发个分子力常数拟合程序（尝鲜版）

beefly · 发表于 Post on 2018-1-18 14:18:18

本帖最后由 beefly 于 2019-1-14 19:48 编辑

简单的计算流程：

1，用Gaussian、ORCA、等可以做振动频率计算的量子化学程序计算并保存Hessian等信息。完整的量子化学程序/数据格式列表，参见UniMoVib手册。

2，用UniMoVib程序读取上面的数据，执行简正振动模式分析，并产生数据文件。更新版本的UniMoVib程序包括源代码，可以到主页下载：https://github.com/zorkzou/UniMoVib

3，用LocalModes程序读取上面的数据，执行局域模式分析，产生分子的键长（键伸缩）、键角等的力常数。LocalModes程序尚未正式发布，这里是测试版。正式版可能会在这里发布：https://github.com/catco-smu

简单的使用方法：

1，把test\Cfour或test\Gaussian中的job.inp文件，以及job.inp中引用的数据文件（在$qcdata部分定义）复制到run.bat所在的根目录下

2，鼠标双击run.bat

3，用ue等专业的文本编辑器查看输出文件job.out

虚心求教 · 发表于 Post on 2022-7-14 22:09:53

请问公开版本发布了吗，太期待了。

smutao · 发表于 Post on 2021-5-18 09:10:34

ghifi37 发表于 2021-5-18 08:34
感谢回复！我就是看到19年的那篇文章算了不同维度的体系，燃起了希望，还看到摘要插图中最小的那个SIESTA ...

如果想在程序公开之前用上我们的方法可以私信联系我
进行评估后我这边可以帮你做相应的分析计算到时在文章贡献中有所体现即可
谢谢关注

ghifi37 · 发表于 Post on 2021-5-18 08:34:53

smutao 发表于 2021-5-18 00:10
LModeA内部版已经支持PBC体系了文章也发表了请见 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.8b01 ...

感谢回复！我就是看到19年的那篇文章算了不同维度的体系，燃起了希望，还看到摘要插图中最小的那个SIESTA的字样，那么小的字号，是说明支持的功能少呢？还是潜在用户少？
特别是“A benefit of doing so is that the force constant matrix can be calculated in a primitive cell model with sufficient sampling of the Brillouin zone instead of using supercells.”可以直接跑多K点，而不像CP2K产生molden文件只能是跑gamma，尺寸不够大真不好收敛。
很期待你们的公开版，就是看起来还要等半年了……

smutao · 发表于 Post on 2021-5-18 00:10:09

ghifi37 发表于 2021-5-17 21:48
看起来执行振动模式分析的UniMoVib支持不少PBC软件，LModeA现在支持分析PBC体系吗？
如果只对某几个原子的 ...

LModeA内部版已经支持PBC体系了文章也发表了请见 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.8b01279
支持PBC的LModeA的公开版本（届时将直接开源）正在开发中，预计今年底发布相关综述请见 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/wcms.1480
近期将介绍LModeA非PBC版的使用

ghifi37 · 发表于 Post on 2021-5-17 21:48:39

看起来执行振动模式分析的UniMoVib支持不少PBC软件，LModeA现在支持分析PBC体系吗？
如果只对某几个原子的力常数感兴趣，是不是只要对这几个原子做振动分析就行？
最重要的，文章发了吗？我们能不能用上正式版了？期待好久了啊！

zhangfuqiang · 发表于 Post on 2019-1-17 18:42:24

请问与QuickFF（http://molmod.github.io/QuickFF）比，有啥优点？这个软件看着挺厉害的

ggdh · 发表于 Post on 2019-1-15 09:47:31

beefly 发表于 2019-1-14 19:52
把网址改了。准备等文章投稿后再发布，但是其他事情太多，耽搁到现在文章也没投，两年前还因此被审稿人嘲 ...

。。。我也是这样。怎么能够因为发文章，耽误程序发布呢。春节放假期间写好投了！来年我们好引用

beefly · 发表于 Post on 2019-1-14 19:52:40

ggdh 发表于 2019-1-13 23:55
LocoMode 那个网站打不开了？什么情况啊

把网址改了。准备等文章投稿后再发布，但是其他事情太多，耽搁到现在文章也没投，两年前还因此被审稿人嘲笑过。预计今年夏天会投稿

ggdh · 发表于 Post on 2019-1-13 23:55:06

LocoMode 那个网站打不开了？什么情况啊

beefly · 发表于 Post on 2018-4-22 19:38:56

qczgzly 发表于 2018-4-20 10:40
尝试了一下，我用unimovib程序正常，用lmodes程序时报错，信息为

Error! The above dihedral angle lead ...

一般是a-b-c或b-c-d的键角=180造成的

qczgzly · 发表于 Post on 2018-4-20 10:40:50

尝试了一下，我用unimovib程序正常，用lmodes程序时报错，信息为

Error! The above dihedral angle leads to singularity!

不知道楼主有没有遇到过这样的情况？

展盼007 · 发表于 Post on 2018-2-5 08:45:24

膜拜大佬，厉害了

ikea1984 · 发表于 Post on 2018-2-1 23:57:17

大佬好厉害

beefly · 发表于 Post on 2018-1-19 17:23:30

ggdh 发表于 2018-1-19 15:52
不知道跟Compliance相比有啥异同？

Ka = 1/Compliance

如果你说的Compliance是Grunenberg那种计算力常数方法，参见KaFml关键词的说明

ggdh · 发表于 Post on 2018-1-19 15:52:10

不知道跟Compliance相比有啥异同？

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