关于量化计算中构象的问题

409407227 · 发表于 Post on 2018-12-19 09:30:56

本帖最后由 409407227 于 2018-12-19 09:48 编辑

文献中说：Further we investigated a five-coordinated Al(III) fluorocomplex paired with two Li+. Three different conformations (local energy minima) were found for the associates with
Li+ ions, (iii), (iv) and (vi) 。In conformation (iii) AlF52- forms a trigonal bipyramid, where the cations are located on its face and edge. 不同的构象如下图所示。我的疑惑是它这三种不同的构象是怎么找到的？是通过势能面扫描吗？如果是的话，是通过扫Li-F-Al-F的二面角吗？谢谢大家帮忙解答

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-12-19 11:26:18

有很多构象搜索的办法，要构象搜索的话此处可以先搜索AlF5的构象，然后最傻的在球面上随机加Li优化应该也比用扫描效率高。

不过这里作者找到的构象没有什么奇怪的想不到的极小点，无非是三角双锥和四角锥、再和配棱、配面组合一下，完全可以直接猜出来，画好初猜优化就完了。

409407227 · 发表于 Post on 2018-12-19 11:40:45

liyuanhe211 发表于 2018-12-19 11:26
有很多构象搜索的办法，要构象搜索的话此处可以先搜索AlF5的构象，然后最傻的在球面上随机加Li优化应该也比 ...

谢谢您，您的意思是画好初猜结构，配棱配面组合一下，算一下单点能，能量最低的几个就是最稳定的吧

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-12-19 11:42:50

409407227 发表于 2018-12-19 11:40
谢谢您，您的意思是画好初猜结构，配棱配面组合一下，算一下单点能，能量最低的几个就是最稳定的吧:victo ...

说了“画好初猜【优化】”

409407227 · 发表于 Post on 2018-12-20 12:04:18

liyuanhe211 发表于 2018-12-19 11:42
说了“画好初猜【优化】”

谢谢您

409407227 · 发表于 Post on 2018-12-21 10:16:30

liyuanhe211 发表于 2018-12-19 11:42
说了“画好初猜【优化】”

您好，我想在请教您一个问题：做柔性扫描时，可不可以不在冗余内坐标下进行，写成opt=cartesian？在扫描过程中涉及到键的断裂，需不需要加个guess（always）关键词呢？谢谢您。

FENGXIANGYANG · 发表于 Post on 2021-12-24 15:18:52

409407227 发表于 2018-12-19 11:40
谢谢您，您的意思是画好初猜结构，配棱配面组合一下，算一下单点能，能量最低的几个就是最稳定的吧:victo ...

您好我想问一下稳定性一般是比较哪一项能量，是比较Sum of electronic and thermal Free Energies，还是优化步骤最后一个SCF Done:后的电子能量？

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-25 20:09:07

FENGXIANGYANG 发表于 2021-12-24 15:18
您好我想问一下稳定性一般是比较哪一项能量，是比较Sum of electronic and thermal Free Energies，还是 ...

稳定性有很多类型，论坛上有过无数次讨论，用首页全文搜索框搜索
热力学角度对比稳定性通常用自由能，怎么算仔细看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）
电子能量和自由能完全是两码事，仔细看Shermo程序手册附录，了解量子化学研究涉及的热力学的基本常识

FENGXIANGYANG · 发表于 Post on 2021-12-27 10:37:13

sobereva 发表于 2021-12-25 20:09
稳定性有很多类型，论坛上有过无数次讨论，用首页全文搜索框搜索
热力学角度对比稳定性通常用自由能，怎 ...

感谢社长解答！

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