详谈使用Gaussian做势能面扫描

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-1 05:38:25

见
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474

由于图太多，30多张，三万字，懒得这里再贴一遍了。推荐所有Gaussian用户和研究内容与势能面扫描有关的人阅读。如果有文章相关的问题可以在此帖咨询

Novice · 发表于 Post on 2019-4-1 08:47:17

大赞，关于"4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描", 曾经我就思考过乙烷分子怎么刚性扫描，然后百思不得解，然后就没有然后了。

Novice · 发表于 Post on 2019-4-1 09:10:00

本帖最后由 Novice 于 2019-4-1 09:41 编辑

Novice 发表于 2019-4-1 08:47
大赞，关于"4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描", 曾经我就思考过乙烷分子怎么刚性扫描，然后百思 ...

用Atom List Editor修改内坐标定义要扫描的两面角

1 显示原子编号,以便观察两面角 GaussView View > Labels

这里我们需要扫描的两面角是7-6-2-1。 GaussView Tools > Atom List 如下：

在Atom List Editor对话框里，我们很容易发现第7行是我们关注的：“Show”后面的7 C 6 2 1，它的含义是编号为7的原子为C原子，它的位置由编号为6 2 1的原子定义。而我们要扫描的二面角也正是7-6-2-1。但注意到第8行，分子右半部分中的一个氢原子（编号为8）也是由6 2 1号原子定义。这意味着在扫描势能面的过程中二面角8-6-2-1是不变的，这样导致的结果是8号原子与右半部分其他原子的相对位置发生改变，从而得不到想要的扫描结果。为此我们需要重新定义内坐标，使得用右半部分的原子定义8号原子的位置不发生冲突。

2 内坐标的重新定义
首先，我们将8号氢原子的编号由8改为10，可以看到图形中的原子编号也在实时变化（一个原子的位置只能由具有更小序号的原子定义）。在这里，我们将这个氢原子（此时序号已经变为10）的位置由6 7 8号原子定义，因此在第8行中把原来的原子编号改成新的原子编号，如下图所示。

保存文件，需要注意的是为了保存成内坐标的形式，必须取消“write cartesians”的勾选。现在，你就可以用准备好的内坐标文件做刚性扫描了。

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2019-4-1 10:12:39

早上就迫不及待地把帖子看完了，赞

胡说 · 发表于 Post on 2019-4-1 10:34:23

老师请教个问题：“4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描”,这部分里的动图里的帧号是怎么加上的？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-1 11:50:15

胡说发表于 2019-4-1 10:34
老师请教个问题：“4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描”,这部分里的动图里的帧号是怎么加上的？

使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13

胡说 · 发表于 Post on 2019-4-1 16:40:19

sobereva 发表于 2019-4-1 11:50
使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13

多谢老师

pcxlm1 · 发表于 Post on 2019-4-1 19:50:53

多谢老师分享

霜晨月 · 发表于 Post on 2019-4-3 09:50:13

请教老师一个问题：
Gaussian做柔性扫描时，每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描两个键长，比如
A-B：1.2 1.4 1.6 1.8
C-D：1.0 1.1 1.2 1.3
扫描时就会先固定C-D键长1.0，然后A-B键长1.2 --> 1.8；然后C-D键长固定为1.1，A-B键长由1.8变回1.2，如此反复。但当C-D=1.0，A-B=1.8时，A-B键一优化就断裂了，生成了别的分子，无法恢复了。所以后面的扫描就没有意义了。不知这个问题有办法解决吗？
谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-3 10:30:37

霜晨月发表于 2019-4-3 09:50
请教老师一个问题：
Gaussian做柔性扫描时，每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描 ...

那就自己拆成多个一维扫描任务

霜晨月 · 发表于 Post on 2019-4-3 16:55:20

sobereva 发表于 2019-4-3 10:30
那就自己拆成多个一维扫描任务

嗯，看来只有这样了，只是比较麻烦

Hassan · 发表于 Post on 2019-5-21 17:31:05

谢谢老师分享，货及其干

xxzj · 发表于 Post on 2019-6-29 14:22:59

老师，您好，请问关于“考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法”的帖子有中文版的吗，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 10:50:57

xxzj 发表于 2019-6-29 14:22
老师，您好，请问关于“考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法”的帖子有中文版的吗，谢 ...

没有

xxzj · 发表于 Post on 2019-7-24 14:34:28

老师，您好，我有一个问题没有理解，就是我如果设计两个X型结构的分子，其中一个分子的给体单元外面进行4个受体单元连接时，如果4个受体单元相同，我能否定义该分子是各向同性的分子结构，如果4个受体单元不同，是不是就可以定义成该分子是各向异性的分子结构，就是单纯从分子结构上定义，可以吗

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