请教：Lammps与GROMACS的重要区别是什么？

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-2 09:44:43

大家好，请问Lammps与GROMACS的重要区别是什么？我记得一个区别是Lammps有ReaxFF反应力场但GROMACS没有。
谢谢。

mol · 发表于 Post on 2019-2-2 11:53:45

正解，另外lammps里有一些金属相互作用的多体势gmx里没有

dark_cosmos · 发表于 Post on 2019-2-2 17:34:07

两个软件都用。都是很优秀的软件，感觉两者相互不可替代，lammps里面支持的势很丰富，兼容目前大多数的势能模型，在固体、材料领域用起来很方便；gromacs计算效率高，在生物大分子体系模拟方面很方便。经验是：最好不要反过来使用，否则的话是自找麻烦。

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-2 19:00:15

只要能用gmx很好模拟的问题，建议一律用gmx，速度快。有一些人以为gmx只能模拟生物体系，实际上不是。溶液体系、气相小分子、纳米体系、聚合物、部分类型金属单质、部分类型无机固体等等全都能搞。gmx能模拟什么，最主要取决于有没有对应的力场而且是gmx支持的势函数的形式。lammps支持的势函数形式更丰富，其中有很多是gmx不支持但又是专门适合某些类型无机体系模拟的，导致lammps在无机固体材料模拟方面用处很大，而且也和gmx没有什么竞争关系。

yihanxu · 发表于 Post on 2019-3-29 10:53:00

老师好，大家好，我有个问题想请教：lammps和gromacs哪个需要更多的时间学会？

yihanxu · 发表于 Post on 2019-9-18 13:46:21

本帖最后由 yihanxu 于 2019-9-17 23:48 编辑

sobereva 发表于 2019-2-2 05:00
只要能用gmx很好模拟的问题，建议一律用gmx，速度快。有一些人以为gmx只能模拟生物体系，实际上不是。溶液 ...

老师好，想要用分子动力学模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附，能用GROMACS吗？如果不能用的话，该怎么办呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-18 18:33:02

yihanxu 发表于 2019-9-18 13:46
老师好，想要用分子动力学模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附，能用GROMACS吗？如果不能用的话，该怎么 ...

Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来的，把参数补进gmx里就可以模拟

yihanxu · 发表于 Post on 2019-9-19 13:47:15

sobereva 发表于 2019-9-18 04:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来 ...

老师好，请问用LAMMPS可以不补参数直接模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-19 16:16:51

yihanxu 发表于 2019-9-19 13:47
老师好，请问用LAMMPS可以不补参数直接模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附吗？

不清楚

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-17 10:30:10

老师好，若要是研究镉与dsDNA两者之间的结合情况，可以用gromacs做计算研究吗？

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-17 10:32:55

sobereva 发表于 2019-9-18 18:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来 ...

老师好，若要研究Cd 与 dsDNA之间的结合情况，相互作用，gromacs可以很好的呈现吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-17 15:33:53

yuanen 发表于 2021-7-17 10:32
老师好，若要研究Cd 与 dsDNA之间的结合情况，相互作用，gromacs可以很好的呈现吗？

可以，而且是首选之一

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-19 09:19:21

sobereva 发表于 2021-7-17 15:33
可以，而且是首选之一

那若要更深的考虑，Cd和链内碱基的可能？比如ssDNA适配体这种？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-19 21:44:58

yuanen 发表于 2021-7-19 09:19
那若要更深的考虑，Cd和链内碱基的可能？比如ssDNA适配体这种？

“Cd和链内碱基的可能？”病句

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-19 22:15:02

sobereva 发表于 2021-7-19 21:44
“Cd和链内碱基的可能？”病句

老师，我是想问关于Cd与ssDNA的碱基之间的可能结合情况能不能很好描述？

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[综合交流] 请教：Lammps与GROMACS的重要区别是什么？

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