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[Molclus] molclus已支持Grimme的xtb程序

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molclus程序(介绍见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577,主页为http://www.keinsci.com/research/molclus.html)刚发布了1.4版,从此版本开始,支持了Grimme开发的xtb程序。这个程序主要是做GFB-xtb计算的,包括单点、优化、振动分析、动力学等。GFB-xtb具体介绍看J. Chem. Theory Comput., 2017, 13 (5), pp 1989–2009,简单介绍可以看《盘点Grimme迄今对理论化学的贡献》(http://sobereva.com/388)文中第10条。xtb预编译版程序可以向https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/xtb/xtb里面提到的Grimme的邮箱发邮件免费索取,回复很快。

xtb使用很简单,先解压到比如/sob/xtb,然后在用户目录下的.bashrc中添加export XTBHOME=/sob/xtb,最好也添加export PATH=$PATH:/sob/xtb便于调用。之后重新进入终端即可使用。比如xtb test.xyz -sp就是对test.xyz里的坐标做GFN-xtb单点计算,把-sp改成-opt就是做优化计算(产生的xtbopt.coord是最后帧的xyz文件,xtbopt.log是含有优化过程每一帧的多帧xyz文件),等等。直接输入xtb可以看到所有运行选项,xtb目录下的.xtbrc文件含有各种任务用的细节参数。还有一大堆.开头的文件都是理论方法的参数文件。可以设置xtb并行计算核数和OpenMP并行的堆栈内存量,例:
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_STACKSIZE=1000m

简单来说,在机子里按照如上方式把xtb的环境变量设好后,就可以在molclus的settings.ini中把iprog设为4,然后在molclus运行时调用xtb对traj.xyz里的结构进行单点计算或优化了。molclus结合xtb使用的时候不需要像调用Gaussian/ORCA/MOPAC那样写模板文件。

2019-Mar-20注:本文说的xtb安装方式已经过时。最新版本xtb的安装基和本使用看
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

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发表于 Post on 2019-3-20 21:26:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-20 20:44
那是老版本的了
基本操作看这里
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

哦哦,好的,多谢社长,这个帖子我看了很多遍了,话说老版本的能不能给我发一下,我想看一下其中的例子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-20 20:44:13 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-3-20 20:31
哪里有GFN-xTB的HOWTO文件文件啊,能否分享一下,我只看man基本啥都不了解

那是老版本的了
基本操作看这里
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
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发表于 Post on 2019-3-20 20:31:20 | 只看该作者 Only view this author
muxijiao 发表于 2017-12-3 10:15
社长,突然发现GFN-xTB的HOWTO文件中发现了这么一段

是不是意味着可以代替gmx周期退火来产生初始构型 ...

哪里有GFN-xTB的HOWTO文件文件啊,能否分享一下,我只看man基本啥都不了解

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发表于 Post on 2018-1-6 18:56:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-6 16:23
xtb程序包里有说明
       spin and charge state information can be on:
        (charge) and  (=nalp ...

好的,谢谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-6 16:23:28 | 只看该作者 Only view this author
xtb程序包里有说明
       spin and charge state information can be on:
       <.CHRG> (charge) and <.UHF> (=nalpha-nbeta)
       -uhf and -chrg override the file info.

如果非要想用-uhf -chrg来指定的话,可以发邮件给我,我给你个1.4.1版,可以直接用settings.ini里的xtb_arg指定给xtb额外加的选项
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发表于 Post on 2018-1-6 13:16:16 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,使用molclus+xtb时计算水溶液中带电核分子的优化,发现修改.xtbrc中的gbsa h2o可行,但是在里面添加chrg -4没有用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-3 15:45:40 | 只看该作者 Only view this author
muxijiao 发表于 2017-12-3 15:43
嗯嗯,速度上确实是的,但是精度上是不是要比力场准确呢?而且在易用程度上貌似要方便一些?对于过度金属 ...

比一般力场准确
gmx不适合过渡金属团簇
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发表于 Post on 2017-12-3 15:43:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-3 12:39
没法代替。gmx是基于力场做的,GFN-xTB是基于半经验DFT做的,xtb再怎么快也没法代替力场的价值

嗯嗯,速度上确实是的,但是精度上是不是要比力场准确呢?而且在易用程度上貌似要方便一些?对于过度金属团簇,gmx的力场是不是也不太好?(纯粹个人想法,对分子动力学不太熟悉)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-3 12:39:33 | 只看该作者 Only view this author
muxijiao 发表于 2017-12-3 10:15
社长,突然发现GFN-xTB的HOWTO文件中发现了这么一段

是不是意味着可以代替gmx周期退火来产生初始构型 ...

没法代替。gmx是基于力场做的,GFN-xTB是基于半经验DFT做的,xtb再怎么快也没法代替力场的价值
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发表于 Post on 2017-12-3 10:15:56 | 只看该作者 Only view this author

社长,突然发现GFN-xTB的HOWTO文件中发现了这么一段
  1. A better full QM alternative for conformational search is
  2. xtb coord -siman
  3. which runs MD/simulated annealing based conformational search (including SHAKE speeds up these
  4. calculations considerably by allowing the timestep to be increased to 3-4 fs).
  5. set mdtime, mddump, mdstep, shake, as well as nsiman and tend properly e.g.
  6. mdtime     50.0       # MD run time in ps
  7. mddump    1000.       # dump (=optimize) structure in siman every mddump fs      
  8. mdstep      5.0       # MD time step in fs (automatically determined if < 0), could be 7-8 fs with shake =2, md_hmass
  9. md_hmass      4       # increase hydrogen mass to this value in amu (at const. tot. mass) allowing large time steps (=0 off)
  10. shake         2       # shake on (=0: off which is default) for X-H bonds only (=1), or all bonds (=2)
  11. nsiman        3       # number of siman annealing blocks
  12. tend       1000       # highest siman annealing temperature (very system specific)
复制代码

是不是意味着可以代替gmx周期退火来产生初始构型呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-2 14:42:09 | 只看该作者 Only view this author
muxijiao 发表于 2017-12-2 09:36
export OMP_NUM_THREADS=20
export MKL_NUM_THREADS=20
export OMP_STACKSIZE=10000m

对。已改
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发表于 Post on 2017-12-2 09:36:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 22:53
应该要好于。GFN-xtb普适性较强

export OMP_NUM_THREADS=20
export MKL_NUM_THREADS=20
export OMP_STACKSIZE=10000m
社长,并行设置的bashrc应该你写的少了等号了吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 22:53:28 | 只看该作者 Only view this author
muxijiao 发表于 2017-12-1 21:25
我在搜索二硫化钼的团簇,感觉要比PM7和PM6-D3H4靠谱,这两很多构象都飞了我在想xTB是不是对于过渡族金属 ...

应该要好于。GFN-xtb普适性较强
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发表于 Post on 2017-12-1 21:25:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 muxijiao 于 2017-12-1 21:27 编辑
sobereva 发表于 2017-12-1 12:53
结果咋样?靠谱不?

我在搜索二硫化钼的团簇,感觉要比PM7和PM6-D3H4靠谱,这两很多构象都飞了我在想xTB是不是对于过渡族金属化合物要好于PM系列呢?

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