vasp计算40核比28核慢了一大截

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-29 09:37:15

本帖最后由灰飞的旋律于 2019-4-29 09:51 编辑

请问下我做VASP计算，HSE泛函算DOS，可是我的双路E5 2673V4（2.3HGz 共40物理核，4根2400MHZ 32G内存条）比双路 E5 2680v4（2.4GHz 共28物理核，8根2400MHZ 8G内存条）计算速度反而慢了一大截呢，迭代一次耗时，也就是LOOP，前者21333秒，后者16545秒，那么实际耗时前者5.9小时，后者4.6小时，40核INCAR里NCORE=5, 28核设置的4.，没有开超线程
请问比较有可能会是哪些原因呢

啦啦黑还黑 · 发表于 Post on 2019-4-29 13:17:10

很大的可能性是内存条没有插满，把内存条插满了试试？

一颗赛艇 · 发表于 Post on 2019-4-29 14:07:14

哈哈哈哈哈哈

又一个不会看配置被（政采）奸商坑了的
VASP据说吃内存带宽，再插4根2400MHZ 32G内存条

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-29 14:19:45

本帖最后由灰飞的旋律于 2019-4-29 15:26 编辑

啦啦黑还黑发表于 2019-4-29 13:17
很大的可能性是内存条没有插满，把内存条插满了试试？

意思是我现在是四通道，再来四根组成八通道？？是这意思吗这是现在的内存安装顺序,主板一共8个插槽

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-29 14:21:23

一颗赛艇发表于 2019-4-29 14:07
哈哈哈哈哈哈

又一个不会看配置被（政采）奸商坑了的

自己选的配置

价格还好，没有被坑，确定再来四根可以增加计算速度吧？？那我就和老师商量下，再增加

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-29 14:51:02

灰飞的旋律发表于 2019-4-29 14:21
自己选的配置价格还好，没有被坑，确定再来四根可以增加计算速度吧？？那我就和老师商量下，再增加

有没有可能是我用的核数太多了，计算产生数据过多，内存带宽跟不上了，如果减少核数反而会提升计算速度

啦啦黑还黑 · 发表于 Post on 2019-4-29 16:52:55

灰飞的旋律发表于 2019-4-29 14:21
自己选的配置价格还好，没有被坑，确定再来四根可以增加计算速度吧？？那我就和老师商量下，再增加

你不是有8根8G的吗？先拆来试试，看看是不是内存的问题，再买不迟

niobium · 发表于 Post on 2019-4-29 17:29:23

是不是核数的问题，自己做个测试就知道了

hakuna · 发表于 Post on 2019-4-29 18:07:59

2673V4真这么弱吗?从参数上看不应该啊,四根内存条是有问题,期待真相

archer · 发表于 Post on 2019-4-29 20:51:59

NPAR NCORE之类的参数试下

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-30 08:49:51

啦啦黑还黑发表于 2019-4-29 16:52
你不是有8根8G的吗？先拆来试试，看看是不是内存的问题，再买不迟

在机柜里面，不好拆啊，刚买的刚安进去，不知道拆了给不给保修了还

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-30 08:50:18

niobium 发表于 2019-4-29 17:29
是不是核数的问题，自己做个测试就知道了

嗯，还真和核数有关系

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-30 08:52:33

本帖最后由灰飞的旋律于 2019-4-30 08:57 编辑

hakuna 发表于 2019-4-29 18:07
2673V4真这么弱吗?从参数上看不应该啊,四根内存条是有问题,期待真相

如图，很有可能是内存带宽跟不上，node24是2680V4，node26是2673V4，HSE计算DOS，迭代一次LOOP随着核数减少而减少，核数减少速度反而快了，后者20核计算速度已经接近前者28核。这是不是说我确实需要加内存条了？？还有人说是并行计算调度的问题，不甚明了怎么理解？？？

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-30 08:55:28

本帖最后由灰飞的旋律于 2019-5-9 16:38 编辑

archer 发表于 2019-4-29 20:51
NPAR NCORE之类的参数试下

嗯嗯，测试过了，40核下测试的，node24是2680V4，node26是2673V4，NCORE=4和5时，HSE计算DOS，迭代一次LOOP分别为23645和21000多一点，但40核下并行计算设置也只能到5了，估计设成8计算速度又会降低

PS：后续测试发现，NCORE可以增加到10，计算速度相对于8时，提升已经不是特别明显了，一个电子步才加速了10分钟

hakuna · 发表于 Post on 2019-5-8 10:15:22

灰飞的旋律发表于 2019-4-30 08:52
如图，很有可能是内存带宽跟不上，node24是2680V4，node26是2673V4，HSE计算DOS，迭代一次LOOP随着核数减 ...

关注2673v4一段时间了，一直觉得应该不错，尤其喜欢它的50MB的cache，刚搜了一下intel官网，竟然没找到这款产品，很奇怪。2680v4倒是有，参数和非官方网上介绍一致。

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