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[Multiwfn使用咨询] 通过cif文件怎么得到wfn文件

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本帖最后由 清远常山 于 2018-4-3 15:16 编辑

新手,刚刚接触量化,想按照Multiwfn教程计算一下自己研究体系,教程已经学了一遍,但是自己研究体系不知道怎么转换成软件可以识别的文件,我只有cif文件,能不能得到wfn、fch等Multiwfn可以识别的文件,或者怎么才能得到这类文件?请大家广施援手,带我进入量化计算的大门

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发表于 Post on 2023-6-13 22:35:55 | 只看该作者 Only view this author
hhxx 发表于 2023-6-8 16:30
您好楼主,我想请教一下,我是利用calypso搜索结构,然后vasp优化,有了cif文件,想要fch文件的话必须在高 ...

gview又不是计算程序
要得到周期性体系的Multiwfn可以做波函数分析的波函数文件,用CP2K,仔细看下文
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-6-8 16:30:29 | 只看该作者 Only view this author
您好楼主,我想请教一下,我是利用calypso搜索结构,然后vasp优化,有了cif文件,想要fch文件的话必须在高斯进行单点才可以吗,Gview可以不

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发表于 Post on 2022-10-28 18:46:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-28 11:32
cif只有结构信息,要得到含有波函数信息的波函数文献,要计算,不叫转换

如果是要做周期性计算得到考 ...

谢谢社长的解答,我是小白,先看看您提供的信息。

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发表于 Post on 2022-10-28 18:45:19 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-10-28 10:57
这个不能称为文件转换。量子化学/计算化学也不是说随便搞个文件转化就能得到想要的结果。文件转换的意思 ...

非常感谢您的解释。

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发表于 Post on 2022-10-28 11:32:30 | 只看该作者 Only view this author
zhiqiangwang 发表于 2022-10-28 10:08
请教楼主,怎么将cif文件转换成fch文件的呢?

cif只有结构信息,要得到含有波函数信息的波函数文献,要计算,不叫转换

如果是要做周期性计算得到考虑周期性的波函数用于Multiwfn的分析,一般建议用CP2K,仔细看
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html

如果是要挖成簇,就自己截出来,有必要时边界做特殊处理,比如氢饱和等,参考比如
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html

如果只分子晶体,只需要对单分子或者分子团簇做波函数分析,用Multiwfn可以自动产生单个完整分子或分子团簇的结构,然后量化程序计算就得到了波函数文件,参考下文里的考察晶体的例子
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html

如果你连波函数文件指的是什么还不清楚的话,先看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
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发表于 Post on 2022-10-28 10:57:40 | 只看该作者 Only view this author
zhiqiangwang 发表于 2022-10-28 10:08
请教楼主,怎么将cif文件转换成fch文件的呢?

这个不能称为文件转换。量子化学/计算化学也不是说随便搞个文件转化就能得到想要的结果。文件转换的意思是一个文件的信息完全包含另一个文件,或者两个文件信息完全等价,才能进行文件转换/文件生成。

cif文件只有结构信息(即原子坐标和单胞信息),要做量子化学计算才能得到波函数文件(例如fch文件,含坐标、基组和轨道信息)。当然,也并不是说用GaussView打开cif文件后看似没有报错、点几次鼠标就叫做计算。

如果你是想得到fch文件用于Multiwfn做波函数分析,那么你首先要考虑要进行孤立体系的计算还是周期性体系的计算,这两种类型的计算常用程序是完全不一样的;如果是前者,你得接着考虑如何将cif文件内周期性结构做合理截断和边界处理,变成孤立体系/团簇,然后才能做孤立体系的计算。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-10-28 10:08:13 | 只看该作者 Only view this author
清远常山 发表于 2018-4-3 15:38
谢谢您的回复,我想用multiwfn计算分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献,以FeS2为例,当锂离子或者钠离 ...

请教楼主,怎么将cif文件转换成fch文件的呢?

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发表于 Post on 2018-4-9 02:24:52 | 只看该作者 Only view this author
清远常山 发表于 2018-4-8 21:56
sob老师,您好,我找了一些高斯教程,将cif文件导入高斯,GIF文件如下:
%chk=C:%users\Lu\Desktop\FeS2 ...


切勿看网上一些乱七八糟教程,错误百出
末尾的路径前头要有空行,高斯对空行很敏感,而且必须指定.wfn文件产生具体路径,光写个目录名不行。Multiwfn手册第四章开头就有产生.wfn文件的例子。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-8 21:56:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 清远常山 于 2018-4-8 22:19 编辑
sobereva 发表于 2018-4-3 17:44
不是获得基组信息,是获得含有波函数信息的文件。
假设你要做CDA分析,对于这种依赖于基函数信息的分 ...

sob老师,您好,我找了一些高斯教程,将cif文件导入高斯,GIF文件如下:
%chk=C:\Users\Lu\Desktop\FeS2.chk
# hf/3-21g geom=connectivity out=wfn

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Fe                -0.46574976   -2.80553823   -0.03338751
S                 -0.78411667   -0.66574456   -0.56300797
Fe                 0.24176732    0.96797196    0.58146410
S                  0.66455349    1.71584584   -1.49054470
S                  2.07625356   -0.29504725    0.58533840
S                 -1.59271891    2.23099117    0.57758980

1 2 1.0 5 1.0 6 1.0 4 1.0 5 1.0 6 1.0
2 3 1.0 3 1.0
3 4 1.0 5 1.0 6 1.0 4 1.0
4
5
6
D:\Gaussian

但是最后得到的是




请教老师这是为什么?期待您的回复



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发表于 Post on 2018-4-4 02:40:41 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-4-3 06:22
借帖请教一下大家,cif文件中的原子坐标和gif/com文件中的原子坐标单位分别是什么?我把cif中的_atom_site_ ...

cif里的坐标一般都是分数坐标,肯定不能直接用啊。。。

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发表于 Post on 2018-4-3 20:54:05 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-4-3 20:22
借帖请教一下大家,cif文件中的原子坐标和gif/com文件中的原子坐标单位分别是什么?我把cif中的_atom_site_ ...


直接把cif文件扔到chem3D里,一般就能给你产生完整的分子
gview也可以载入cif文件,里面复制延展成复晶胞后,取一个完整分子出来也可以
高斯也能直接做PBC计算(二维、三维时速度很慢),并产生fch文件给Multiwfn用
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发表于 Post on 2018-4-3 20:22:13 | 只看该作者 Only view this author
借帖请教一下大家,cif文件中的原子坐标和gif/com文件中的原子坐标单位分别是什么?我把cif中的_atom_site_type_symbol  ,_atom_site_fract_x , _atom_site_fract_y  ,_atom_site_fract_z提取,得到gif文件,但是分子间距很不合理,见下图:

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发表于 Post on 2018-4-3 17:44:59 | 只看该作者 Only view this author
清远常山 发表于 2018-4-3 15:38
谢谢您的回复,我想用multiwfn计算分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献,以FeS2为例,当锂离子或者钠离 ...


不是获得基组信息,是获得含有波函数信息的文件。
假设你要做CDA分析,对于这种依赖于基函数信息的分析,你得挖出一个团簇,然后用量化程序(如Gaussian、ORCA、Molpro等)计算个单点,得到.fch或.molden等,然后再用Multiwfn做CDA分析。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-3 15:38:10 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2018-4-3 15:08
看你需要用到Multiwfn的具体哪个功能。

有些功能只需要坐标文件就可以的,你可以通过一些软件提取出cif ...

谢谢您的回复,我想用multiwfn计算分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献,以FeS2为例,当锂离子或者钠离子嵌入后,在嵌入离子的影响下,Fe和S对轨道的贡献变化。我已经有了FeS2和不同嵌入量下的cif文件,我怎么才可以获得基组信息呢,已经有material studio,这个软件可以通过cif文件得到multiwfn所需要的文件格式吗?希望您能解惑

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