高斯几何优化出现报错

yezhonghua

高斯进行一个300个原子体系的DFT结构优化
出现如下错误提示：
Out-of-memory error in routine FChkPn-MO (IEnd=      34658897 MxCore=      33554432)
Use %mem=34MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Tue Nov  7 09:37:16 2017.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000000697fc8, rcx ffffffffffffffff
   rdx 000000000000593e, rsp 00007ffe0ce114b8, rbp 00007ffe0ce11510
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000000593e, r8  00002ace5aa05200
   r9  0000000000000000, r10 00007ffe0ce11240, r11 0000000000000206
   r12 00007ffe0ce12970, r13 000000000068b10a, r14 0000000000000002
   r15 0000000000000000
  --- traceback not available

我%mem设置是30GB的，这里提示要最少34MW的内容，不太明白这里去哪里进行设置。请教一下大神，该如何进行解决。
谢谢

zjxitcc

秋白纳 发表于 2023-11-9 10:28
你这里“Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000000697fc8, rcx ffffffffff ...

《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》http://sobereva.com/620

到输出文件末尾截图展示15行内容为宜

秋白纳

你这里“Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000000697fc8, rcx ffffffffffffffff
   rdx 000000000000593e, rsp 00007ffe0ce114b8, rbp 00007ffe0ce11510
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000000593e, r8  00002ace5aa05200
   r9  0000000000000000, r10 00007ffe0ce11240, r11 0000000000000206
   r12 00007ffe0ce12970, r13 000000000068b10a, r14 0000000000000002
   r15 0000000000000000
  --- traceback not available”
不算一种报错吗？我最近也遇到了一样的问题，请问你是怎么解决的呀

20087439

非常感谢各位老师的详细解答，谢谢，我下来好好学习，受教了

wzkchem5

20087439 发表于 2020-11-1 09:47
再次请教各位老师们，我的大分子模型（约300个原子），考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别 ...

预测NMR的基组要比优化高，说的是必须提高NMR用的基组水平，而不是说两者的基组相对大小必须拉开差距但绝对基组大小不重要。说这个话的人是默认了听者知道优化至少要6-31G(d)的，所以翻译一下就是NMR如果要直接算准，必须用高于6-31G(d)的基组。所以你不能靠降低优化的基组水平来绕过这个要求。当然如sob老师所说，6-31G(d)算核磁的误差比较系统，所以可以用标度法校正掉大部分的误差。如果用了标度法的话，所谓核磁必须高于6-31G(d)也不一定成立，对于发表文章来说是可以容忍的。但是结构优化必须6-31G(d)，因为起码在高斯里不存在任何方法能校正基组太小对结构优化引入的误差（ORCA里倒是有），所以结构优化必须至少用6-31G(d)。
除了sob老师说的混合基组以外，也可以用ONIOM，但是必须确保你要算化学位移的原子附近必须全部用至少6-31G(d)优化，一点也不能少，哪怕降到4-31G(d)都会导致达不到发表标准。如果所有原子的化学位移都要算，那就跑若干个单独的任务，每个任务把分子的一小部分精确计算，其他部分用小基组或者用半经验/分子力学方法。

sobereva

20087439 发表于 2020-10-21 11:01
谢谢老师，看来要学习的知识还很多，老师刚讲的这些专业术语我下来好好学习。其实老师我只涉及到分子的优化 ...

好好看此文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

sobereva

20087439 发表于 2020-11-1 09:47
再次请教各位老师们，我的大分子模型（约300个原子），考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别 ...

这年头用3-21g(d)优化几乎没法接受，即便是300原子。可以考虑把不重要的原子用3-21G(d)，较重要的至少用6-31G*，或者干脆用ORCA跑B97-3c的优化。如果能构建模型体系减小体系规模就用模型体系算。

直接用b3lyp/6-31g(d)太次，要用就用标度法，仔细看
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565（http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html）
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354（http://bbs.keinsci.com/thread-4434-1-1.html）

20087439

再次请教各位老师们，我的大分子模型（约300个原子），考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别要比优化的高要好些，所以对这样的大分子体系我用 b3lyp/3-21g(d)来优化和频率计算，用 b3lyp/6-31g(d)来预测NMR核磁谱图可以吗？谢谢老师帮忙解答!

20087439

谢谢老师，看来要学习的知识还很多，老师刚讲的这些专业术语我下来好好学习。其实老师我只涉及到分子的优化和频率计算，不涉及动力学方面的计算，想在力所能及的情况下做些分析。我之前也用 HF/6-31g(d)计算过，那结果是不是也不能用呀，它的精度比 b3lyp/3-21g(d)要低吧？

wzkchem5

20087439 发表于 2020-10-21 09:35
好的，非常感谢老师们给出的宝贵的建议。考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别要比优化的高 ...

不行，6-31G(d)以下的基组是没法发表的，优化的结构会存在定性错误，不仅是定量不准的问题。
核磁是局域性质，除非你有卟啉等大环共轭结构提供环电流，否则可以只把你需要算的核附近抠出来不到100个甚至不到50个原子的体系来算核磁。如果所有核的化学位移都需要，那么可以把分子分成若干互相重叠的片，分别计算。

20087439

zjxitcc 发表于 2020-10-20 23:15
看sob老师博文《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

要对自己研究体系的计算量有个概念， ...

好的，非常感谢老师们给出的宝贵的建议。考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别要比优化的高要好些，所以对这样的大分子体系我用 b3lyp/3-21g(d)来优化和频率计算，用 b3lyp/6-31g(d)来预测NMR核磁谱图可以吗？再次感谢!

biogon

20087439 发表于 2020-10-20 22:00
非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？ ...

300原子优化，没个好点机器就不要想了，纯粹是在浪费时间

zjxitcc

20087439 发表于 2020-10-20 22:00
非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？ ...

看sob老师博文《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

要对自己研究体系的计算量有个概念，切勿使用一把小刀去割整个麦田，应量力而为。例如在自己的硬件配置下，算个单点如果要1天，结构优化假设30步（不算多），这就相当于需要30天，这样的任务显然是不符合当前算力的。算力与任务要匹配，20个原子以下的DFT计算，确实台式机、笔记本电脑就能轻松胜任。

像你当前这种情况，优化一个结构都超过10天，你要认真考虑一下自己的硬件配置和任务类型了。

20087439

wzkchem5 发表于 2020-10-20 09:57
B3LYP稍快一点。论文里的6-31G有问题，必须至少用6-31G(d)，不加极化函数结果不能用。
另外建议加色散校 ...

非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？至少得几核多少内存的，我用自己的普通台式机仅优化现在算了10天还没结束。

wzkchem5

20087439 发表于 2020-10-19 19:52
老师，你好。我是做煤大分子模型构建，大概接近300个原子，老师您基组方法用的是#p opt freq b3lyp/6-31g(d ...

B3LYP稍快一点。论文里的6-31G有问题，必须至少用6-31G(d)，不加极化函数结果不能用。
另外建议加色散校正