XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法

sobereva

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法

Foolproof installation method of XCrySDen on CentOS

文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-22

1 前言

XCrySDen（http://www.xcrysden.org）是非常流行的第一性原理程序Quantum ESPRESSO用户经常用的重要工具，可以观看输入输出文件、观看轨迹、设置k点等，而且作图效果挺不错。XCrySDen在Ubuntu上比较容易运行，但对于做计算化学的人用得非常多的CentOS就不那么容易了。XCrySDen很老的版本提供了semishared版，在CentOS里解压后就能运行，但较新的XCrySDen官方只提供了shared版（至少是对于撰文时最新的1.6.2版而言），里面涉及的一些动态库在CentOS里没有相应的源。为了让CentOS用户用XCrySDen毫无障碍，笔者在CentOS下编译了XCrySDen，并且同时提供了傻瓜式编译的源代码包。


2 预编译版XCrySDen的安装

下载http://sobereva.com/attach/564/xcrysden-1.6.2_sobereva.tar.gz。解压后，进入此目录，运行./xcrysden就可以启动了。如果在~/.bashrc目录下加上export PATH=$PATH:[XCrySDen的目录名]，则重新进入终端后就可以在任意目录下直接启动XCrySDen了。

这个笔者编译的XCrySDen 1.6.2在CentOS 7系列各个版本上都可以运行。如果读者装系统的时候装的方式和《在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示》（http://sobereva.com/454）里演示的相同，不需要装额外的库就可以直接运行。如果运行时提示缺库，Google一下报错提示，用yum安装相应的包即可。

对于CentOS 8.0，笔者发现没法直接运行，但只要把解压后目录下的tcl目录下的xcInit.tcl里的两处0m都改为0就可以运行，并且关闭程序的时候必须点击右上角强行关闭。


3 XCrySDen的编译

下面是基于笔者修改的XCrySDen 1.6.2的源代码包的编译过程。前面说的笔者的预编译版如果能正常用就没必要自己编译。在CentOS 7.x和8.0下按以下方法都能编译通过。

运行以下命令安装编译过程要用的库
yum install libGL-devel libGLU-devel libXmu-devel

机子里应当已经装了gcc和gfortran，如果没装的话运行yum install gcc-gfortran来安装。

下载笔者修改的源代码包：http://sobereva.com/attach/564/xcrysden-1.6.2_src_sobereva.tar.gz。解压后进入其中，运行make all即可，大约5分钟就能编译完毕。之后直接运行./xcrysden即可启动。

对于某些CentOS版本，比如CentOS 7.4，编译中途可能失败，需要在解压目录下的Makefile中的X_LIB=后面加入-lXss选项，然后重新make all。经测试至少对于CentOS 7.7不用加这个。

关于笔者修改的XCrySDen源代码包的一些细节：Make.sys文件是在system/Make.sys-shared基础上修改的，原先的这个文件完全没法用，笔者改了许多地方才终于令编译能成功。具体改了哪些，自行对照Make.sys-shared就知道了。Makefile文件也做了修改，把all:后面的mesa去掉了，因为CentOS的源直接就有这个，通过前述的yum步骤已经安装了，因此就没必要再在make all的时候编译了。其实对于CentOS 8，由于源里的tcl/tk已经升为了XCrySDen 1.6.2要求的8.6版，因此不编译tcl/tk而直接通过源来装也不是不可以。另外，原本make all的时候会自动下载tcl、tk、Togl、fftw、bwidget包，但在大陆地区由于网速问题，很容易中途下载失败。因此笔者直接将这些压缩包放到了external/src目录下，这样编译过程中就会自动利用，而不自动下载这些包了。

zsu007

谢谢社长的分享!

rabbitkiller

赞社长！当初为了编译Xcrysden被折磨得欲哭无泪  以后就方便啦！

Penson

大赞社长，这个软件一直看着眼馋

ChemG

非常非常感谢社长，可以使用啦。第一次安装的时候打不开，后来运行yum install libGL-devel libGLU-devel libXmu-devel后，再使用社长修改的XCrySDen 1.6.2的源代码包编译就可以成功打开啦。我是Vmware 15.5, centos 7.8，可能之前是我的库不全吧。

liujie2020

社长您好，我在按照您的教程安装预编译的XCrySDen时，解压之后运行XCrySDen时出现了附件图片中的问题，，想请教一下这个应该怎么解决。

liujie2020

liujie2020 发表于 2020-12-26 12:25
社长您好，我在按照您的教程安装预编译的XCrySDen时，解压之后运行XCrySDen时出现了附件图片中的问题，，想 ...

社长，不好意思，补充一下，我在虚拟机中是可以运行的，但是我用SSH远程连接之后运行不了，我想解决这个问题

liujie2020

liujie2020 发表于 2020-12-26 12:57
社长，不好意思，补充一下，我在虚拟机中是可以运行的，但是我用SSH远程连接之后运行不了，我想解决这个 ...

社长，我安装了MobaXterm远程连接就行了，现在已解决，麻烦社长了

hitvip

我的系统是 ： CentOS Linux release 8.4.2105

预编译版本运行会提示错误，所以我尝试自己编译卢老师修改后的源代码（谢谢卢老师的辛勤劳动成果），但 make all 后提示：

1. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `ZlibStreamCleanup':
   
2. tclZlib.c:(.text+0x3d): undefined reference to `inflateEnd'
   
3. tclZlib.c:(.text+0xc1): undefined reference to `deflateEnd'
   
4. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `ConvertError':
   
5. tclZlib.c:(.text+0x3b5): undefined reference to `zError'
   
6. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `ZlibTransformOutput':
   
7. tclZlib.c:(.text+0xd58): undefined reference to `deflate'
   
8. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `ZlibTransformClose':
   
9. tclZlib.c:(.text+0xf0b): undefined reference to `deflate'
   
10. tclZlib.c:(.text+0xf3c): undefined reference to `deflateEnd'
    
11. tclZlib.c:(.text+0x104f): undefined reference to `inflateEnd'
    
12. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `SetDeflateDictionary.part.0':
    
13. tclZlib.c:(.text+0x10d0): undefined reference to `deflateSetDictionary'
    
14. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `SetInflateDictionary.part.1':
    
15. tclZlib.c:(.text+0x1100): undefined reference to `inflateSetDictionary'
    
16. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `ZlibTransformSetOption':
    
17. tclZlib.c:(.text+0x12a9): undefined reference to `deflate'
    
18. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `ResultGenerate':
    
19. tclZlib.c:(.text+0x1601): undefined reference to `inflate'
    
20. tclZlib.c:(.text+0x16b0): undefined reference to `inflate'
    
21. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `Tcl_ZlibStreamInit':
    
22. tclZlib.c:(.text+0x213e): undefined reference to `inflateInit2_'
    
23. tclZlib.c:(.text+0x22a1): undefined reference to `deflateInit2_'
    
24. tclZlib.c:(.text+0x22bf): undefined reference to `deflateSetHeader'
    
25. tclZlib.c:(.text+0x22d8): undefined reference to `inflateGetHeader'
    
26. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `Tcl_ZlibStreamReset':
    
27. tclZlib.c:(.text+0x2535): undefined reference to `inflateEnd'
    
28. tclZlib.c:(.text+0x25d5): undefined reference to `inflateInit2_'
    
29. tclZlib.c:(.text+0x2654): undefined reference to `deflateInit2_'
    
30. tclZlib.c:(.text+0x26b1): undefined reference to `deflateEnd'
    
31. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `Tcl_ZlibStreamPut':
    
32. tclZlib.c:(.text+0x2896): undefined reference to `deflateBound'
    
33. tclZlib.c:(.text+0x28d1): undefined reference to `deflate'
    
34. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `Tcl_ZlibStreamGet':
    
35. tclZlib.c:(.text+0x2ba5): undefined reference to `inflate'
    
36. tclZlib.c:(.text+0x2cbb): undefined reference to `inflate'
    
37. tclZlib.c:(.text+0x2f0e): undefined reference to `inflate'
    
38. tclZlib.c:(.text+0x2ffe): undefined reference to `inflateEnd'
    
39. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `Tcl_ZlibDeflate':
    
40. tclZlib.c:(.text+0x3aef): undefined reference to `deflateInit2_'
    
41. tclZlib.c:(.text+0x3b07): undefined reference to `deflateSetHeader'
    
42. tclZlib.c:(.text+0x3b1a): undefined reference to `deflateBound'
    
43. tclZlib.c:(.text+0x3b3e): undefined reference to `deflate'
    
44. tclZlib.c:(.text+0x3b4f): undefined reference to `deflateEnd'
    
45. tclZlib.c:(.text+0x3c74): undefined reference to `deflateEnd'
    
46. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `Tcl_ZlibInflate':
    
47. tclZlib.c:(.text+0x3daa): undefined reference to `inflateEnd'
    
48. tclZlib.c:(.text+0x3f23): undefined reference to `inflateInit2_'
    
49. tclZlib.c:(.text+0x3f43): undefined reference to `inflateGetHeader'
    
50. tclZlib.c:(.text+0x3f8b): undefined reference to `inflate'
    
51. tclZlib.c:(.text+0x401d): undefined reference to `inflateEnd'
    
52. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `Tcl_ZlibCRC32':
    
53. tclZlib.c:(.text+0x4117): undefined reference to `crc32'
    
54. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `Tcl_ZlibAdler32':
    
55. tclZlib.c:(.text+0x4127): undefined reference to `adler32'
    
56. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `ZlibCmd':
    
57. tclZlib.c:(.text+0x41d0): undefined reference to `inflateInit2_'
    
58. tclZlib.c:(.text+0x4240): undefined reference to `inflateEnd'
    
59. tclZlib.c:(.text+0x425d): undefined reference to `deflateEnd'
    
60. tclZlib.c:(.text+0x501c): undefined reference to `deflateInit2_'
    
61. tclZlib.c:(.text+0x5246): undefined reference to `deflateSetHeader'
    
62. tclZlib.c:(.text+0x5283): undefined reference to `inflateGetHeader'
    
63. /home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/external/lib/libtcl8.6.a(tclZlib.o): In function `TclZlibInit':
    
64. tclZlib.c:(.text+0x5372): undefined reference to `zlibVersion'
    
65. collect2: error: ld returned 1 exit status
    
66. make[2]: *** [Makefile:30: xcrys] Error 1
    
67. make[2]: Leaving directory '/home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/C'
    
68. make[1]: *** [Makefile:22: compile] Error 2
    
69. make[1]: Leaving directory '/home/pfg/Apps/xcrysden-1.6.2/C'
    
70. make: *** [Makefile:83: src-C] Error 2
    
71. (qe) [pfg@cent8-localdomain xcrysden-1.6.2]$
    

复制代码

好像和 zlibVersion 有关系？如何处理呢？   谢谢~

破晓时的曙光

hitvip 发表于 2021-9-7 08:38
我的系统是 ： CentOS Linux release 8.4.2105

预编译版本运行会提示错误，所以我尝试自己编译卢老师修 ...

遇到同样的问题

丁越

破晓时的曙光 发表于 2021-10-25 19:41
遇到同样的问题

在我的centOS8上编译也是同样有问题。安装了预编译包，虽然能正常打开图形界面，但是运行xcrysden的时候会报无法调用ftnunit的错误，yum安装了libgfortran.so.3动态库也不好使。
可以在win下装个Xmind和Cygwin从而使用xcrysden，参考这个视频https://www.youtube.com/channel/UCNqAUoifyM2hxaiVA4zJ-5w去装。
Cygwin还挺好使的，甚至比cmder在命令操作上更能接近Linux

丁越

丁越 发表于 2021-12-30 17:33
在我的centOS8上编译也是同样有问题。安装了预编译包，虽然能正常打开图形界面，但是运行xcrysden的时候 ...

使用预编译版时dnf install compat-libgfortran-48就解决问题了

小猫无极

社长您好，我在使用预编译版XCrySDen的时候，跳出来这个窗口 o(╥﹏╥)o，使用的是vmware下创建的Ubuntu22.04虚拟机

sobereva

小猫无极 发表于 2023-10-17 23:14
社长您好，我在使用预编译版XCrySDen的时候，跳出来这个窗口 o(╥﹏╥)o，使用的是vmware下创建的Ubuntu22. ...

我不用Ubuntu，没法评论

小猫无极

sobereva 发表于 2023-10-18 00:40
我不用Ubuntu，没法评论

好的，谢谢社长