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[新手求助] XTB能否模拟化学反应?

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各位老师好!我想请教一下:我能否用xtb来模拟Au-S键的形成?如果我想通过Au-S键将一个烷烃嫁接到金底板上,S端如果带H的话,xtb跑omd的时候,能不能模拟Au-S键形成和H脱离的化学过程?xtb能否模拟化学键的形成和断裂?

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发表于 Post on 2021-2-3 00:00:14 | 只看该作者 Only view this author
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程,但具体有多可靠那就得看测试的情况了。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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发表于 Post on 2021-2-3 04:52:06 | 只看该作者 Only view this author
模拟是可以模拟,但为了证明可靠性,特别是对于牵扯过渡金属的情况,最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT优化的结果、势能面扫描的结果,以增加动力学跑出来的结果的可靠性的说服力
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-3 10:25:40 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-2-3 00:00
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程,但具体有多可靠那就得看测试的情况了。

谢谢解惑,我试一试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-3 10:26:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-3 04:52
模拟是可以模拟,但为了证明可靠性,特别是对于牵扯过渡金属的情况,最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT ...

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-3 12:17:41 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-2-3 00:00
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程,但具体有多可靠那就得看测试的情况了。

您好,我想请教下,tight-binding的框架是指opt的优化级别tight吗?md能设置tight-binding框架吗?

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发表于 Post on 2021-2-3 12:49:40 | 只看该作者 Only view this author
CYQ@ 发表于 2021-2-3 12:17
您好,我想请教下,tight-binding的框架是指opt的优化级别tight吗?md能设置tight-binding框架吗?

不是,tight-binding是半经验方法的一种,xTB、DFTB等属于tight-binding方法,其他的一些半经验方法比如AM1、PM3、PM6不属于tight-binding方法。tight-binding(紧束缚近似)是一个从凝聚态物理里面来的概念,指的是假设电子都紧紧束缚在原子周围,总电子密度可以近似表示成各个中性原子的密度和,加上一个小的校正,然后对这个校正做微扰处理。和收敛限的tight毫无关系。

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-3 16:05:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-3 12:49
不是,tight-binding是半经验方法的一种,xTB、DFTB等属于tight-binding方法,其他的一些半经验方法比如A ...

好的,谢谢解惑

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发表于 Post on 2021-2-4 21:54:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-3 04:52
模拟是可以模拟,但为了证明可靠性,特别是对于牵扯过渡金属的情况,最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT ...

请问社长,动力学是指的是什么样的动力学呢?是量化动力学或者牛顿动力学吗(我知道我用得术语对不对)?

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发表于 Post on 2021-2-6 03:45:18 | 只看该作者 Only view this author
lonemen 发表于 2021-2-4 21:54
请问社长,动力学是指的是什么样的动力学呢?是量化动力学或者牛顿动力学吗(我知道我用得术语对不对)?

LZ说要用xtb跑MD,xtb可以基于GFN-FF力场、GFN-xTB半经验DFT理论做牛顿形式的动力学(AIMD范畴里叫BOMD)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-2-6 20:01:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-6 03:45
LZ说要用xtb跑MD,xtb可以基于GFN-FF力场、GFN-xTB半经验DFT理论做牛顿形式的动力学(AIMD范畴里叫BOMD)

好的,谢谢社长专业的解惑!

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娃娃儿鱼

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发表于 Post on 2021-3-7 09:07:24 | 只看该作者 Only view this author
实践后发现,至少对于镧系水合离子而言,xtb跑omd后找到的能量最低结构5kcal/mol能量差范围内的结构中(配位结构也不同,成键情况也有出入),用DFT优化后,其顺序基本都是不合理的,即最低能量结构并非xtb寻找到的最低能量,DFT计算很有必要
真·探

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