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[Amber] Amber最小化能量出错

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本帖最后由 superrice 于 2018-6-13 11:12 编辑

Amber新手做分子动力学,用的GAFF立场,拟合RESP电荷,然后packmol构建的盒子。
先最小化能量,提交马上就出错,请问是什么原因?如果还需要提供什么文件,请告知,非常感谢。

盒子里我只加了一个溶质,然后其他都是溶剂,不知道是不是这个原因,提示信息有:
***** System must be very inhomogeneous.


最后一步输出信息:

   NSTEP       ENERGY          RMS            GMAX         NAME    NUMBER
     80       1.1405E+12     4.5694E+11     3.3176E+13     N2       1991

BOND    = 19190913.4962  ANGLE   =   162429.9954  DIHED      =    18311.3546
VDWAALS = *************  EEL     =     1148.2117  HBOND      =        0.0000
1-4 VDW =    89637.9629  1-4 EEL =     -625.7281  RESTRAINT  =        0.0000


输入文件:
Minimize
&cntrl
  imin=1,
  ntx=1,
  maxcyc=10000,
  ntpr=10,
  ntwx=100,
  cut=10.0
/



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发表于 Post on 2018-6-13 19:10:14 | 只看该作者 Only view this author
可能性很多,较大可能是初始结构原因
建议先用同样的设定跑跑纯溶剂、纯溶质盒子看能否正常运行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-13 19:46:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-13 19:10
可能性很多,较大可能是初始结构原因
建议先用同样的设定跑跑纯溶剂、纯溶质盒子看能否正常运行

非常感谢回复。我试了一下纯溶剂和纯溶质,好像都不行,请问是什么原因呢?跟拟合电荷有关么?

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发表于 Post on 2018-6-14 02:47:47 | 只看该作者 Only view this author
打开最后一步的结构,看一下1991号N2原子有什么问题

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发表于 Post on 2018-6-14 06:13:36 | 只看该作者 Only view this author
superrice 发表于 2018-6-13 19:46
非常感谢回复。我试了一下纯溶剂和纯溶质,好像都不行,请问是什么原因呢?跟拟合电荷有关么?


可能性很多,力场参数有问题,原子电荷有问题等等都可能,这只能耐心慢慢排查、反复尝试找原因
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-14 09:17:45 | 只看该作者 Only view this author
agent99 发表于 2018-6-14 02:47
打开最后一步的结构,看一下1991号N2原子有什么问题

感谢回复,我去看下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-14 09:18:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-14 06:13
可能性很多,力场参数有问题,原子电荷有问题等等都可能,这只能耐心慢慢排查、反复尝试找原因

谢谢老师指导,我仔细去看下

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发表于 Post on 2020-4-10 23:40:50 | 只看该作者 Only view this author
我也遇到同样问题,请问你最后如何解决的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-12 22:49:59 | 只看该作者 Only view this author
hyr95 发表于 2020-4-10 23:40
我也遇到同样问题,请问你最后如何解决的?

时间比较久了,有点忘了,可能是初始结构的问题。

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发表于 Post on 2020-4-18 10:57:31 | 只看该作者 Only view this author
请问您resp电荷如何拟合的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-18 11:16:40 | 只看该作者 Only view this author
hyr95 发表于 2020-4-18 10:57
请问您resp电荷如何拟合的?

Sob老师有教程,你找一下

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发表于 Post on 2020-4-18 20:24:25 | 只看该作者 Only view this author
我不知道把软件算出来的电荷该放到哪个文件里

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发表于 Post on 2020-4-19 02:03:30 | 只看该作者 Only view this author
hyr95 发表于 2020-4-18 20:24
我不知道把软件算出来的电荷该放到哪个文件里

完全取决于你具体怎么加载力场文件的
诸如你要改自带的力场库文件,就改dat/leap/lib里的.lib文件里的电荷;如果有小分子prep文件就改里面的电荷
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发表于 Post on 2020-4-19 18:41:26 | 只看该作者 Only view this author
我是先用高斯view把小分子保存成gjf文件,然后加关键词# opt b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) em=gd3bj进行优化,得出的.chk文件转化成fch文件,然后用Multiwfn算出resp电荷。我想做小分子的gaff力场文件,是怎么做?把小分子的pdb文件,用bcc电荷做prep文件,再把prep文件里的电荷信息改成resp的电荷信息吗?

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hyr95 发表于 2020-4-19 18:41
我是先用高斯view把小分子保存成gjf文件,然后加关键词# opt b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) e ...

antechamber建议用-c gas,然后再把prep里的Gasteiger电荷改成Multiwfn算的RESP电荷。注意prep里的原子顺序往往和输入文件里的顺序不同。所以建议你拿antechamber产生的NEWPDB.PDB文件转成gjf用于Gaussian计算,或者直接用于这个脚本当输入文件:《计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)》 http://sobereva.com/476

之所以建议用-c gas,是因为antechamber产生Gasteiger电荷耗时几乎为0。如果产生AM1-BCC电荷,antechamber会调用SQM程序在半经验下做优化,但由于SQM写得比较差,对于大一些的体系耗时挺高,还可能不收敛。
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