相互作用能爆炸（负一百多万），PLA吸附增塑剂的个数太少

微塑料 · 发表于 Post on 3 day ago

体系：15个PLA和25个FA（甲酰胺），水环境。跑了50ns，结果和预期差距很大：
1.PLA吸附的FA个数太少，在最后一帧中也只吸附了4个（标红的地方）

2.相互作用能爆炸，平均在-1500000KJ/mol（超过100万）。

这是模拟的哪一步除了问题？这个是md.mdp文件

md.mdp (2.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) 。是因为constraints = none，还是别的什么原因。

sobereva · 发表于 Post on yesterday 20:00

微塑料发表于 2026-5-19 15:39
用高斯导出的mol文件，在用鸿之微云产生两个分子的拓扑文件，步骤和水模型力场：。输入packmol < 文件.gro ...

按我说的最佳方式产生拓扑文件重新做

微塑料 · 发表于 Post on yesterday 15:39

用高斯导出的mol文件，在用鸿之微云产生两个分子的拓扑文件，步骤和水模型力场：

。输入packmol < 文件.gro，生成PLAFA.pdb，然后再在gromacs里面转成gro文件。这是PLA和FA的itp文件,

FA.itp (3.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

PLA.itp (63.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 3 day ago

本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-5-17 22:51 编辑

OPLS-AA/L搭配的是什么原子电荷，注意兼容性。我怀疑这个原子电荷不合理。
这个相互作用能是谁和谁的，还是总体呢？
根据我的经验，如果你的溶剂分子非常多，溶质分子碰撞的几率就不足，即主要观察到的是溶质A/B-溶剂相互作用，而不是溶质A-溶质B相互作用。相当于“溶质被溶剂隔开了”。解决方法是，我一般会用packmol确定数量加溶剂分子，20-50个溶剂分子（较小的有机分子），放一两千个溶剂分子。不理想的话再修改。可以考虑多放点溶质分子，观察一下能不能多吸附。但是需要在合理范围内，溶剂不能过少。
建议上传所有的输入输出文件，特别是输入文件 itp top......如果xtc太大可以不传。
如果看趋势，可以先试跑几纳秒，看看各种设置是否合理。。。不合理就修改重来。50纳秒估计也需要挺久

sobereva · 发表于 Post on 3 day ago

信息不充分，原子电荷怎么产生的、OPLS-AA的拓扑文件怎么产生的都没提

强烈建议用sobtop对这两种分子产生GAFF或GAFF2力场的拓扑文件，并结合Multiwfn计算的RESP2(0.5)电荷，是首选，看
Sobtop主页
http://sobereva.com/soft/Sobtop
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

不需要管能量的绝对值，没有化学意义

微塑料 · 发表于 Post on 3 day ago

两个分子用的都是OPLS-AA/L。计算过程用的高斯导出mol文件，生成计算需要的文件，选择水模型力场：SPC/E 电荷：0 盒子的大小：1000 nm3
给Model.top加水分子，在运行能量最小化。然后给体系进行NVT和NPT平衡。压力温度温度没有问题后进行MD模拟

student0618 · 发表于 Post on 3 day ago

用什么力场？
具体怎么算的，实际用的步骤是什么？

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