大分子优化问题

三迩- · 发表于 Post on 2018-4-23 09:54:53

请教各位前辈、老师：像图中这样的大分子体系（取的是晶体结构，共232个原子，含有16个Ag原子）有办法可以优化吗？用Gaussian算不动。用ORCA计算，多次调整结构，但是结构优化不收敛，而且还差得远。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-8 09:27:10

xiaobai123 发表于 2023-7-7 17:14
请问grimme的xtb通过GFN-XTB这是什么意思呢，以及如何具体执行

看这些了解xtb相关常识
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）
盘点Grimme迄今对理论化学的贡献
http://sobereva.com/388（http://bbs.keinsci.com/thread-6662-1-1.html）
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

乐平 · 发表于 Post on 2023-7-7 17:37:19

本帖最后由乐平于 2023-7-7 17:38 编辑

xiaobai123 发表于 2023-7-7 17:14
请问grimme的xtb通过GFN-XTB这是什么意思呢，以及如何具体执行

xTB 是 Stephen Grimme 教授开发的程序，GFN-xTB 是其中的一种计算类型。 https://github.com/grimme-lab/xtb

如果你用 Anaconda3 python，可以直接 conda install -c conda-forge xtb 安装，然后用

xtb aaaa.xyz --opt tight --cycles 200 --gfn 2 命令运行计算，这里的 aaaa.xyz 是结构文件。

xiaobai123 · 发表于 Post on 2023-7-7 17:14:53

sobereva 发表于 2018-4-23 10:57
用Grimme的xtb通过GFN-xTB理论优化。
如果之后还想要更好的结构，可以考虑用ORCA在B97-3c下优化（如果做不 ...

请问grimme的xtb通过GFN-XTB这是什么意思呢，以及如何具体执行

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-24 17:43:32

三迩- 发表于 2018-4-24 17:30
是结构散了，羧酸端和氨基端部分散开。这是说这个半经验方法不合适吗？

假设xtb使用上没犯错误，如果你在ORCA里用DFT优化都没这样，可能算GFN-xTB方法的问题

三迩- · 发表于 Post on 2018-4-24 17:30:11

sobereva 发表于 2018-4-24 14:01
xtbopt.log是含有优化过程每一帧的多帧xyz文件，后缀改成xyz，用VMD看

是结构散了，羧酸端和氨基端部分散开。这是说这个半经验方法不合适吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-24 14:01:16

三迩- 发表于 2018-4-24 10:51
目前只产生了.log和restart文件，请问log文件可以用什么程序打开？我试了chemcraft不可以，或者说这个程 ...

xtbopt.log是含有优化过程每一帧的多帧xyz文件，后缀改成xyz，用VMD看

三迩- · 发表于 Post on 2018-4-24 10:51:34

sobereva 发表于 2018-4-24 09:15
不是看曲线，是看结构变化

目前只产生了.log和restart文件，请问log文件可以用什么程序打开？我试了chemcraft不可以，或者说这个程序怎么把log的轨迹转成.xyz格式呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-24 09:15:28

三迩- 发表于 2018-4-24 09:08
抱歉，这里补一下优化轨迹，看样子是末尾突变造成的？

不是看曲线，是看结构变化

三迩- · 发表于 Post on 2018-4-24 09:08:05

sobereva 发表于 2018-4-24 08:13
光从这信息没法说，注意看优化过程的轨迹

比如

抱歉，这里补一下优化轨迹，看样子是末尾突变造成的？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-24 08:13:29

三迩- 发表于 2018-4-23 22:03
sob老师，我用xtb优化二百多轮后出现这个如下提示
“speedup 4.00
cpu time for SCC 2 m 57.9 s

光从这信息没法说，注意看优化过程的轨迹

比如
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
就代表4核并行

三迩- · 发表于 Post on 2018-4-23 22:03:54

sobereva 发表于 2018-4-23 10:57
用Grimme的xtb通过GFN-xTB理论优化。
如果之后还想要更好的结构，可以考虑用ORCA在B97-3c下优化（如果做不 ...

sob老师，我用xtb优化二百多轮后出现这个如下提示
“speedup  4.00
cpu  time for SCC 2 m 57.9 s
wall time for SCC 0 m 44.5 s
speedup  4.00
cpu  time for grad 1.27 s
wall time for grad 0.32 s
|grad| > 500, something is totally wrong!”

请问有没有什么可参考的方法解决这个问题呢？
另外想请教一下，添加并行的信息，直接加在.xtbrc文件里嘛？

三迩- · 发表于 Post on 2018-4-23 12:58:38

本帖最后由三迩- 于 2018-4-23 13:03 编辑

sobereva 发表于 2018-4-23 10:57
用Grimme的xtb通过GFN-xTB理论优化。
如果之后还想要更好的结构，可以考虑用ORCA在B97-3c下优化（如果做不 ...

谢谢老师，之前看过论坛内的相关帖子，看您的回复后直接用了B97-3c进行优化。结果偏离SCF收敛很远。我现在先申请一下xtb程序试试

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-23 10:57:47

用Grimme的xtb通过GFN-xTB理论优化。
如果之后还想要更好的结构，可以考虑用ORCA在B97-3c下优化（如果做不动，用HF-3c也可以）。

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