得投入，哪些地方没必要堆太高。

有做过类似体系（尤其是大体系膜蛋白 MD）或机器学习的老师或同学，欢迎直接给我推荐一套比较实用的配置思路。谢谢大家。

wqm · 发表于 Post on yesterday 14:29

rugals 发表于 2026-4-24 14:21
你当前的预算只能满足第2项
要满足第一项，预算至少×5
要满足第三项，预算得多个0

了解了，感谢

wqm · 发表于 Post on yesterday 14:29

yuechenghua 发表于 2026-4-23 19:52
你目前的要求里最好满足的其实是量化的部分，1W块真能配台能算的机器；但对于140w原子的蛋白体系，常规配置 ...

好的非常感谢

rugals · 发表于 Post on 前天 14:21

你当前的预算只能满足第2项
要满足第一项，预算至少×5
要满足第三项，预算得多个0

hjlyyc0999 · 发表于 Post on 前天 00:12

1万就能搞机器学习了吗

yuechenghua · 发表于 Post on 3 day ago

你目前的要求里最好满足的其实是量化的部分，1W块真能配台能算的机器；但对于140w原子的蛋白体系，常规配置基本上跑不动，同时由于蛋白折叠和结构演化的时间尺度怎么也在上百ns，服务器级别配置也要花大量的时间来算，建议考虑下体系是否支持粗粒化方法或者能否压缩体系规模，不然真的要很多计算资源和时间才能去研究这种大小的体系。

wqm · 发表于 Post on 3 day ago

sobereva 发表于 2026-4-23 18:40
你要是侧重量化计算速度，弄个16条内存插满的二手双路7R32，配个中档GPU（e.g. RTX5070）
你要是侧重动 ...

了解了，谢谢社长

sobereva · 发表于 Post on 3 day ago

wqm 发表于 2026-4-23 14:42
请问社长，预算翻倍的话，能达到我的计算要求吗，或者说以我的计算要求，预算要在多少才合适

你要是侧重量化计算速度，弄个16条内存插满的二手双路7R32，配个中档GPU（e.g. RTX5070）
你要是侧重动力学速度，弄个9950X，配个RTX5080
量化和动力学速度都优秀，搞个单路9654配个RTX5080，但预算翻倍也不够

wqm · 发表于 Post on 3 day ago

睡觉不打鼾发表于 2026-4-23 16:40
大哥，先去看看显卡的价格吧。现在1w也就只能买张5080，不会真想着装鞋盒里吧。

以下板U显卡组合仅 ...

好的，了解了，谢谢

睡觉不打鼾 · 发表于 Post on 3 day ago

本帖最后由睡觉不打鼾于 2026-4-23 16:55 编辑

wqm 发表于 2026-4-23 14:47
请问以我的计算要求的话，预算大概在多少比较合适呢，1万是现在的初步预算，可以调整，但不知道预算在什 ...

大哥，先去看看显卡的价格吧。现在1w也就只能买张5080，不会真想着装鞋盒里吧

。

以下板U显卡组合仅供参考：
1w：13400F+5070（2k+5k）
2w：9950x+5080（4k+9k）
3w：9950x+5090Dv2（4.5K+18k）

PS：如果壕无人性，可以考虑9575F+5090Dv2，年前大概是7w左右。但MD性能相比3w那套应该没有质的提升，跑DFT什么的会比3w那套强不少，作为补充。

wqm · 发表于 Post on 3 day ago

K1ro 发表于 2026-4-23 15:04
是的，但做的都是小分子、小聚合物和小肽，体系原子数很小，撑死十几万吧，可能对你没什么参考价值hhh， ...

非常感谢

K1ro · 发表于 Post on 3 day ago

wqm 发表于 2026-4-23 14:48
请问您平时主要是跑分子动力学吗，目前跑的体系原子数大概在多少啊，想预估一下我这种体系预算大概在多少 ...

是的，但做的都是小分子、小聚合物和小肽，体系原子数很小，撑死十几万吧，可能对你没什么参考价值hhh，就我这个体量的话sob老师这份高性价比很够用了

wqm · 发表于 Post on 3 day ago

tonganlhy 发表于 2026-4-23 14:10
内存32G可以将就，但是gpu就没办法了。理想的是上5090dv2或者4090，5080也凑合，再低估计就不行了。可以问 ...

好的，非常感谢

wqm · 发表于 Post on 3 day ago

K1ro 发表于 2026-4-23 12:36
我买的就是社长推荐的高性价比，其他一模一样，只不过显卡换成了4070TI，感觉140w原子是很难跑动的，要提高 ...

请问您平时主要是跑分子动力学吗，目前跑的体系原子数大概在多少啊，想预估一下我这种体系预算大概在多少比较合适

wqm · 发表于 Post on 3 day ago

wbqdssl 发表于 2026-4-23 12:28
140 万原子的MD模拟，预算1万是肯定不够的。
根据http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html和http:// ...

请问以我的计算要求的话，预算大概在多少比较合适呢，1万是现在的初步预算，可以调整，但不知道预算在什么区间比较合适，是根据444博文中极高性能分子动力学服务器来配置吗，3万左右

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