相互作用能爆炸（负一百多万），PLA吸附增塑剂的个数太少

微塑料 · 发表于 Post on 3 hour ago

体系：15个PLA和25个FA（甲酰胺），水环境。跑了50ns，结果和预期差距很大：
1.PLA吸附的FA个数太少，在最后一帧中也只吸附了4个（标红的地方）

2.相互作用能爆炸，平均在-1500000KJ/mol（超过100万）。

这是模拟的哪一步除了问题？这个是md.mdp文件

md.mdp (2.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) 。是因为constraints = none，还是别的什么原因。

student0618 · 发表于 Post on 2 hour ago

用什么力场？
具体怎么算的，实际用的步骤是什么？

微塑料 · 发表于 Post on 1 hour ago

两个分子用的都是OPLS-AA/L。计算过程用的高斯导出mol文件，生成计算需要的文件，选择水模型力场：SPC/E 电荷：0 盒子的大小：1000 nm3
给Model.top加水分子，在运行能量最小化。然后给体系进行NVT和NPT平衡。压力温度温度没有问题后进行MD模拟

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